Badacze rozwijają nowego narzędzie oprogramowania zapewniać szybko, ścisły quantification genu wyrażenie

Grupa obliczeniowi biologiczni badacze, prowadząca Kamienisty strumyka uniwersyteta Rob Patro, asystent profesora w dziale informatyka w szkole wyższa inżynieria i Stosować nauki, rozwijał nowego narzędzie oprogramowania, łosoś - wagi lekkiej metoda zapewniać szybko i świadomy quantification od uporządkowywać czytamy. Badanie publikował w Marzec 6 wydaniu natur metody.

Drużyna zawiera badaczów od działu informatyka przy Kamienistym strumyka uniwersytetem, uniwersytetem Północny kaplicy wzgórze, Harvard szkołą zdrowie publiczne, carnegie mellon szkołą informatyka i intymnym przemysłem.

"Ten badanie reprezentuje perfect burzę dla informatyki," powiedział Kamienistych strumyk informatyki krzesła Arie Kaufman. "grupy jadący kolaboranci i uganiania dla posuwać się naprzód genomic badanie rozwijać nowatorskiego narzędzie z naprzeciw Stany Zjednoczone, fundującej wieloskładnikowymi źródłami. Gratuluję one na ten odkryciu."

W genomics, kopii obfitości kosztorysy używają klasyfikować, rozumieć i tropić progresję nowotwór choroby i ich podtypy. jak genu wyrażenia zmiany korelują z fenotypem, Dokładność dawać szerokiemu zakresowi i use wyrażeniowi dane w studiowanie chorobie i dla obfitość kosztorysy czerpiący od seq dane które wpływają seq fragmentaryzacja uporządkowywać procesy, tendencyjność jest szczególnie nagląca, ostatecznie, medycznej diagnozy i uosobionych traktowań.

Tworzący badaczami Rob Patro, Geet Duggal, Michael miłość, Rafael A Irizarry Kingsford i Carl., łosoś syntetyzuje, w jeden narzędzie, wiele postępy które studiuje woli władzy genu wyrażenie, mały i na dużą skalę., algorithmic i metodologicznych

Według Patro znamiona metoda są prędkością, dokładnością i robustness swój. Łosoś biega przy jednakową prędkością istnieć szybkich algorytmy dla określać ilościowo genu wyrażenie, mimo to ono wciela bogactwo, ekspresyjnego modela zasadniczy eksperyment wliczając wiele technicznych tendencyjność i uses oszacowywać genu wyrażenie, szybko i precyzyjnie nowa statystycznego dorozumiewania procedura.

Metodologiczne podwaliny łosoś zapewniają strukturę" powiedzieli Patro. "na który kontynuować budować ścisłych modelów i skutecznych dorozumiewanie algorytmy możemy," "pracujemy na zrozumieniu i wzorowanie nawet wielki szyk potencjalne techniczne tendencyjność które powstają w opierającym się genu wyrażeniu studiuje. Jesteśmy także szczególnie zainteresowani w jak quantification algorytmy ścisli i krzepko w komórka uporządkowywa eksperymentach które przedstawiają unikalnych algorithmic i statystycznych wyzwania." mogą robić, (seq)

Źródło: http://www.stonybrook.edu/

Advertisement