A aproximação Nova pode seguir como os superbugs viajam entre e dentro das facilidades de cuidados médicos

Bactérias do Assassino - umas que para fora-evoluíram nossos melhores antibióticos -- não pode partir muito em breve. Mas uma aproximação nova a seguir sua propagação podia eventualmente dar-nos uma possibilidade de luta manter para baixo seu número de mortes.

Usando dados de uma manifestação 2008 de um dos “superbugs mais-temidos,” e as técnicas arranjando em seqüência genéticas modernas, uma equipe modelaram com sucesso, e previsto, a maneira que o organismo espalhou entre e dentro de dúzias de facilidades de cuidados médicos.

A aproximação pode dizer se o erro está espalhando dentro de um hospital, de um lar de idosos ou do hospital agudo a longo prazo do cuidado - ou se um paciente novo transferido de uma outra facilidade a trouxe lá.

Ou seja se lutar superbugs é como um filme de terror, a aproximação pode dizer se o atendimento está vindo do interior da casa, ou se o assassino está espreitando fora de e para barge aproximadamente através da porta.

E apenas como em um filme de terror, obter uma resposta rapidamente pode guiar que tipos de profissionais de saúde das barricadas e das armas devem se usar contra o bandido.

A aproximação, publicada na Medicina Translational da Ciência, combina aproximações epidemiológicas actuais com arranjar em seqüência do inteiro-genoma - soletrar para fora a seqüência inteira do ADN das bactérias de cada paciente contaminado.

Isto torna possível usar as mudanças minúsculas no ADN do superbug - o tipo das mutações que acontecem naturalmente ao longo do tempo -- para seguir sua propagação dentro e entre das facilidades de cuidados médicos.

A aproximação foi desenvolvida por equipes do Centro Médico da Universidade da Precipitação em Chicago e na Faculdade de Medicina da Universidade Do Michigan, com o financiamento dos Centros federais para o Programa dos Epicentros da Prevenção do Controlo de Enfermidades e da Prevenção. As equipes usaram a manifestação dos dados 2008 de pneumonia carbapenem-resistente do Klebsiella (CRKP) no Midwest superior.

“Estes organismos permeam regiões, mas não se compreendeu em detalhe como aquele acontece - porque espalham como o incêndio violento em uma região e não fazem o progresso em outra,” diz Evan Snitkin, Ph.D., um professor adjunto do U-M que especializam-se na bioinformática e biologia de sistemas. “Porque esta era a primeira manifestação de CRKP na região de Chicago, nós decidimos tentar seguir seus movimentos iniciais baseados em transferências e em arranjar em seqüência pacientes do inteiro-genoma das amostras. Se nós podemos compreender que transmissão das movimentações em uma região, nós espera poder intervir para impedir uma propagação mais adicional.”

Parte Traseira a tempo

O hospital da Precipitação identificou o segundo exemplo de CRKP na região. A equipe do hospital identificou a manifestação após um paciente chegou em seu departamento de emergência em transferência de um hospital agudo do cuidado em Indiana.

Uma equipe conduzida por Mary K. Hayden, M.D., um médico das doenças infecciosas que igualmente dirija a Divisão da Precipitação da Microbiologia Clínica, conduzida e publicada sua própria investigação da manifestação, usando as melhores técnicas disponíveis naquele tempo. Concluíram que o erro tinha espalhado de um único paciente 2007, e contaminado eventualmente 42 povos tratou em 14 hospitais agudos do cuidado, dois LTACHs, e 10 lares de idosos.

Transferências dos pacientes entre estas facilidades - por exemplo, de um LTACH ou de uns cuidados a um hospital para o cuidado agudo a curto prazo, e suporte então outra vez - foram identificadas como um motorista principal da propagação. Um único LTACH foi identificado como um cubo chave para a transmissão.

Nesta manifestação, muitos pacientes morreram. Por Todo O País, as taxas de mortalidade para CRKP são mesmo mais altas, e tende a rapinar em cima do mais doentes, a maioria de pacientes vulneráveis.

Amostras Velhas, análise nova

Em 2008, arranjar em seqüência do inteiro-genoma do este muitas amostras não era praticável.

“Embora nosso research fellow naquele tempo, Dr. Sarah Vencimento, conduziu uma investigação exaustiva da manifestação, as ferramentas epidemiológicas moleculars disponíveis em 2008 não permitiram que nós determinassem o sincronismo e sentido da propagação para muitos casos,” diz Hayden. “Nós salvar os isolados com a esperança que mais técnicas discriminadoras estariam disponíveis no futuro. Nós éramos muito entusiasmado quando o futuro chegou!”

A equipe da Precipitação trouxe as amostras ao Centro de U-M para Sistemas Microbianos para arranjar em seqüência, e a equipe de Snitkin começou pôr os dados do genoma junto com o que a equipe de Hayden tinha encontrado sobre a manifestação. Isto incluiu algo que não tinha estado disponível antes do relatório original da manifestação: dados clínicos no “paciente zero,” a pessoa cuja a infecção com CRKP datou de mid-2007, e que a equipe de Hayden tinha identificado previamente como a origem da manifestação.

Isto permitiu que a equipe criasse uma “árvore genealógica” da manifestação de CRKP, de volta a esse primeiro paciente no tronco. Traçaram a propagação do paciente ao paciente, e a facilidade à facilidade, com base em ambos a equipe do Hayden do sleuthwork tinha feito e a informação genomic nova da seqüência.

Poderiam ver que casos tinham resultado da transmissão dentro da facilidade - devido às práticas que permitiram que as bactérias do paciente contaminado alcançassem outro - e que tinham sido introduzidas porque um paciente foi transferido com as bactérias já dentro delas.

Então, testaram a aproximação tentando prever a infecção do CRKP de que facilidade cada paciente tinha vindo, usando somente os genomas dos outros pacientes já tratados na manifestação - e em nenhumas da informação dos pacientes tratados mais tarde.

Esta análise do tempo real, similar ao que pôde acontecer em uma manifestação real, localizado com sucesso a facilidade onde a infecção veio para de cada paciente.

“A seqüência do genoma é poderosa para encontrar caminhos, mas ter dados epidemiológicos sobre exposições e movimento entre facilidades faz tudo fazer o sentido,” diz Snitkin, que posições de posses nos departamentos de Faculdade de Medicina do U-M da Microbiologia & a Imunologia e Medicina Interna. “Nós prevemos que nós poderemos usar esta mesma aproximação em outros organismos, também, embora a eficácia variará.”

Adiciona Hayden, “Esta aproximação pôde ser particularmente útil em identificar caminhos da transmissão logo após a emergência de um superbug em uma região. Mais cedo nós podemos intervir para conter uma manifestação, mais provável é que nós pode erradicá-la.”

A experiência complementar das equipes de Michigan e de Precipitação feitas o projecto possível, adiciona. Indo para a frente, a equipe espera testar a aproximação em outros ajustes, para ver se pode encontrar os cubos da revelação e da transmissão resistentes aos antibióticos das bactérias.

Igualmente testarão a aproximação para que sua capacidade siga a origem da transmissão para um organismo que esteja já actual em uma área. Isto poderia ser muito mais duro do que seguindo um tipo recentemente introduzido de infecção que apenas incorporou uma região.

O papel de LTACH, onde os pacientes podem viver por meses em um momento que recebe o cuidado do hospital-nível tal como a ventilação constante, é uma que igualmente esperam explorar mais. Tais facilidades podem ser especialmente inclinadas a revelação de organismos resistentes aos antibióticos simplesmente devido ao tipo do cuidado que fornecem a uma população muito vulnerável e imóvel com os sistemas imunitários fracos.

A longo prazo, a esperança dos pesquisadores sua aproximação podia ser adaptada amplamente por especialistas do controle das autoridades responsáveis pela saúde pública e da infecção em facilidades de cuidados médicos - e ser usada para dirigir intervenções muito cedo em uma manifestação para impedir a transmissão através das redes largas.

Para obter a esse ponto exigirá a revelação do software do public domain para que os detectives da doença da saúde pública usem-se rotineiramente, ou mesmo automatizem-se o processo.

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