El dispositivo de secuencia genético del PDA Innovador ayuda a científicos a seguir su trayectoria la evolución del virus de Zika

Un grupo internacional de investigadores a bordo un laboratorio movible equipado de un dispositivo de secuencia genético del PDA innovador está siguiendo su trayectoria el movimiento del virus de Zika puesto que desembarcó en el Brasil y comenzó a extenderse a través de las Américas.

Según los científicos, su objetivo es vigilar la evolución del genoma viral y entender qué ha suceso, para poder predecir los brotes futuros y mantener métodos diagnósticos actualizados.

Los primeros resultados del Proyecto ZiBRA (Zika en el Análisis En Tiempo Real del Brasil), que es utilizada por el Ministerio de Sanidad del Brasil, FAPESP y varias otras entidades, fueron publicados en la Naturaleza del gorrón.

“Combinando datos epidemiológicos y genéticos, podíamos ver que Zika circuló silenciosamente en todas las regiones de las Américas por lo menos un año antes de que el virus primero fuera confirmado, en mayo de 2015,” dijo a Nuno Faria, investigador en el Departamento de la Zoología de la Universidad de Oxford, REINO UNIDO, y primer autor del artículo.

Según Faria, Zika fue introducido en la región De Nordeste del Brasil en febrero de 2014. La Transmisión en la región ocurrió probablemente a lo largo del año pero no era especialmente pronunciada.

“El brote mayor ocurrió muy probablemente en 2015, simultáneamente al brote de la dengue,” él dijo. “Zika se extendió del Nordeste al Brasil Suroriental [inicialmente Rio de Janeiro] y también al Caribe y a otros países en el Sur y America Central, alcanzando eventual la Florida.”

Las conclusión fueron basadas en un análisis de 254 genomas enteros del patógeno, 54 de ellos ordenaron en este estudio. La mayor parte de los nuevos datos genéticos fueron obtenidos usando el Subordinado, un secuenciador palma-clasificado hecho las Tecnologías de Oxford Nanopore y pesando menos de 100 G.

Los protocolos que permitieron a esta tecnología ordenar Zika fueron desarrollados como parte del Proyecto ZiBRA y dieron lugar a un segundo artículo que también fue publicado en los Protocolos de la Naturaleza del gorrón.

“La prueba primero fue utilizada en 2015 en África, durante la epidemia de Ebola. Su ventaja principal es que puede ser realizada en el sitio en donde se ha notificado un caso, para poder seguir su trayectoria la trayectoria del virus en tiempo real. El dispositivo es más pequeño que un smartphone y puede ordenar los genomas enteros de microorganismos. La Secuencia de organismos más grandes será posible pronto,” dijo el Éster Sabino, investigador en la Universidad del Instituto Tropical del Remedio de São Paulo (IMT-USP) en São Paulo, el Brasil, y un co-autor del artículo.

Cuanto más grande es el número de series generadas, cuanto más fácil llega a ser para entender cuando el virus entró en el Brasil, cómo se extendió a través del continente, y, sobre todo, cómo se está desarrollando, Sabino agregó.

El análisis es hecho posible por la técnica molecular del reloj, que evalúa substituciones en ciertas series del gen. Estos cambios ocurren a un tipo relativamente constante, con los genes comparables a los relojes en que sus mutaciones indican cuando divergieron diversos aislantes virales.

“La idea para el proyecto subió en 2016, cuando las primeras conclusión epidemiológicas y genéticas en Zika en las Américas fueron publicadas por la parte del grupo en la Ciencia del gorrón. Cuando, habíamos ordenado siete aislantes virales. El número de muestras era escaso para darnos una noción amplia de la diversidad de Zika en el continente,” dijo a Luiz Carlos Alcântara del Asiento de Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) en el Estado de Bahía, el Brasil del noreste.

ZiBRA fue aprobado en una visita común para las ofertas publicadas por tres dependencias Británicas del financiamiento de la investigación: el Consejo de Investigación Médico BRITÁNICO, el Fondo de Newton, y la Confianza de Wellcome. A los investigadores ensamblaron a los autores originales financiados por varias instituciones Brasileñas - el Consejo Nacional para el Revelado Científico y Tecnológico (CNPq), FAPESP, FIOCRUZ, el Instituto de Evandro Chagas, el Ministerio de Sanidad y USP - y otras de la Universidad y de la Universidad de Oxford, REINO UNIDO de Birmingham.

Un laboratorio movible fue instalado en un omnibus y, en 2016, visitó Laboratorios Centrales de la Salud Pública en cuatro estados del noreste: Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco y Alagoas. Además de Alcântara, de Faria y de Sabino, la iniciativa fue coordinada por los investigadores Nick Loman, de la Escuela de la Universidad de Birmingham de Ciencia Biológicas; Oliverio Pybus, del Departamento de la Zoología de la Universidad de Oxford; y Marcio Nunes, del Instituto de Evandro Chagas en Pará, el Brasil.

“En cada Laboratorio Central, analizábamos 300-400 muestras de sangre de pacientes con las infecciones sospechosas del virus de Zika, realizando un total de 1.330 pruebas. La técnica diagnóstica era la POLIMERIZACIÓN EN CADENA en tiempo real [que detecta el ARN viral en la muestra]. Cuando el resultado era positivo, el material genético del virus fue ordenado,” Alcântara dijo.

Con el soporte a partir del dos reparó laboratorios, en FIOCRUZ en Salvador, Bahía, e IMT-USP en São Paulo, aislantes de la región Suroriental y del Estado de Tocantins también fueron ordenados.

Los genomas de cuatro aislantes virales de México y cinco de Colombia fueron ordenados en los E.E.U.U. por los científicos que colaboraron con el grupo, también como parte del Proyecto ZiBRA.

“Los análisis mostraron que los virus encontrados en las diversas regiones del Brasil y de otros países Latinoamericanos todavía no habían experimentado muchas mutaciones ni habían desarrollado diversidad importante,” a Alcântara dijeron. “Sin Embargo, a la luz de qué se observa en Asia, el virus es probable ser muy diferente en un futuro próximo, así que tenemos que continuar el vigilar de progresos. Si las pruebas usadas para la diagnosis no continúan con la evolución del virus, pueden llegar a ser ineficaces.”

Según Alcântara, el virus aparece haber llegado en Asia de África corto antes de 2007, cuando causó la primera epidemia mayor en Micronesia. Los brotes Frescos ocurrieron en Filipinas (2012) y Polinesia Francesa (2013 y 2014). Entonces se cree para haber llegado en el Brasil, que ha señalado el número más grande de casos hasta la fecha: más de 200.000 en diciembre de 2016, según el artículo.

“El virus ha cambiado mucho desde que salió de África,” a Alcântara dijo. “Su diversidad aquí en las Américas será probablemente mucho mayor en siete o diez años. Debemos mantener vigilancia genomic para ser preparado para un nuevo brote si y cuando viene.”

Además de ayudar Laboratorios Centrales diagnostique los centenares de cajas sospechosas de Zika en 2016, los investigadores de ZiBRA también entrenó a las personas que participaron en pruebas durante el viaje por carretera para realizar vigilancia genomic usando el secuenciador del portable del Subordinado.

Alcântara ahora está dirigiendo el segundo escenario del proyecto, que implica el vigilar de dengue, de chikungunya y de fiebre amarilla, así como de Zika.

Fuente: http://www.fapesp.br/en/

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