La secuencia Entera-exome puede faltar rutinario el descubrir de algunos genes enfermedad-que causan, dice a investigadores

Secuencia Entera-exome de la DNA -- una tecnología que salva tiempo y el dinero ordenando solamente las regiones de la proteína-codificación y no el genoma entero -- puede faltar rutinario el descubrir de algunas variaciones genéticas asociadas a enfermedad, según los investigadores del Estado de Penn que han desarrollado nuevas maneras de determinar tales omisiones.

La secuencia Entera-exome se ha utilizado en muchos estudios para determinar los genes asociados a enfermedad, y por los laboratorios clínicos para diagnosticar a pacientes con desordenes genéticos. Sin embargo, la nueva investigación muestra que estos estudios pueden faltar rutinario mutaciones en un subconjunto de los genes enfermedad-que causan que ocurren en las regiones del genoma que son leídas menos a menudo por la tecnología del ahorro. Un papel que describe la investigación aparece 13 de abril de 2017 en línea en los partes científicos del gorrón.

“Aunque era sabido que abrigo -- el número medio de épocas que un pedazo dado de DNA se lee durante la secuencia -- podría ser irregular en, nuestros nuevos métodos son los primeros para cuantificar realmente esto,” dijo a Santhosh Girirajan, profesor adjunto la secuencia entero-exome de la bioquímica y de la biología molecular y de la antropología en el Estado de Penn y un autor del papel. “Abrigo adecuado -- a menudo tanto como 70 o más lee para cada pedazo de DNA -- aumenta nuestra confianza que la serie es exacta, y sin él, es casi imposible hacer predicciones confiadas sobre el lazo entre una mutación en un gen y una enfermedad. En nuestro estudio, encontramos 832 genes que tienen sistemáticamente abrigo inferior a través de tres diversas plataformas de secuencia, significando que estos genes serían faltados en enfermedad estudian.”

Los investigadores desarrollaron dos métodos diferentes para determinar regiones del inferior-abrigo en datos enteros-exome de la serie. El primer método determina regiones con el abrigo contrario comparado a otras regiones en el genoma de muestras múltiples. El segundo método calcula el número de regiones del inferior-abrigo entre diversas muestras en el mismo estudio. Han empaquetado ambos métodos en un software libre para que otros investigadores utilicen. “Incluso cuando el abrigo medio en un estudio de secuencia entero-exome era alto, algunas regiones aparecían tener sistemáticamente abrigo inferior,” dijo a Qingyu Wang, estudiante de tercer ciclo en el Estado de Penn a la hora de la investigación y del primer autor del papel.

las regiones del Inferior-abrigo pueden resultar de la precisión limitada en las tecnologías de secuencia enteras-exome debido a ciertas características genomic. Alargamientos altamente repetidores de la DNA -- regiones del genoma del donde la misma serie simple como, los Ts, Cs, y Gs se puede relanzar muchas veces -- puede evitar que el secuenciador lea la DNA correctamente. De hecho, el estudio mostró que por lo menos el 60 por ciento de genes del inferior-abrigo ocurre cerca de repeticiones de la DNA. Como un ejemplo, el gen MAST4 contiene un elemento relanzado de la serie que ése lleva a una reducción de tres veces en el abrigo comparado a la serie no-que relanza. Incluso cuando otros genes tienen suficiente abrigo, esta región del gen MAST4 baja bien abajo del abrigo recomendado para descubrir variaciones genéticas en estos estudios.

“Una solución a este problema está para que los investigadores utilicen el entero-genoma que ordena, que examina todos los pares bajos de DNA en vez apenas de las regiones que contienen genes,” dijo a Girirajan. “Nuestro estudio encontró que los datos del entero-genoma tenían importante menos genes del inferior-abrigo que datos enteros-exome, y su abrigo se distribuye más uniformemente a través de todas las partes del genoma. Sin embargo, los costos de secuencia entera-exome siguen siendo importante más inferiores que la secuencia del entero-genoma. Hasta que los costos de secuencia del entero-genoma sean no más una barrera, los investigadores de la genética humana deben ser conscientes de estas limitaciones en tecnologías de secuencia enteras-exome.”

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