L'ordonnancement Entier-exome peut par habitude manquer trouver quelques gènes de pathogène, disent des chercheurs

Ordonnancement Entier-exome d'ADN -- une technologie qui épargne le temps et l'argent en ordonnançant seulement les régions de protéine-codage et pas le génome entier -- peut par habitude manquer trouver quelques variations génétiques liées à la maladie, selon les chercheurs d'État de Penn qui ont développé des voies neuves de recenser de tels manques.

L'ordonnancement Entier-exome a été employé dans beaucoup d'études pour recenser des gènes liés à la maladie, et par les laboratoires cliniques pour diagnostiquer des patients présentant des affections génétiques. Cependant, la recherche neuve prouve que ces études peuvent par habitude manquer des mutations dans un sous-ensemble de gènes de pathogène qui se produisent dans les régions du génome qui sont affichées moins souvent par la technologie économique. Un papier décrivant la recherche apparaît en ligne le 13 avril 2017 dans les états scientifiques de tourillon.

« Bien qu'on l'a su que couverture -- le nombre moyen de périodes qu'une pièce donnée d'ADN est affichée pendant l'ordonnancement -- pourrait être inégal dans, nos méthodes neuves sont les premières pour mesurer réellement ceci, » a dit Santhosh Girirajan, professeur adjoint l'ordonnancement entier-exome des biochimies et de la biologie moléculaire et de l'anthropologie à l'État de Penn et à un auteur du papier. « Couverture adéquate -- souvent autant d'en tant que 70 ou plus s'affiche pour chaque pièce d'ADN -- augmente notre confiance que la séquence est précise, et sans lui, il est presque impossible d'effectuer des prévisions confiantes au sujet de la relation entre une mutation dans un gène et une maladie. Dans notre étude, nous avons trouvé 832 gènes qui ont systématiquement la couverture inférieure en travers de trois plates-formes de ordonnancement différentes, signifiant que ces gènes seraient manqués dans la maladie étudie. »

Les chercheurs ont développé deux méthodes différentes pour recenser des régions d'inférieur-couverture dans des caractéristiques entières-exome de séquence. La première méthode recense des régions avec la couverture intermittente comparée à d'autres régions dans le génome des échantillons multiples. La deuxième méthode prévoit le nombre de régions d'inférieur-couverture parmi différents échantillons dans la même étude. Ils ont empaqueté les deux méthodes dans un logiciel open source pour que d'autres chercheurs emploient. « Même lorsque la couverture moyenne dans une étude de ordonnancement entière-exome était élevée, quelques régions ont semblé avoir systématiquement la couverture inférieure, » a dit Qingyu Wang, un étudiant de troisième cycle à l'État de Penn au moment de la recherche et du premier auteur du papier.

les régions d'Inférieur-couverture peuvent résulter de la précision limitée en technologies de ordonnancement entières-exome dues à certaines caractéristiques génomiques. Extensions hautement répétitives d'ADN -- régions du génome d'où la même séquence simple comme, les solides totaux, le Cs, et le Gs peut être répétée beaucoup de fois -- peut empêcher le compteur séquentiel d'afficher l'ADN correctement. En effet, l'étude a prouvé qu'au moins 60 pour cent de gènes d'inférieur-couverture se produisent près des répétitions d'ADN. Comme exemple, le gène MAST4 contient un élément répété de séquence que cela mène à une réduction de 3 fois de la couverture comparée à la séquence de non-répétition. Même lorsque d'autres gènes ont la couverture suffisante, cette région du gène MAST4 tombe bien en dessous de la couverture recommandée pour trouver des variations génétiques dans ces études.

« Une solution au problème est pour que les chercheurs emploient l'entier-génome ordonnançant, qui examine toutes les paires de bases d'ADN au lieu juste des régions qui contiennent des gènes, » a dit Girirajan. « Notre étude a constaté que les caractéristiques d'entier-génome ont eu de manière significative moins de gènes d'inférieur-couverture que les caractéristiques entières-exome, et sa couverture plus uniformément est distribuée en travers de toutes les parties du génome. Cependant, les coûts d'ordonnancement entier-exome sont toujours sensiblement inférieurs à l'ordonnancement d'entier-génome. Jusqu'à ce que les coûts d'ordonnancement d'entier-génome ne soit plus un barrage, les chercheurs de génétique humaine devraient se rendre compte de ces limitations en technologies de ordonnancement entières-exome. »

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