O dispositivo arranjando em seqüência genético handheld Inovativo ajuda cientistas a seguir a evolução do vírus de Zika

Um grupo internacional de pesquisadores a bordo um laboratório móvel equipado com um dispositivo arranjando em seqüência genético handheld inovativo está seguindo o movimento do vírus de Zika desde que desembarcou em Brasil e começou a espalhar através dos Americas.

De acordo com os cientistas, seu alvo é monitorar a evolução viral do genoma e compreender o que aconteceu, para poder prever as manifestações futuras e manter métodos diagnósticos atualizados.

Os primeiros resultados do Projecto ZiBRA (Zika na Análise do Tempo Real de Brasil), que é apoiado pelo Ministério da Saúde de Brasil, pelo FAPESP e pelas diversas outras entidades, foram publicados na Natureza do jornal.

“Combinando dados epidemiológicos e genéticos, nós pudemos ver que Zika circulou silenciosamente em todas as regiões dos Americas pelo menos um ano antes que o vírus estêve confirmado primeiramente, em maio de 2015,” disse Nuno Faria, um pesquisador no Departamento do Zoologia da Universidade de Oxford, REINO UNIDO, e primeiro autor do artigo.

De acordo com Faria, Zika foi introduzido na região Do Nordeste de Brasil em fevereiro de 2014. A Transmissão na região provavelmente ocorreu ao longo do ano mas não foi especialmente pronunciada.

“A manifestação principal ocorreu muito provavelmente em 2015, simultaneamente com a manifestação da dengue,” disse. “Zika espalhou do Nordeste a Brasil Do Sudeste [inicialmente Rio de Janeiro] e igualmente às Caraíbas e a outros países no Sul e na América Central, alcançando eventualmente Florida.”

Os resultados foram baseados em uma análise de 254 genomas inteiros do micróbio patogénico, 54 deles arranjaram em seqüência neste estudo. A Maioria dos dados genéticos novos foram obtidos usando o Sequaz, um sequencer palma-feito sob medida feito Tecnologias de Oxford Nanopore e por peso menos de 100 G.

Os protocolos que permitiram esta tecnologia de arranjar em seqüência Zika foram desenvolvidos como parte do Projecto ZiBRA e causaram um segundo artigo que fosse publicado igualmente nos Protocolos da Natureza do jornal.

“O teste foi usado primeiramente em 2015 em África, durante a epidemia de Ebola. Sua vantagem principal é que pode ser executada no local onde um caso foi notificado, de modo que a trajectória do vírus pudesse ser seguida no tempo real. O dispositivo é menor do que um smartphone e pode arranjar em seqüência os genomas inteiros dos micro-organismos. Arranjar Em Seqüência de organismos maiores será possível logo,” disse o Éster Sabino, um pesquisador na Universidade do Instituto Tropical da Medicina de São Paulo (IMT-USP) em São Paulo, em Brasil, e em um co-autor do artigo.

Maior o número de seqüências geradas, mais fácil se torna para compreender quando o vírus entrou em Brasil, como espalhou através do continente, e, sobretudo, como está evoluindo, Sabino adicionou.

A análise é tornada possível pela técnica molecular do pulso de disparo, que avalia substituições em determinadas seqüências do gene. Estas mudanças ocorrem em uma taxa relativamente constante, com os genes comparáveis aos pulsos de disparo que suas mutações indicam quando os isolados virais diferentes divergiram.

“A ideia para o projecto veio acima em 2016, quando os primeiros resultados epidemiológicos e genéticos em Zika nos Americas foram publicados pela parte do grupo na Ciência do jornal. Então, nós tínhamos arranjado em seqüência sete isolados virais. O número de amostras era insuficiente para dar-nos uma noção larga da diversidade de Zika no continente,” disse Luiz Carlos Alcântara da Fundação de Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) no Estado de Baía, Brasil do nordeste.

ZiBRA foi aprovado em um atendimento comum para as propostas emitidas por três agências Britânicas do financiamento da pesquisa: o Conselho de Investigação Médica BRITÂNICO, o Fundo de Newton, e a Confiança de Wellcome. Os proponentes originais foram juntados pelos pesquisadores financiados por diversas instituições Brasileiras - o Conselho Nacional para a Revelação Científica & Tecnologico (CNPq), o FAPESP, o FIOCRUZ, o Instituto de Evandro Chagas, o Ministério da Saúde e o USP - e por outro da Universidade de Birmingham e da Universidade de Oxford, REINO UNIDO.

Um laboratório móvel foi instalado em um barramento e, em 2016, visitou Laboratórios Centrais da Saúde Pública em quatro estados do nordeste: O Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco e Alagoas. Além de Alcântara, de Faria e de Sabino, a iniciativa foi coordenada pelos pesquisadores Nick Loman, da Escola da Universidade de Birmingham das Ciências Biológicas; Oliver Pybus, do Departamento do Zoologia da Universidade de Oxford; e Marcio Nunes, do Instituto de Evandro Chagas em Pará, Brasil.

“Em cada Laboratório Central, nós analisamos 300-400 amostras de sangue dos pacientes com as infecções suspeitadas do vírus de Zika, executando um total de 1.330 testes. A técnica diagnóstica era o PCR do tempo real [que detecta o RNA viral na amostra]. Quando o resultado era positivo, o material genético do vírus foi arranjado em seqüência,” Alcântara disse.

Com apoio de dois fixou laboratórios, em FIOCRUZ em Salvador, Baía, e IMT-USP em São Paulo, isolados da região Do Sudeste e do Estado de Tocantins foram arranjados em seqüência igualmente.

Os genomas de quatro isolados virais de México e de cinco de Colômbia foram arranjados em seqüência nos E.U. pelos cientistas que colaboraram com o grupo, igualmente como parte do Projecto ZiBRA.

“As análises mostraram que os vírus encontrados nas várias regiões de Brasil e de outros países Latino-Americanos não se tinham submetido a muitas mutações nem não se tinham desenvolvido ainda a diversidade significativa,” Alcântara disseram. “Contudo, à luz do que é observada em Ásia, o vírus é provável ser muito diferente em um futuro próximo, assim que nós temos que continuar a monitorar revelações. Se os testes usados para o diagnóstico não prosseguem com a evolução do vírus, podem tornar-se ineficazes.”

De acordo com Alcântara, o vírus parece ter chegado logo em Ásia de África antes de 2007, quando causou a primeira epidemia principal em Micronésia. As manifestações Frescas ocorreram nas Filipinas (2012) e em Polinésia Francesa (2013 e 2014). Acredita-se então para ter chegado em Brasil, que relatou o número o maior de casos até agora: mais de 200.000 daqui até dezembro de 2016, de acordo com o artigo.

“O vírus mudou muito desde que saiu de África,” Alcântara disse. “Sua diversidade aqui nos Americas será provavelmente muito maior em sete ou dez anos ' - de tempo. Nós devemos manter a fiscalização genomic a fim ser preparado para uma manifestação nova se e quando vem.”

Além do que a ajuda de Laboratórios Centrais diagnostique centenas de caixas suspeitadas de Zika em 2016, os pesquisadores de ZiBRA igualmente treinou as equipes que participaram nos testes durante a viagem por estrada para executar a fiscalização genomic usando o sequencer do portable do Sequaz.

Alcântara está dirigindo agora a segunda etapa do projecto, que envolve monitorar a dengue, o chikungunya e a febre amarela, assim como de Zika.

Source: http://www.fapesp.br/en/

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