Le dispositif de ordonnancement génétique tenu dans la main Novateur aide des scientifiques à cheminer l'évolution du virus de Zika

Un groupe international de chercheurs à bord un laboratoire mobile équipé d'un dispositif de ordonnancement génétique tenu dans la main novateur cheminent le mouvement du virus de Zika puisqu'il a débarqué au Brésil et a commencé à écarter par les Amériques.

Selon les scientifiques, leur objectif est de surveiller l'évolution du génome viral et de comprendre ce qui s'est produite, afin de pouvoir prévoir de futures manifestations et maintenir des méthodes diagnostiques à jour.

Les premiers résultats du Projet ZiBRA (Zika dans l'Analyse en Temps Réel du Brésil), qui est supporté par le Ministère de la Santé du Brésil, le FAPESP et plusieurs autres entités, ont été publiés dans la Nature de tourillon.

« En combinant des données épidémiologiques et génétiques, nous pouvions voir que Zika a diffusé silencieusement dans toutes les régions des Amériques au moins une année avant que le virus ait été confirmé la première fois, en mai 2015, » a dit Nuno Faria, un chercheur dans le Service de Zoologie de l'Université d'Oxford, R-U, et premier auteur de l'article.

Selon Faria, Zika a été introduit dans la région Du Nord-est du Brésil en février 2014. La Boîte De Vitesses dans la région s'est probablement produite tout au long de l'année mais n'était pas particulièrement prononcée.

« La manifestation principale s'est produite très probablement en 2015, en même temps que la manifestation de dengue, » il a dit. « Zika a écarté du Nord-est au Brésil [au commencement le Rio de Janeiro Du Sud-est] et également aux Caraïbe et à d'autres pays les Sud et en Amérique Centrale, atteignant éventuellement la Floride. »

Les découvertes étaient basées sur une analyse de 254 génomes entiers de l'agent pathogène, 54 d'entre eux ont ordonnancé dans cette étude. La Majeure Partie des données génétiques neuves a été obtenue utilisant le Subordonné, un compteur séquentiel de taille d'une Palm effectué par des Technologies d'Oxford Nanopore et le pesage moins de 100 G.

Les protocoles qui ont permis à cette technologie d'ordonnancer Zika ont été développés en tant qu'élément du Projet ZiBRA et ont provoqué un deuxième article qui a été également publié dans les Protocoles de Nature de tourillon.

« Le test a été utilisé la première fois en 2015 en Afrique, pendant l'épidémie d'Ebola. Son principal avantage est qu'il peut être exécuté au site où un cas a été avisé, de sorte que la trajectoire du virus puisse être cheminée en temps réel. Le dispositif est plus petit qu'un smartphone et peut ordonnancer les génomes entiers des micros-organismes. L'Ordonnancement de plus grands organismes sera possible bientôt, » a dit l'Ester Sabino, un chercheur à l'Université de l'Institut Tropical du Médicament de São Paulo (IMT-USP) à São Paulo, au Brésil, et un co-auteur de l'article.

Plus le nombre de séquences produites est grand, plus il devient facile pour comprendre quand le virus entrait en le Brésil, comment il a écarté en travers du continent, et, surtout, comment il évolue, Sabino a ajouté.

L'analyse est rendue possible par la technique moléculaire d'horloge, qui évalue des remplacements dans certaines séquences du gène. Ces modifications se produisent relativement à un débit constant, avec les gènes comparables aux horloges du fait leurs mutations indiquent quand les différents isolats viraux ont divergé.

« L'idée pour le projet a été soulevée en 2016, quand les premières découvertes épidémiologiques et génétiques sur Zika en Amériques ont été publiées par une partie du groupe en la Science de tourillon. Lorsque, nous avions ordonnancé sept isolats viraux. Le nombre d'échantillons était insuffisant pour nous donner une notion grande de la diversité de Zika sur le continent, » a dit Luiz Carlos Alcântara de la Fondation d'Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) dans la Condition du Bahia, Brésil du nord-est.

ZiBRA a été approuvé dans un appel à propositions commun publié par trois agences Britanniques du financement de recherches : le Conseil " Recherche " Médical BRITANNIQUE, les Fonds de Newton, et la Confiance de Wellcome. Les partisans initiaux ont été joints par des chercheurs financés par plusieurs institutions Brésiliennes - le Conseil National pour le Développement Scientifique et Technologique (CNPq), le FAPESP, le FIOCRUZ, l'Institut d'Evandro Chagas, le Ministère de la Santé et l'USP - et d'autres de l'Université de Birmingham et de l'Université d'Oxford, R-U.

Un laboratoire mobile a été installé dans une barre omnibus et, en 2016, a visité les Laboratoires Centraux de Santé Publique dans quatre conditions du nord-est : Le Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco et Alagoas. Sans Compter Qu'Alcântara, Faria et Sabino, l'initiative était coordonnée par les chercheurs Nick Loman, de l'École de l'Université de Birmingham des Biosciences ; Oliver Pybus, du Service de la Zoologie de l'Université d'Oxford ; et Marcio Nunes, d'Institut d'Evandro Chagas dans Pará, le Brésil.

« À chaque Laboratoire Central, nous avons analysé 300-400 prises de sang des patients présentant des infections par un virus suspectées de Zika, réalisant un total de 1.330 essais. La technique diagnostique était l'ACP de temps réel [qui trouve l'ARN viral dans l'échantillon]. Quand le résultat était positif, le matériel génétique du virus a été ordonnancé, » Alcântara a dit.

Avec le support de deux a fixé des laboratoires, à FIOCRUZ dans Salvador, le Bahia, et IMT-USP à São Paulo, isolats de la région Du Sud-est et de Condition de Tocantins ont été également ordonnancés.

Les génomes de quatre isolats viraux du Mexique et de cinq de Colombie ont été ordonnancés aux USA par les scientifiques qui ont collaboré avec le groupe, également en tant qu'élément du Projet ZiBRA.

« Les analyses ont affiché que les virus trouvés dans les régions variées du Brésil et d'autres pays Latino-américains n'avaient pas encore subi beaucoup de mutations ou n'avaient pas développé la diversité significative, » Alcântara ont dit. « Cependant, à la lumière de ce qui est observée en Asie, le virus est susceptible d'être très différent dans un avenir proche, ainsi nous devons continuer de surveiller des développements. Si les tests utilisés pour le diagnostic ne suivent pas l'évolution du virus, ils peuvent devenir inutiles. »

Selon Alcântara, le virus semble avoir obtenu en Asie d'Afrique sous peu avant 2007, quand elle a entraîné la première épidémie principale en Micronésie. Les manifestations Fraîches se sont produites aux Philippines (2012) et à la Polynésie Française (2013 et 2014). On l'est censé alors pour avoir obtenu au Brésil, qui a enregistré jusqu'à présent le plus grand nombre de cas : plus de 200.000 avant décembre 2016, selon l'article.

« Le virus a changé beaucoup depuis qu'il a quitté l'Afrique, » Alcântara a dit. « Sa diversité ici en Amériques sera probablement beaucoup plus grande en sept ou dix ans. Nous devons mettre à jour le contrôle génomique afin de pour être disposés pour une manifestation neuve si et quand il vient. »

En plus d'aider les Laboratoires Centraux diagnostiquez les centaines de caisses suspectées de Zika en 2016, les chercheurs de ZiBRA a également formé les équipes qui ont participé aux tests pendant le voyage par la route pour exécuter le contrôle génomique utilisant le compteur séquentiel de portable de Subordonné.

Alcântara dirige maintenant la seconde étape du projet, qui concerne surveiller la dengue, le chikungunya et la fièvre jaune, ainsi que de Zika.

Source : http://www.fapesp.br/en/

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