研究员开发新的软件工具提供基因表达的快速,准确量化

一个组计算生物研究员,导致由石溪大学的 Rob Patro,部门的一位助理教授计算机科学在工程和应用科学学院,开发了一个新的软件工具,三文鱼 - 提供从核糖核酸排序的快速和偏心意识量化的一个轻量级方法读。 这个研究在本质方法的 3月 6日编辑被发布了。

这个小组在石溪大学,北部卡罗来纳州教堂小山包括从部门的研究员计算机科学,哈佛学校公共卫生,计算机科学和私人工业卡内基梅隆学校大学。

“此研究表示计算机科学的一场理想的风暴”,唱腔考夫曼说石溪计算机科学椅子。 “我们让一个组知识主导的合作者从美国,资助通过复合源和力争提前基因组研究通过开发一个创新工具。 我在此发现祝贺他们”。

在染色体组的,抄本丰盈估计用于分类疾病和他们的子型,知道基因表达更改如何关联与表现型和跟踪癌症级数。 派生从核糖核酸顺序数据是特别是紧急的产生的丰盈估计的准确性影响核糖核酸顺序分段存储和排序进程的大范围偏心和使用表达式数据在学习疾病,并且,最终,为医疗诊断和个性化的处理。

创建由研究员 Rob Patro, Geet Duggal,迈克尔爱,拉斐尔 A. Irizarry 和卡尔 Kingsford,三文鱼综合,到一个工具,意志基因表达学习,小型和大规模的许多算法和方法学预付款。

根据 Patro,这个方法的特点是其速度、准确性和强壮。 三文鱼运行以一张相似的速度到定量的基因表达的现有的快速算法,它合并基础实验的一个富有和传神设计,包括许多技术偏心和用途一个新的统计推论程序迅速和准确地估计基因表达。

“三文鱼方法学支柱提供我们可以继续建立准确设计和高效的推断算法的一个结构”,说 Patro。 “我们在了解和塑造在基于核糖核酸顺序的基因表达研究中出现的更大的从事潜在的技术偏心。 我们对量化算法如何特别地也感兴趣可以使准确和稳健在单细胞核糖核酸排序的 (scRNA 顺序) 实验,存在唯一算法和统计挑战”。

来源: http://www.stonybrook.edu/

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