Исследователя развивают новую вспомогательную программу для того чтобы обеспечить быструю, точную квантификацию выражения гена

Группа в составе вычислительные биологические исследователя, водить Роб Patro Каменистого Университета Ручейка, Ассистент Профессора в Отделе Компьутерных Наук В Коллеже Инджиниринга и Прикладные Науки, развивала новую вспомогательную программу, Семгу - облегченный метод для того чтобы обеспечить быструю и смещени-осведомленную квантификацию от Рибонуклеинов-sequencing читает. Исследование было опубликовано в варианте 6-ое марта Методов Природы.

Команда включает исследователей от Отдела Компьутерных Наук На Каменистом Университете Ручейка, Университете Северного Холма Каролина-Молельни, Школе Гарварда Общественных Здравоохранений, Школе Carnegie Mellon Компьутерных Наук, И приватной индустрии.

«Это исследование представляет совершенный шторм для компьутерных наук,» сказал Каменистые Арии Kaufman Стула Компьутерных Наук Ручейка. «Мы имеем группу в составе знани-управляемые сотрудницы с другой стороны Соединенные Штаты, фондировано составными источниками, и стремиться для выдвигать genomic исследование путем развивать новаторский инструмент. Я поздравляю их на этом открытии.»

В геномике, предварительные подчеты обилия транскрипта использованы для того чтобы расклассифицировать заболевания и их подвиды, понять как изменения выражения гена сопоставляют с фенотипом, и отследить прогрессирование рака. Точность предварительных подчетов обилия выведенных от Рибонуклеинов-seq данных особенно актуальное, котор дали широкий диапазон смещений которые влияют на Рибонуклеинов-seq разртв и процессы sequencing, и пользу данных по выражения в изучать заболевание и, окончательно, для медицинского диагноза и персонализированных обработок.

Создано исследователями Роб Patro, Geet Duggal, Влюбленностью Майкл, Рафаэлем A. Irizarry и Карл Kingsford, Семгой синтезирует, в один инструмент, много алгоритмических и методологических выдвижений которые выражение гена силы воли изучает, и мало и широкомасштабно.

Согласно Patro, вехи метода свои скорость, точность и робастность. Семга работает на подобной скорости к существуя быстрым алгоритмам для квантифицируя выражения гена, но оно включает богатую и выразительную модель основного эксперимента, включая много технических смещений, и пользы новая процедура по статистически подразумеваемого для того чтобы оценить выражение гена быстро и точно.

«Методологические опоры Семг обеспечивают рамки на которых мы можем продолжать построить точные модели и эффективные алгоритмы подразумеваемого,» сказали Patro. «Мы работаем на понимать и моделировании даже более большой блок потенциальных технических смещений которые возникают в Рибонуклеинов-seq-основанных изучениях выражения гена. Мы также в частности заинтересованы в как алгоритмы квантификации можно сделать более точным и робастным в одноячеистых Рибонуклеинов-sequencing (scRNA-seq) экспериментах, которые представляют уникально алгоритмические и статистически возможности.»

Источник: http://www.stonybrook.edu/

Advertisement