研究員開發新的軟件工具提供基因表達的快速,準確量化

一個組計算生物研究員,導致由石溪大學的 Rob Patro,部門的一位助理教授計算機科學在工程和應用科學學院,開發了一個新的軟件工具,三文魚 - 提供從核糖核酸排序的快速和偏心意識量化的一個輕量級方法讀。 這個研究在本質方法的 3月 6日編輯被發布了。

這個小組在石溪大學,北部卡羅來納州教堂小山包括從部門的研究員計算機科學,哈佛學校公共衛生,計算機科學和私人工業卡內基梅隆學校大學。

「此研究表示計算機科學的一場理想的風暴」,唱腔考夫曼說石溪計算機科學椅子。 「我們讓一個組知識主導的合作者從美國,資助通過複合源和力爭提前基因組研究通過開發一個創新工具。 我在此發現祝賀他們」。

在染色體組的,抄本豐盈估計用於分類疾病和他們的子型,知道基因表達更改如何關聯與表現型和跟蹤癌症級數。 派生從核糖核酸順序數據是特別是緊急的產生的豐盈估計的準確性影響核糖核酸順序分段存儲和排序進程的大範圍偏心和使用表達式數據在學習疾病,并且,最終,為醫療診斷和個性化的處理。

創建由研究員 Rob Patro, Geet Duggal,邁克爾愛,拉斐爾 A. Irizarry 和卡爾 Kingsford,三文魚綜合,到一個工具,意志基因表達學習,小型和大規模的許多算法和方法學預付款。

根據 Patro,這個方法的特點是其速度、準確性和強壯。 三文魚運行以一張相似的速度到定量的基因表達的現有的快速算法,它合併基礎實驗的一個富有和傳神設計,包括許多技術偏心和用途一個新的統計推論程序迅速和準確地估計基因表達。

「三文魚方法學支柱提供我們可以繼續建立準確設計和高效的推斷算法的一個結構」,說 Patro。 「我們在瞭解和塑造在基於核糖核酸順序的基因表達研究中出現的更大的從事潛在的技術偏心。 我們對量化算法如何特別地也感興趣可以使準確和穩健在單細胞核糖核酸排序的 (scRNA 順序) 實驗,存在唯一算法和統計挑戰」。

來源: http://www.stonybrook.edu/

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