Nytt att närma sig kan spåra hur superbugs reser bland och inom sjukvårdlättheter

Mördarebakterier - en som ut-har evolved våra bäst antibiotikummar -- kan inte gå bort när som helst snart. Men ett nytt att närma sig till att spåra deras spridning kunde slutligen ge oss som en stridighet riskerar uppehället, deras dödavgift besegrar.

Genom Att Använda data från ett utbrott 2008 av en av defruktade ”superbugsna,” och moderna genetiska ordnande i viss följdtekniker, ett lag har lyckat modellerat och har förutsagt, långt organismspridningen mellan och inom dussintals sjukvårdlättheter.

Att närma sig kan berätta, om bugga fördelar inom ett sjukhus, ett vårdhem eller långsiktigt akut omsorgsjukhus - eller om en ny tålmodig som överförs från en annan lätthet, har kommit med den där.

Med andra ord om att slåss superbugs är likt en fasafilm, kan att närma sig berätta, om appellen är kommande från insida huset, eller om mördare lurar utanför och omkring att rusa till och med dörren.

Och precis kan något liknande i en fasafilm som får ett svar snabbt, vägleda vilka sorter av barrikader och vård- professionell för vapen bör använda mot villainen.

Att närma sig som publiceras i Translational Medicin för Vetenskap, den epidemiological sammanslutningströmmen, att närma sig med hel-genom ordnande i viss följd - stava ut den hela DNAEN ordna av bakterier från varje smittade tålmodig.

Detta gör det möjlighet för att använda de mycket små ändringarna i superbugDNA - sorten av mutationar som händer naturligt med tiden -- att att spåra deras spridning inom och mellan sjukvårdlättheter.

Att närma sig framkallades av lag från Rusar UniversitetarMedicinskt center i Chicago och MichiganuniversitetetMedicinsk fakultet, med finansiering från det federalt Centrerar för Sjukdom Kontrollerar, och Förhindrandets FörhindrandeEpicentra Programmerar. Lagen använde data på ett utbrott 2008 av carbapenem-resistent Klebsiellalunginflammation (CRKP) i övreMidwesten.

”Genomsyrar Dessa organismer regioner, men det har inte förståtts in specificerar hur det händer - därför de den lika löpelden för spridning i en region och inte gör framsteg i another,” något att säga Evan Snitkin, Ph.D., en U--Massistentprofessor som specialiserar i bioinformatics och systembiologi. ”Därför Att detta var det första utbrott av CRKP i den Chicago regionen, avgjorde vi försök att spåra dess initiala förehavanden som baserades på tålmodiga överföringar, och hel-genom ordnande i viss följd av tar prov. Om vi kan förstå vilken drevöverföring i en region, oss hoppas för att vara kompetent att ingripa för att förhindra mer ytterligare spridning.”,

Dra Tillbaka i tid

Rushs sjukhus identifierade understödjafallet av CRKP i regionen. Sjukhuslaget identifierade utbrott efter en tålmodig som ankoms på deras nöd- avdelning i en överföring från ett akut omsorgsjukhus i Indiana.

Ett lag ledde vid Mary K. Hayden, M.D., en smittsam sjukdomläkare, som riktar också Rushs Uppdelning av Klinisk Microbiology som förades och publicerades dess egna utredning av utbrott, genom att använda de tillgängliga bäst teknikerna på tiden. De avslutade att bugga hade spridning från en tålmodig singel i mid-2007, och slutligen smittat 42 folk behandlade i 14 akut omsorgsjukhus, två LTACHs och 10 vårdhem.

Överföringar av tålmodig bland dessa lättheter - till exempel, från en LTACH eller en sjukvård till ett sjukhus för kortfristig akut omsorg, och dra tillbaka därefter igen - identifierades som en ha som huvudämnechaufför av spridning. En singel LTACH identifierades som ett nyckel- nav för överföring.

I detta utbrott dog många tålmodig. Riksomfattande klassar död för CRKP är även högre, och den ansar till rovet på det mest sjuk, mest sårbara tålmodig.

Gammalt tar prov, ny analys

Dra Tillbaka i 2008, hel-genom ordnande i viss följd av dessa många tar prov var inte görligt.

”Även Om vår forskningkamrat på tiden, Dr. Sarah Segra, förade en uttömma utbrottutredning, det molekylära epidemiologic bearbetar tillgängligt i 2008 inte l5At oss bestämma tajming och riktning av spridning för många fall,” något att säga Hayden. ”Sparade Vi isolaterna med hoppet att mer diskriminera tekniker skulle är tillgängliga i framtiden. Vi var mycket upphetsada, då framtiden ankom!”,

Rusalaget kom med tar prov till U-Mar Centrerar för det Mikrobiella System- för att ordna och Snitkins laget som startades för att sätta genomdatan samman med vad Haydens lag hade funnit ut om utbrott. Detta inklusive något som inte hade varit tillgänglig, för den original- utbrottrapporten: kliniska data på ”tålmodig nolla,” personen vars infektion med CRKP daterade tillbaka till mid-2007, och som Haydens lag hade föregående identifierat som beskärningen av utbrott.

Detta tillåtet laget som först som skapar ”ett stamträd” av CRKP-utbrott, baksida till det är tålmodigt på stammen. De kartlade spridningen från tålmodig till tålmodig, och lättheten till lättheten som baserades på båda sleuthworkHayden'sens lag, hade gjort, och de nya genomic ordnar information.

De kunde se vilka fall hade resulterat från överföring inom lättheten - på grund av övar att tillåtna bakterier från den infekterade tålmodig för att ne andra - och vilket hade introducerats, därför att en tålmodig överfördes med de redan inre bakterierna dem.

Därefter testade de att närma sig vid pröva för att förutsäga vilken lättheten varje tålmodigs CRKP-infektion hade kommit från, genom att använda endast genom av de andra tålmodina som behandlades redan i utbrott - och inga av informationen från tålmodig behandlade mer sistnämnd.

Denna realtidsanalys som är liknande till, vilken styrka händer i ett verkligt utbrott, lyckat preciserat lättheten var infektionen kom från för varje tålmodig.

”Ordnar genom är kraftig för att finna banor, men att ha epidemiological data om exponeringar och rörelse mellan lättheter gör allt att göra avkänning,” något att säga Snitkin, som rymmer placerar i U--MMedicinsk fakultet avdelningar av Microbiology & Immunologi och den Inre Medicinen. ”Föreställa sig Vi att vi ska är kompetent att använda denna samma att närma sig på andra organismer, för, fast den ska effektiviteten varierar.”,

Tillfogar Hayden, ”Detta att närma sig styrka är bestämt användbart, i att identifiera banor av överföringen snart efter uppkomst av en superbug i en region. Tidigare vi kan ingripa för att innehålla ett utbrott, mer rimlig är det, att kan vi utrota det.”,

Den kompletterande sakkunskapen av de Michigan och Rush lagen som göras projekteramöjligheten, tillfogar han. Gå framåtriktat, hoppas laget för att testa att närma sig i andra inställningar, för att se, om de kan finna naven av antibiotikum-resistent den bakterieutveckling och överföringen.

De ska också testar att närma sig för att dess kapacitet ska spåra beskärningen av överföringen för en organism som är redan närvarande i ett område. Detta kunde vara mycket mer hård än spåra en nyligen introducerad typ av infektion som har precis skrivit in en region.

Rollen av LTACH, var tålmodig kan bo för omsorg för häleri för månader i sänder sjukhus-jämn liksom konstant ventilation, är en som de hoppas också för att undersöka vidare. Sådan lättheter kan vara speciellt benägna till utvecklingen av antibiotikum-resistent organismer enkelt på grund av sorten av omsorg som de ger till en mycket sårbar och orörlig befolkning med svaga immunförsvar.

På sikt kunde forskarna som deras hopp att närma sig, anpassas i huvudsak av sjukvårdshuvudmän, och infektion kontrollerar specialister i sjukvårdlättheter - och den van vid tidig sort för rådingripanden mycket i ett utbrott som förhindrar överföringen över brett, knyter kontakt.

Att få till det peka ska kräver utvecklingen av allmänhet-området programvara för att allmän hälsasjukdomkriminalare ska använda rutinmässigt eller även att automatisera det processaa.

Källa: http://med.umich.edu/

Advertisement