De Onderzoekers ontwikkelen nieuw softwarehulpmiddel snel te verstrekken, nauwkeurige getalsmatige weergave van genuitdrukking

Een groep computer biologische onderzoekers, die door Rob Patro, een HulpProfessor van de Steenachtige Universiteit van de Beek in het Ministerie van de Wetenschap van de Computer in de Universiteit van Techniek en Toegepaste Wetenschappen wordt geleid, heeft een nieuw softwarehulpmiddel ontwikkeld, Zalm - een lichtgewichtmethode om snelle en bias-bewuste getalsmatige weergave te verstrekken van RNA-Rangschikt leest. Het onderzoek werd gepubliceerd in 6 Maart uitgave van de Methodes van de Aard.

Het team omvat onderzoekers van de Afdeling van de Wetenschap van de Computer bij de Steenachtige Universiteit van de Beek, Universiteit van de Carolina-Kapel van het Noorden Heuvel, de School van Harvard van Volksgezondheid, de School van het Carnegie Mellon van de Wetenschap van de Computer, en de privé industrie.

„Dit onderzoek vertegenwoordigt een perfect onweer voor computerwetenschap,“ de bovengenoemde Steenachtige Stoel Arie Kaufman van de Wetenschap van de Computer van de Beek. „Wij hebben een groep kennis-gedreven medewerkers van over de Verenigde Staten, die door veelvoudige bronnen worden gefinancierd, en het streven voor het vooruitgaan van genomic onderzoek door een innovatief hulpmiddel te ontwikkelen. Ik wens hen met deze ontdekking geluk.“

In genomica, worden de ramingen van de afschriftovervloed gebruikt om ziekten en hun subtypes te classificeren, te begrijpen en hoe de veranderingen van de genuitdrukking met fenotype correleren, de vooruitgang van kanker te volgen. De nauwkeurigheid van overvloedramingen die uit RNA-Seq gegevens worden afgeleid is vooral dringend gezien de brede waaier van biases die de RNA-Seq fragmentatie en het rangschikken van processen, en het gebruik van uitdrukkingsgegevens in het bestuderen van ziekte en, uiteindelijk, voor medische diagnose en gepersonaliseerde behandelingen beïnvloeden.

Gecreeerd door onderzoekersRob Patro, Geet Duggal, Michael Love, Rafaël A. Irizarry en Carl Kingsford, stelt de Zalm, in één hulpmiddel, vele algoritmische en methodologische vooruitgang samen die de studies van de genuitdrukking zal aandrijven, zowel klein als op grote schaal.

Volgens Patro, zijn de stempels van de methode zijn snelheid, nauwkeurigheid en robuustheid. De looppas van de Zalm bij een gelijkaardige snelheid aan bestaande snelle algoritmen om genuitdrukking te kwantificeren, het neemt nog een rijk en expressief model van het onderliggende experiment, met inbegrip van vele technische biases, en gebruik op een nieuwe statistische gevolgtrekkingsprocedure om genuitdrukking snel en nauwkeurig te schatten.

„Het methodologische ondersteunen van Zalm verstrekken een kader waarop wij kunnen blijven nauwkeurige modellen en efficiënte gevolgtrekkingsalgoritmen bouwen,“ bovengenoemde Patro. „Wij werken aan het begrip van en de modellering van een nog grotere serie van potentiële technische biases die zich in de op RNA-seq-Gebaseerde studies van de genuitdrukking voordoen. Wij zijn ook bijzonder geinteresseerd in hoe de getalsmatige weergavealgoritmen nauwkeuriger en in eencellige RNA-Rangschikkende (scRNA-seq) experimenten kunnen robuust worden gemaakt, die van unieke algoritmische en statistische uitdagingen.“ blijk geven

Bron: http://www.stonybrook.edu/

Advertisement