研究者は遺伝子発現の速く、正確な定量化を提供するために新しいソフトウエアツールを発達させます

石の小川大学の Rob Patro によって、工学および応用科学の大学のコンピュータ・サイエンスの部門の助教授導かれる、計算の生物的研究者のグループは新しいソフトウエアツール、サケを発達させました - RNA 配列からの速く、バイアスわかっている定量化を提供する軽量方法は読みます。 研究は性質方法の 3 月 6 日の版で出版されました。

チームは石の小川大学、北のカロライナチャペルの丘、公衆衛生のハーバード学校、コンピュータ・サイエンスのおよび私用工業のカーネギー・メロン学校の大学にコンピュータ・サイエンスの部門からの研究者を含んでいます。

「この研究コンピュータ・サイエンスのための完全な嵐を表します」、は石の小川のコンピュータ・サイエンス椅子の詠唱カウフマンを言いました。 「私達は米国から知識主導の共作者のグループに革新的なツールを発達させることによる genomic 研究を進めるための複数のソースおよび努力によって資金を供給してもらいます。 私は祝いますこの発見のそれらを」。

ゲノミクスでは病気およびサブタイプを分類し、遺伝子発現の変更が表現型に理解しどのように関連する、癌の進行を使用されていますか追跡するのに、コピーの豊富の推定値が。 RNA seq 分裂におよび配列プロセス影響を与える、および病気の調査のそして、結局、医学診断および個人化された処置の表現データの使用がですバイアスの広い範囲ある RNA seq データから得られる豊富の推定値の正確さは特に緊急。

研究者によって Rob Patro、 Geet Duggal のミハエル愛、ラファエル A. Irizarry およびカール Kingsford のサケ作成されて 1 つのツール、意志力の遺伝子発現が、小型および大規模調査する多くのアルゴリズムおよび方法論的な前進に、総合します。

Patro に従って、方法の認刻極印は速度、正確さおよび強さです。 サケは量を示す遺伝子発現のためのある速いアルゴリズムに同じような速度で動作します、遺伝子発現をすぐにそして正確に推定することけれども根本的な実験の豊富で、意味深長なモデルを、多くの技術的なバイアスを含んで、使用を新しい統計的推論プロシージャ組み込みます。

「サケの方法論的な基盤私達が正確なモデルおよび効率的な推論のアルゴリズムを構築し続けてもいいフレームワークを」は言いました Patro を提供します。 「私達は RNA seq ベースの遺伝子発現の調査で起こる潜在的な技術的なバイアスのより大きいアレイを理解し、模倣することに取り組んでいます。 私達はまた特に定量化のアルゴリズムが一義的なアルゴリズムおよび統計的な挑戦を」。示す単一セルの RNA 配列の (scRNA seq) 実験でより正確そして強くどのようにに作ることができるか興味を起こさせられます

ソース: http://www.stonybrook.edu/

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