Arranjar em seqüência Inteiro-exome pode rotineiramente faltar detectar alguns genes decausa, diz pesquisadores

Arranjar em seqüência Inteiro-exome do ADN -- uma tecnologia que salvar o tempo e o dinheiro arranjando em seqüência somente regiões da proteína-codificação e não o genoma inteiro -- pode rotineiramente faltar detectar algumas variações genéticas associadas com a doença, de acordo com os pesquisadores de Penn State que desenvolveram maneiras novas de identificar tais omissões.

Arranjar em seqüência Inteiro-exome foi usado em muitos estudos para identificar os genes associados com a doença, e por laboratórios clínicos para diagnosticar pacientes com desordens genéticas. Contudo, a pesquisa nova mostra que estes estudos podem rotineiramente faltar mutações em um subconjunto dos genes decausa que ocorrem nas regiões do genoma que são lidas menos frequentemente pela tecnologia da economia de gastos. Um papel que descreve a pesquisa aparece 13 de abril de 2017 em linha nos relatórios científicos do jornal.

“Embora se soube que cobertura -- o número médio de épocas que uma parte dada de ADN é lida durante arranjar em seqüência -- poderia ser desigual, nossos métodos novos são os primeiros para determinar realmente isto,” disse Santhosh Girirajan, em professor adjunto arranjar em seqüência inteiro-exome da bioquímica e da biologia molecular e da antropologia em Penn State e em um autor do papel. “Cobertura adequada -- frequentemente tanto como como 70 ou mais lê para cada parte de ADN -- aumenta nossa confiança que a seqüência é exacta, e sem ele, é quase impossível fazer previsões seguras sobre o relacionamento entre uma mutação em um gene e uma doença. Em nosso estudo, nós encontramos 832 genes que têm sistematicamente a baixa cobertura através de três plataformas arranjando em seqüência diferentes, significando que estes genes estariam faltados na doença estudam.”

Os pesquisadores desenvolveram dois métodos diferentes para identificar regiões da baixo-cobertura em dados inteiros-exome da seqüência. O primeiro método identifica regiões com a cobertura incompatível comparada a outras regiões no genoma das amostras múltiplas. O segundo método calcula o número de regiões da baixo-cobertura entre amostras diferentes no mesmo estudo. Empacotaram ambos os métodos em um software livre para que outros pesquisadores usem-se. “Mesmo quando a cobertura média em um estudo arranjando em seqüência inteiro-exome era alta, algumas regiões pareceram ter sistematicamente a baixa cobertura,” disse Qingyu Wang, um aluno diplomado em Penn State na altura da pesquisa e do primeiro autor do papel.

as regiões da Baixo-cobertura podem resultar de precisão limitada nas tecnologias arranjando em seqüência inteiras-exome devido a determinadas características genomic. Estiramentos altamente repetitivos do ADN -- regiões do genoma de onde a mesma seqüência simples como, Ts, Cs, e Gs pode ser repetida muitas vezes -- pode impedir que o sequencer leia o ADN correctamente. Certamente, o estudo mostrou que pelo menos 60 por cento de genes da baixo-cobertura ocorrem perto das repetições do ADN. Como um exemplo, o gene MAST4 contem um elemento que repetido da seqüência aquele conduz a uma redução de 3 dobras na cobertura comparada à seqüência derepetição. Mesmo quando outros genes têm a suficiente cobertura, esta região do gene MAST4 cai bem abaixo da cobertura recomendada para detectar variações genéticas nestes estudos.

“Uma solução a este problema é para que os pesquisadores usem o inteiro-genoma que arranja em seqüência, que examina todos os pares baixos de ADN em vez apenas das regiões que contêm genes,” disse Girirajan. “Nosso estudo encontrou que os dados do inteiro-genoma tiveram significativamente menos genes da baixo-cobertura do que dados inteiros-exome, e sua cobertura é distribuída mais uniformemente através de todas as partes do genoma. Contudo, os custos de arranjar em seqüência inteiro-exome são ainda significativamente mais baixos do que arranjar em seqüência do inteiro-genoma. Até que os custos de arranjar em seqüência do inteiro-genoma estejam já não uma barreira, os pesquisadores da genética humana devem estar cientes destas limitações em tecnologias arranjando em seqüência inteiras-exome.”

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