Los Investigadores desarrollan la nueva herramienta de software para proporcionar a la cuantificación rápida, exacta de la expresión génica

Un grupo de investigadores biológicos de cómputo, llevado por Rob Patro de la Universidad Pedregosa del Arroyo, un Profesor Adjunto en el Departamento de De informática en la Universidad de la Ingeniería y de las Ciencias Aplicadas, ha desarrollado una nueva herramienta de software, Salmón - un método ligero para proporcionar a la cuantificación rápida y polarizado-enterada de la ARN-secuencia lee. La investigación fue publicada en la edición del 6 de marzo de los Métodos de la Naturaleza.

Las personas incluyen a investigadores del Departamento de De informática en la Universidad Pedregosa del Arroyo, Universidad de la Colina Del Norte de la Carolina-Capilla, Escuela de la Salud Pública, Escuela de Harvard del Carnegie Mellon de la industria De informática, y privada.

“Esta investigación representa una tormenta perfecta para de informática,” dijo los Arie De informática Kaufman de la Silla del Arroyo Pedregoso. “Tenemos un grupo de colaboradores conocimiento-impulsados de enfrente de los Estados Unidos, financiado fuentes múltiples, y esforzándose para avance la investigación genomic desarrollando una herramienta innovadora. Las felicito en este descubrimiento.”

En genómica, los presupuestos de la abundancia de la transcripción se utilizan para clasificar enfermedades y sus subtipos, para entender cómo los cambios de la expresión génica correlacionan con fenotipo, y para seguir su trayectoria la progresión del cáncer. La exactitud de los presupuestos de la abundancia derivados de datos ARN-seq es especialmente urgente dada la amplia gama de los polarizado que afectan a la fragmentación ARN-seq y los procesos de la secuencia, y el uso de los datos de la expresión en estudiar enfermedad y, eventual, para el diagnóstico médico y los tratamientos personalizados.

Creado por los investigadores Rob Patro, Geet Duggal, Amor de Michael, Rafael A. Irizarry y Carl Kingsford, Salmón sintetiza, en una herramienta, muchos avances algorítmicos y metodológicos que la expresión génica de la fuerza de voluntad estudie, pequeño y en grande.

Según Patro, los sellos del método son su velocidad, exactitud y robustez. El Salmón se ejecuta en una velocidad similar a los algoritmos rápidos existentes para la expresión génica de cuantificación, con todo incorpora un modelo rico y expresivo del experimento subyacente, incluyendo muchos polarizado técnicos, y aplicaciones un nuevo procedimiento de la inferencia estadística estimar la expresión génica rápidamente y exactamente.

“Los apuntalamientos metodológicos de Salmones proporcionan a un marco sobre el cual poder continuar construir modelos exactos y algoritmos eficientes de la inferencia,” dijeron a Patro. “Estamos trabajando en la comprensión y el modelado de un arsenal incluso más grande de los polarizado técnicos potenciales que se presentan en estudios ARN-seq-basados de la expresión génica. También estamos interesados determinado en cómo los algoritmos de la cuantificación se pueden hacer más exactos y robustos en los experimentos (scRNA-seq) de ARN-secuencia unicelulares, que presentan retos algorítmicos y estadísticos únicos.”

Fuente: http://www.stonybrook.edu/

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