Forscher entwickeln neues Software-Tool, um schnelle, genaue Quantifikation der Genexpression zur Verfügung zu stellen

Eine Gruppe biologische rechnerischforscher, geführt vom Rob Patro der Steinige Bach-Universität, ein Assistenzprofessor im Abteilung Informatik Im College der Technik und der Angewandten Wissenschaften, hat ein neues Software-Tool, Lachs entwickelt - eine leichte Methode, zum der schnellen und Vorspannung-bewussten Quantifikation vom RNS-Sequenziell ordnen bereitzustellen liest. Die Forschung wurde in der Ausgabe Am 6. März von Natur-Methoden veröffentlicht.

Das Team enthält Forscher vom Abteilung Informatik An der Steinigen Bach-Universität, an der Universität Nord-Carolina-Kapelle Hügels, an Harvard-Schule des Öffentlichen Gesundheitswesens, an der Carnegie Mellon-Schule der Informatik und an der privaten Industrie.

„Diese Forschung stellt einen perfekten Sturm für Informatik dar,“ sagte Steinige Bach-Informatik-Stuhl-Arien Kaufman. „Wir lassen eine Gruppe wissensbasierte Mitarbeiter von überall aus aus den Vereinigten Staaten, indem mehrfache Quellen und das Anstreben das Voranbringen der genomischen Forschung finanzieren, indem wir ein innovatives Hilfsmittel entwickeln. Ich beglückwünsche sie auf dieser Entdeckung.“

Im Genomics werden Abschriftüberflussschätzungen, um Krankheiten und ihre Formationsglieder zu tarifieren, zu verstehen verwendet, wie Genexpressionsänderungen mit Phänotypus aufeinander beziehen, und die Weiterentwicklung von Krebs aufzuspüren. Die Genauigkeit von den Überflussschätzungen, die von den RNS-folgenden Daten berechnet werden, ist besonders die große Auswahl von Vorspannungen, die die RNS-folgende Fragmentation und Sequenziell ordnen Prozesse beeinflussen, und den Gebrauch von Ausdruckdaten im Studieren von Krankheit und schließlich für medizinische Diagnose und personifizierte Behandlungen gegeben dringendes.

Erstellt durch Forscher Rob Patro, Geet Duggal, Michael-Liebe, Rafael A. Irizarry und Karl Kingsford, Lachs synthetisiert, in ein Hilfsmittel, in viele algorithmischen und methodologischen Fortschritte, die Willenskraftgenexpression studiert, Klein- und umfangreich.

Entsprechend Patro sind die Stempel der Methode seine Drehzahl, Genauigkeit und Robustheit. Lachswanderungen mit einer ähnlichen Drehzahl zu existierenden schnellen Algorithmen für mengenmäßig bestimmende Genexpression, dennoch sie enthalten ein reiches und ausdrucksvolles Baumuster des zugrunde liegenden Experimentes, einschließlich viele technischen Vorspannungen, und Gebrauch eine neue Prozedur der statistischen Folgerung, Genexpression schnell und genau zu schätzen.

„Die methodologischen Untermauerung von Lachsen liefern einen Rahmen, nach dem wir fortfahren können, genaue Baumuster und effiziente Folgerungsalgorithmen aufzubauen,“ sagten Patro. „Wir arbeiten an dem Verständnis und der Formung einer sogar größeren Reihe möglicher technischer Vorspannungen, die in den RNS-folgend-basierten Genexpressionsstudien entstehen. Wir werden auch besonders interessiert an, wie Quantifikationsalgorithmen genauer und robust gemacht werden können in den einzelligen RNS-sequenziell ordnenden (scRNA-folgenden) Experimenten, die darstellen eindeutige algorithmische und statistische Herausforderungen.“

Quelle: http://www.stonybrook.edu/

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