L'unità d'ordinamento genetica tenuta in mano Innovatrice aiuta gli scienziati a tenere la carreggiata l'evoluzione del virus di Zika

Un gruppo internazionale di ricercatori a bordo un laboratorio mobile fornito di unità d'ordinamento genetica tenuta in mano innovatrice sta tenendo la carreggiata il movimento del virus di Zika poiché ha sbarcato nel Brasile ed ha cominciato a spargersi attraverso le Americhe.

Secondo gli scienziati, il loro scopo è di riflettere l'evoluzione del genoma virale e di capire che cosa è accaduto, in modo da potere predire gli scoppi futuri e tenere i metodi diagnostici aggiornati.

I primi risultati del Progetto ZiBRA (Zika nell'Analisi In Tempo Reale del Brasile), che è supportato dal Ministero Della Sanità del Brasile, FAPESP e parecchie altre entità, sono stati pubblicati nella Natura del giornale.

“Combinando i dati epidemiologici e genetici, potevamo vedere che Zika ha circolato silenziosamente in tutte le regioni delle Americhe almeno un anno prima che il virus in primo luogo fosse confermato, nel maggio 2015,„ ha detto Nuno Faria, un ricercatore nell'Instituto della Zoologia dell'Università di Oxford, REGNO UNITO e primo autore dell'articolo.

Secondo Faria, Zika è stato presentato nella regione Di Nordest del Brasile nel febbraio 2014. La Trasmissione nella regione probabilmente ha accaduto durante tutto l'anno ma non era particolarmente pronunciata.

“Lo scoppio principale molto probabilmente ha accaduto nel 2015, contemporaneamente allo scoppio di febbre rompiossa,„ ha detto. “Zika si è sparso dal Nord-est nel Brasile [inizialmente Rio de Janeiro Sudorientale] ed anche ai Caraibi e ad altri paesi il Sud ed in America Centrale, finalmente raggiungenti Florida.„

I risultati sono stati basati su un'analisi di 254 interi genoma dell'agente patogeno, 54 di loro hanno ordinato in questo studio. La Maggior Parte di nuovi dati genetici sono stati ottenuti facendo uso del Servo, un sequenziatore palma di taglia fatto le Tecnologie di Oxford Nanopore e pesando meno di 100 G.

I protocolli che hanno permesso a questa tecnologia di ordinare Zika sono stati sviluppati come componente del Progetto ZiBRA ed hanno provocato un secondo articolo che egualmente è stato pubblicato nei Protocolli della Natura del giornale.

“La prova in primo luogo è stata utilizzata nel 2015 in Africa, durante l'epidemia di Ebola. Il Suo vantaggio principale è che può essere eseguito al sito in cui un caso è stato comunicato, di modo che la traiettoria del virus può essere tenuta la carreggiata in tempo reale. L'unità è più piccola di uno smartphone e può ordinare gli interi genoma dei microrganismi. L'Ordinamento degli organismi più grandi sarà possibile presto,„ ha detto l'Estere Sabino, un ricercatore all'Università di Istituto Tropicale della Medicina di São Paulo (IMT-USP) São Paulo, nel Brasile e un co-author dell'articolo.

Più grande il numero delle sequenze generate, più facile diventa per capire quando il virus entrasse nel Brasile, come si è sparso attraverso il continente e, soprattutto, come sta evolvendosi, Sabino ha aggiunto.

L'analisi è permessa dalla tecnica molecolare dell'orologio, che valuta le sostituzioni in determinate sequenze del gene. Questi cambiamenti si presentano ad una tariffa relativamente costante, con i geni comparabili agli orologi in quanto le loro mutazioni indicano quando gli isolati virali differenti hanno diverso.

“L'idea per il progetto è venuto nel 2016 su, quando i primi risultati epidemiologici e genetici su Zika in Americhe sono stati pubblicati dalla parte del gruppo nella Scienza del giornale. Quando, avevamo ordinato sette isolati virali. Il numero dei campioni era insufficiente per darci una vasta nozione della diversità di Zika sul continente,„ ha detto Luiz Carlos Alcântara dalle Fondamenta di Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) nello Stato della Bahia, Brasile di nordest.

ZiBRA è stato approvato in un invito a presentare proposte unito pubblicato da tre agenzie Britanniche di finanziamento della ricerca: il Consiglio di Ricerca Medica BRITANNICO, il Fondo di Newton e la Fiducia di Wellcome. I fautori originali si sono uniti dai ricercatori costituiti un fondo per da parecchie istituzioni Brasiliane - il Consiglio Nazionale per Scientifico & Sviluppo Tecnologico (CNPq), FAPESP, FIOCRUZ, Istituto di Evandro Chagas, il Ministero Della Sanità E USP - e da altre dall'Università di Birmingham e dall'Università di Oxford, REGNO UNITO.

Un laboratorio mobile è stato installato nel 2016 in un bus e, ha visualizzato i Laboratori Centrali di Salute pubblica in quattro stati di nordest: Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco e Alagoas. Oltre a Alcântara, a Faria e a Sabino, l'iniziativa è stata coordinata dai ricercatori Nick Loman, dal Banco dell'Università di Birmingham delle Scienze Biologiche; Oliver Pybus, dall'Instituto della Zoologia dell'Università di Oxford; e Marcio Nunes, dall'Istituto di Evandro Chagas in Pará, il Brasile.

“Ad ogni Laboratorio Centrale, abbiamo analizzato 300-400 campioni di sangue dai pazienti con le infezioni virali sospettate di Zika, eseguenti complessivamente 1.330 prove. La tecnica diagnostica era PCR [che in tempo reale individua il RNA virale nel campione]. Quando il risultato era positivo, il materiale genetico del virus è stato ordinato,„ Alcântara ha detto.

Con supporto da due ha fissato i laboratori, a FIOCRUZ in Salvador, la Bahia e IMT-USP a São Paulo, isolati dalla regione Sudorientale e dallo Stato di Tocantins egualmente sono stati ordinati.

I genoma di quattro isolati virali dal Messico e di cinque dalla Colombia sono stati ordinati negli STATI UNITI dagli scienziati che hanno collaborato con il gruppo, egualmente come componente del Progetto ZiBRA.

“Le analisi hanno mostrato che i virus trovati nelle varie regioni di Brasile e di altri paesi Dell'America Latina ancora non avevano subito molte mutazioni o non avevano sviluppato la diversità significativa,„ Alcântara hanno detto. “Tuttavia, alla luce di che cosa è osservata in Asia, il virus è probabile essere molto differente nell'immediato futuro, in modo da dobbiamo continuare a riflettere gli sviluppi. Se le prove usate per la diagnosi non continuano con l'evoluzione del virus, possono diventare inefficaci.„

Secondo Alcântara, il virus sembra arrivare presto in Asia dall'Africa prima del 2007, quando ha causato la prima epidemia principale in Micronesia. Gli scoppi Freschi si sono presentati nelle Filippine (2012) ed in Polinesia Francese (2013 e 2014). Poi è creduto per arrivare nel Brasile, che ha riferito il più grande numero dei casi fin qui: più di 200.000 da ora a dicembre 2016, secondo l'articolo.

“Il virus ha cambiato molto da quando ha lasciato l'Africa,„ Alcântara ha detto. “La Sua diversità qui in Americhe probabilmente sarà molto maggior in sette o dieci anni. Dobbiamo mantenere la sorveglianza genomica per essere preparato per un nuovo scoppio se e quando viene.„

Oltre ad aiutare i Laboratori Centrali diagnostichi le centinaia di casse sospettate di Zika nel 2016, i ricercatori di ZiBRA egualmente ha formato i gruppi che hanno partecipato alle prove durante il viaggio stradale per realizzare la sorveglianza genomica facendo uso del sequenziatore del portatile del Servo.

Alcântara ora sta dirigendo la seconda tappa del progetto, che comprende riflettere la febbre rompiossa, il chikungunya e la febbre gialla come pure di Zika.

Sorgente: http://www.fapesp.br/en/

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