L'Intero-exome ordinamento può mancare ordinariamente individuare alcuni geni malattia-causanti, dice i ricercatori

Intero-exome ordinamento del DNA -- una tecnologia che risparmia il tempo e la moneta ordinando soltanto le regioni di proteina-codifica e non l'intero genoma -- può mancare ordinariamente individuare alcune variazioni genetiche connesse con la malattia, secondo i ricercatori di Penn State che hanno sviluppato i nuovi modi identificare tali omissioni.

L'Intero-exome ordinamento è stato utilizzato in molti studi per identificare i geni connessi con la malattia e dai laboratori clinici per diagnosticare i pazienti con le malattie genetiche. Tuttavia, la nuova ricerca indica che questi studi possono mancare ordinariamente le mutazioni in un sottoinsieme dei geni malattia-causanti che si presentano nelle regioni del genoma che sono lette di meno spesso dalla tecnologia di risparmio di costi. Un documento che descrive la ricerca compare 13 aprile 2017 online nei Rapporti Scientifici del giornale.

“Sebbene sia conosciuto che copertura -- il numero di volte che medio un pezzo dato di DNA è letto durante l'ordinamento -- potrebbe essere irregolare in intero-exome, i nostri nuovi metodi sono i primi realmente per quantificare questo,„ ha detto Santhosh Girirajan, assistente universitario ordinare della biochimica e della biologia molecolare e dell'antropologia a Penn State e ad un autore del documento. “Copertura Adeguata -- spesso altrettanto come 70 o più legge per ogni pezzo di DNA -- aumenta la nostra fiducia che la sequenza è accurata e senza, è quasi impossible da fare le previsioni sicure circa la relazione fra una mutazione in un gene e una malattia. Nel nostro studio, abbiamo trovato 832 geni che hanno sistematicamente copertura bassa attraverso tre piattaforme d'ordinamento differenti, significanti che questi geni sarebbero stati mancati nella malattia studia.„

I ricercatori hanno messo a punto due metodi differenti per identificare le regioni di basso copertura negli interi-exome dati di sequenza. Il primo metodo identifica le regioni con copertura contradditoria confrontata ad altre regioni nel genoma dai campioni multipli. Il secondo metodo calcola il numero delle regioni di basso copertura fra i campioni differenti nello stesso studio. Hanno imballato entrambi i metodi in un software libero affinchè altri ricercatori usino. “Anche quando la copertura media in un intero-exome studio d'ordinamento era alta, alcune regioni sono sembrato avere sistematicamente copertura bassa,„ ha detto Qingyu Wang, un dottorando a Penn State ai tempi della ricerca e del primo autore del documento.

le regioni di Basso Copertura possono derivare da precisione limitata nelle intere-exome tecnologie d'ordinamento dovuto determinate funzionalità genomiche. Allungamenti Altamente ripetitivi di DNA -- regioni del genoma di dove la stessa sequenza semplice Come, St, Cs e Gs può essere ripetuta molte volte -- può impedire il sequenziatore la lettura del DNA correttamente. Effettivamente, lo studio ha indicato che almeno 60 per cento dei geni di basso copertura si presentano vicino alle ripetizioni del DNA. Come esempio, il gene MAST4 contiene un elemento che ripetuto di sequenza quello piombo ad una riduzione di 3 volte della copertura confrontata alla sequenza di ripetizione. Anche quando altri geni hanno copertura sufficiente, questa regione del gene MAST4 scende bene sotto la copertura raccomandata per individuare le variazioni genetiche in questi studi.

“Una soluzione a questo problema è affinchè i ricercatori usi il intero-genoma che ordina, che esamina tutte le coppie di basi di DNA invece appena delle regioni che contengono i geni,„ ha detto Girirajan. “Il Nostro studio ha trovato che i dati del intero-genoma hanno avuti significativamente meno geni di basso copertura che gli interi-exome dati e la sua copertura si distribuisce più costante attraverso tutte le parti del genoma. Tuttavia, i costi di intero-exome ordinamento sono ancora significativamente più bassi dell'ordinamento del intero-genoma. Finché i costi di ordinamento del intero-genoma non sia più una barriera, i ricercatori della genetica umana dovrebbero essere informati di queste limitazioni nelle intere-exome tecnologie d'ordinamento.„

Sorgente: Penn State