I Ricercatori sviluppano il nuovo software tool per fornire la quantificazione veloce e accurata di espressione genica

Un gruppo di ricercatori biologici di calcolo, piombo dal Rob Patro dell'Università Pietrosa del Ruscello, un Assistente Universitario nel Dipartimento dell'Informatica Nella Facoltà di Ingegneria e nelle Scienze Applicate, ha sviluppato un nuovo software tool, Salmone - un metodo leggero per fornire la quantificazione veloce e tendenziosità-informata dall'RNA-ordinamento legge. La ricerca è stata pubblicata nell'edizione del 6 marzo dei Metodi della Natura.

Il gruppo include i ricercatori dal Dipartimento dell'Informatica Alla Stony Brook University, all'Università di Collina Del Nord della Carolina-Cappella, al Banco di Harvard della Salute pubblica, al Banco del Carnegie Mellon dell'Informatica Ed all'industria privata.

“Questa ricerca rappresenta una tempesta perfetta per l'informatica,„ ha detto i Arie Pietrosi Kaufman della Presidenza dell'Informatica Del Ruscello. “Facciamo costituire un fondo per un gruppo da di collaboratori guidati da conoscenza dall'altro lato degli Stati Uniti, le sorgenti multiple e tentando d'ottenere l'avanzamento della ricerca genomica sviluppando uno strumento innovatore. Se le congratulo su questa scoperta.„

Nella genomica, i preventivi dell'abbondanza della trascrizione sono usati per classificare le malattie ed i loro sottotipi, per capire come i cambiamenti di espressione genica correlano con il fenotipo e per tenere la carreggiata la progressione di cancro. L'accuratezza dei preventivi dell'abbondanza derivati dai dati RNA-seguenti è particolarmente urgente data la vasta gamma delle tendenziosità che pregiudicano la frammentazione RNA-seguente e trattamenti di ordinamento e l'uso dei dati di espressione nello studio della malattia e, finalmente, per la diagnosi medica ed i trattamenti personali.

Creato dai ricercatori Rob Patro, Geet Duggal, Amore di Michael, Rafael A. Irizarry e Carl Kingsford, Salmone sintetizza, in uno strumento, in molti avanzamenti algoritmici e metodologici che l'espressione genica di potenza di volontà studia, sia piccolo che su grande scala.

Secondo Patro, gli marchi di garanzia del metodo sono la sue velocità, accuratezza e robustezza. Il Salmone funziona ad una simile velocità agli algoritmi veloci esistenti per espressione genica di misura, eppure comprende un modello ricco ed espressivo dell'esperimento di fondo, compreso molte tendenziosità tecniche e gli usi una nuova procedura di inferenza statistica per stimare rapidamente ed esattamente l'espressione genica.

“I sostegni metodologici del Salmone forniscono una struttura sopra cui possiamo continuare a sviluppare i modelli accurati e gli algoritmi efficienti di illazione,„ hanno detto Patro. “Stiamo lavorando alla comprensione ed a modellare di schiera ancora più grande delle tendenziosità tecniche potenziali che sorgono agli negli studi basati a RNA di espressione genica. Egualmente siamo interessati specialmente a come gli algoritmi di quantificazione possono essere resi più accurati e robusti negli esperimenti (scRNA-seguenti) d'ordinamento unicellulari, che presentano le sfide algoritmiche e statistiche uniche.„

Sorgente: http://www.stonybrook.edu/

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