Os Pesquisadores desenvolvem a ferramenta de software nova para fornecer a quantificação rápida, exacta da expressão genética

Um grupo de pesquisadores biológicos computacionais, conduzido pelo Roubo Rochoso Patro da Universidade do Ribeiro, um Professor Adjunto no Departamento da Informática na Faculdade da Engenharia e de Ciências Aplicadas, desenvolveu uma ferramenta de software nova, Salmão - um método de pouco peso para fornecer a quantificação rápida e polarização-ciente de RNA-arranjar em seqüência lê. A pesquisa foi publicada na edição do 6 de março de Métodos da Natureza.

A equipe inclui pesquisadores do Departamento da Informática na Universidade Rochoso do Ribeiro, na Universidade do Monte Norte da Carolina-Capela, na Escola de Harvard da Saúde Pública, na Escola do Carnegie Mellon da Informática, e na indústria privada.

“Esta pesquisa representa uma tempestade perfeita para a informática,” disse Arie Rochosos Kaufman da Cadeira da Informática do Ribeiro. “Nós temos um grupo de colaboradores conhecimento-conduzidos de todos os Estados Unidos, financiado fontes múltiplas, e por esforço para avançar a pesquisa genomic desenvolvendo uma ferramenta inovativa. Eu felicito-os nesta descoberta.”

Na genómica, as avaliações da abundância do transcrito são usadas para classificar doenças e seus subtipos, para compreender como as mudanças da expressão genética correlacionam com o fenótipo, e para seguir a progressão do cancro. A precisão das avaliações da abundância derivadas dos dados RNA-segs.s é especialmente urgente dada a vasta gama de polarizações que afectam a fragmentação RNA-segs. e processos arranjar em seqüência, e o uso de dados da expressão em estudar a doença e, eventualmente, para o diagnóstico médico e tratamentos personalizados.

Criado por pesquisadores Roubo Patro, Geet Duggal, Amor de Michael, Rafael A. Irizarry e Carl Kingsford, Salmão sintetiza, em uma ferramenta, em muitos avanços algorítmicos e metodológicos que a expressão genética da força de vontade estuda, pequeno- e em grande escala.

De acordo com Patro, as indicações do método são seus velocidade, precisão e vigor. O Salmão é executado em uma velocidade similar aos algoritmos rápidos existentes para a expressão genética de determinação, contudo incorpora um modelo rico e expressivo da experiência subjacente, incluindo muitas polarizações técnicas, e usos um procedimento novo da inferência estatística calcular rapidamente e exactamente a expressão genética.

“Os sustentamentos metodológicos dos Salmões fornecem uma estrutura em cima de que nós podemos continuar a construir modelos exactos e algoritmos eficientes da inferência,” disseram Patro. “Nós estamos trabalhando em compreender e em modelar uma disposição mesmo maior de polarizações técnicas potenciais que elevaram em estudos RNA-segs.-baseados da expressão genética. Nós somos interessados igualmente particularmente em como os algoritmos da quantificação podem ser feitos mais exactos e robustos nas experiências (scRNA-segs.s) RNA-arranjando em seqüência da único-pilha, que apresentam desafios algorítmicos e estatísticos originais.”

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