Forskare framkallar ny programvara bearbetar för att ge fastar, exakt quantification av genuttryckt

En grupp av computational biologiska forskare, ledde vid den Steniga BäckUniversitetar Rånar Patro, en AssistentProfessor i Avdelningen av Datavetenskap i Högskolan av att Iscensätta och Applicerade Vetenskaper, har framkallat en ny programvara bearbetar, Laxen - en lättvikts- metod som ska ges, fastar, och snedhet-medveten quantification från RNA-ordnande i viss följd läser. Forskningen publicerades i upplagan för Mars 6 av NaturMetoder.

Laget inkluderar forskare från Avdelningen av Datavetenskap på den Steniga BäckUniversitetar, Universitetar av den Norr Carolina-Kapell Kullen, Skolar Harvard av Allmän hälsa, Skolar Carnegie Mellon av Datavetenskap och privat bransch.

”Föreställer Denna forskning en göra perfektstorm för datavetenskap,”, sade Steniga Arie Kaufman för BäckDatavetenskapStolen. ”Har Vi en grupp av kunskap-drivande kollaboratörer från över Förenta staterna, att betalas av multipelkällor, och sträva för framflyttning av genomic forskning, genom att framkalla ett innovativt, bearbeta. Jag gratulerar dem på denna upptäckt.”,

I genomics är avskriftsöverflödbedömningar van vid klassificerar sjukdomar och deras underordnad typ, för att förstå, hur genuttrycksändringar korrelerar med fenotyp, och för att spåra fortgången av cancer. Exaktheten av överflödbedömningar som härledas från RNA-seq data, är speciellt akut som ges lång räcka av snedheter, som påverkar denseq splittringen, och ordnande i viss följd bearbetar, och bruket av uttrycksdata, i att studera sjukdomen och, slutligen, för medicinsk diagnos och personifierade behandlingar.

Skapat av forskare Råna Patro, Geet Duggal, Michael Förälskelse, Rafael A. Irizarry och Carl Kingsford, Lax synthesizes, in i en bearbetar, många algorithmic, och methodological framflyttningar, som ska, driver genuttrycksstudier, både som är lilla och som är storskaliga.

Enligt Patro är kännemärkearna av metoden dess rusar, exakthet och robustheten. Laxen kör på ett liknande rusar till existerande fastar algoritmer för kvantifierande genuttryck, yet den inkorporerar ett rikt, och uttrycksfullt modellera av det bakomliggande experiment, inklusive många tekniska snedheter och bruk ett nytt statistiskt slutsatstillvägagångssätt till bedömninggenuttryckt snabbt och exakt.

”Ger de methodological underpinningsna av Laxen en ram som vi kan fortsätta på för att bygga exakt modellerar, och effektiva slutsatsalgoritmer,”, sade Patro. ”Är Vi funktionsdugliga på överenskommelse och att modellera en även större samling av potentiella tekniska snedheter som uppstår i RNA-seq-baserade genuttrycksstudier. Vi också intresseras bestämt i hur quantificationalgoritmer kan göras exaktare och robustt i singel-cellen RNA-ordnande i viss följd (scRNA-seq) experiment, som framlägger unika algorithmic och statistiska utmaningar.”,

Källa: http://www.stonybrook.edu/

Advertisement