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Anticorpi decifranti con proteina di prossima generazione che ordina tecnologia

insights from industryMingjie XieCEORapid Novor

Un'intervista con Mingjie Xie, condotto da James Ives, MPsych

Faccia prego una generalità della proteina della generazione seguente che ordina (NGPS) e come può essere usata per decifrare le proteine dell'anticorpo.

L'ordinamento di prossima generazione della proteina o NGPS è la tecnologia per derivare le sequenze complete della proteina direttamente dai campioni della proteina facendo uso di spettrometria di massa. Lo scopo della tecnologia è di determinare esattamente la sequenza primaria della proteina nel campione dato.

Credito: ustas7777777/Shutterstock.com

L'ordinamento delle proteine dell'anticorpo è una di migliori domande di tecnologia di NGPS. Gli anticorpi sono un tipo speciale di proteine generate dal nostro sistema immunitario per proteggersi dagli agenti non Xeros.

Il sistema immunitario funziona in un modo affascinante. Può da rispondere rapidamente ad un antigene generando gli anticorpi specificamente limitati a. Ciò è fatta, in parte, dal cosiddetto meccanismo di ricombinazione di V (D) J, che provoca le sequenze “casuali„ in determinate aree delle proteine dell'anticorpo, conosciute come le regioni dideterminazione, o CDRs.

Questa irregolarità rende ad ogni anticorpo unico e efficacemente rende tutte le sequenze in qualunque database inaffidabili. Per questo motivo, NGPS sarà usato per determinare le sequenze della catena pesante e leggera.

Il concetto generale e la procedura per il nostro ordinamento della proteina dell'anticorpo di REmAb™ contiene quattro punti importanti.

Punto uno, digeriamo la proteina dell'anticorpo facendo uso degli enzimi multipli. Scegliamo con attenzione l'insieme degli enzimi che hanno norme molto differenti di taglio per aumentare la diversità di sito di digestione.

Punto due, eseguiamo i campioni tramite lo strumento di accuratezza della messa solenne, nel nostro caso, una termo Q Exactive e generiamo le centinaia di migliaia di spettri in tandem.

Punto tre, eseguiamo il peptide di de novo che ordina facendo uso del nostro proprio motore di Novor per convertire lo spettro in sequenze del peptide.

Definitivo a punto quattro, montiamo quelle sequenze del peptide nella sequenza completa della proteina.

Che cosa è la corrente il sistema monetario aureo usato per individuare le proteine dell'anticorpo e come confronta a NGPS?

La risposta è, dipende. Corrente se avete accesso alla linea cellulare che esprime l'anticorpo, il andare al metodo è di usare il DNA/RNA che ordina le tecnologie basate per derivare indirettamente le sequenze della proteina dell'anticorpo.

Se non avete l'accesso alla linea cellulare, l'ordinamento di prossima generazione della proteina è il solo modo ottenere le informazioni accurate di sequenza dell'anticorpo.

Che cosa i vantaggi chiave della proteina della generazione seguente stanno ordinando? Che svantaggi sono ci?

Quando la linea cellulare è accessibile, sia il DNA che ordina che le tecnologie di NGPS possono essere usate per determinare le sequenze dell'anticorpo.

Le proteine sono le molecole funzionali nelle celle. L'ordinamento di prossima generazione della proteina (NGPS) utilizza la tecnologia di spettrometria di massa direttamente per misurare le proteine o i polipeptidi. A causa di questa misura diretta, può individuare le varianti inattese, le modifiche di traduzione del paletto e le glicosilazioni ecc. Quei cambiamenti del livello della proteina non possono essere individuati da DNA che ordina la tecnologia.

 

Nell'anticorpo che ordina l'applicazione, a causa “dell'irregolarità„ della regione variabile, particolarmente le sequenze di regione di CDR, il DNA che ordina la tecnologia non può lavorare ad alcuni anticorpi affatto.

Essere una tecnologia di emergenza, la capacità di lavorazione di NGPS è ancora considerevolmente più basso dell'ordinamento del DNA. Il costo era caduto significativamente durante i due anni scorsi, ma ancora è veduto come barriera per più ampia approvazione quando la linea cellulare è accessibile.

Che servizi RapidNovor offre per l'ordinamento della proteina dell'anticorpo?

Offriamo il nostro REmAb™ che ordina il servizio in tre pacchetti differenti.

Il pacchetto di base di REmAb™ vi darà la catena pesante e leggera accurata sequenze integrali. Ma c'è un avvertimento; La leucina e l'isoleucina hanno Massachusetts identico. Sarà arguito soltanto nel pacchetto di base. Ciò significa che i clienti sono incoraggiati ad esprimere i moduli multipli dell'anticorpo per riguardare tutte le posizioni isoleucina/della leucina nelle regioni di CDR per assicurare il successo dell'associazione.

Il secondo pacchetto è REmAb™ con la tecnologia di WILD™. WILD™ corrisponde alla determinazione dell'isoleucina/leucina dello W-ione. Questa tecnologia utilizza lo spettrometro di massa più avanzato nel servizio e può determinare la leucina e l'isoleucina basate esattamente sullo w-ione osservato negli esperimenti.

Con la tecnologia di WILD™, gli w-ioni sono usati per determinare ogni posizione isoleucina/della leucina nella regione variabile delle sequenze della catena pesante e leggera, non lasciante necessità di esprimere i moduli multipli nella maggior parte dei casi.

Il terzo pacchetto è un ordinamento tutto compreso più il servizio di espressione. I clienti possono usare questo servizio come sportello unico: riceveranno le proteine recombinanti dell'anticorpo che funzionano appena come quelle originali.

Fa prego una breve generalità della determinazione della leucina dell'isoleucina dello W-ione (WILD™), come fa la proteina dell'anticorpo che ordina più specifico/accurato?

la determinazione dell'isoleucina/leucina dello W-ione o WILD™ è il primo servizio disponibile nel commercio per distinguere esattamente i due amminoacidi isomerici in un modo di alto-capacità di lavorazione facendo uso di spettrometria di massa.

Sebbene il meccanismo che usa gli w-ioni per differenziare i due amminoacidi a parte sia stato descritto in letteratura scientifica 30 anni fa, è diventato soltanto negli ultimi anni in qualche modo pratico con l'avanzamento della strumentazione e parecchi documenti sono stati pubblicati così con differenti protocolli di esperimento per affrontare il problema.

La lentezza dello sviluppo commerciale di questa tecnologia è in parte dovuto la mancanza di necessità nelle applicazioni reali. Per esempio, la ricerca del database è una del metodo più comunemente usato per identificare le proteine.

le proteine dell'Non anticorpo sono principalmente abbastanza conservatrici nel termine delle loro sequenze primarie, non cambiano molto spesso o non subiscono una mutazione. Per questo motivo, fidarsi degli amminoacidi del database di sequenza ha significato.

Ma ordinare le proteine dell'anticorpo è una storia completamente differente, dovuto la presenza delle regioni ipervariabili di CDR. L'ordinamento di de novo del peptide è l'ultimo metodo per capire le sequenze nel CDRs, con soltanto un'emissione lasciata, la leucina e l'isoleucina isomeriche.

La nostra tecnologia di WILD™ ha riempito l'ultimo pezzo del puzzle. La tecnologia di WILD™ è sviluppata in base allo stesso meccanismo pubblicato nel documento, con i protocolli dell'analisi di dati e di esperimento sintonizzato per essere robusta e la alto-capacità di lavorazione.

Con WILD™ ora possiamo raggiungere l'accuratezza di sequenza di 100% senza alcuni avvertimenti.

Perché è importante avere determinazione accurata degli amminoacidi isomerici come l'isoleucina e la leucina?

Sebbene l'isoleucina e la leucina abbiano lo stesso peso molecolare, hanno strutture differenti. Questa differenza di struttura causerà le differenze nelle attività biologiche. Nel contesto degli anticorpi, l'isoleucina e la leucina nelle regioni di CDR possono pregiudicare significativamente l'affinità obbligatoria e la specificità degli anticorpi.

Prima dell'arrivo di WILD™, l'espressione dei moduli multipli dell'anticorpo è richiesta generalmente per assicurarsi che quello reale sia incluso. Ciò non è sempre economica o persino pratica. Il numero dei moduli richiesti per essere espresso è esponenziale confrontato al numero delle posizioni leucina/dell'isoleucina nei sei CDRs.

In alcuni casi sfavorevoli, il costo per esprimere tutti i moduli permutated può essere proibitivo. In un progetto recente abbiamo completato, là eravamo 9 posizioni leucina/dell'isoleucina nel CDRs. Senza WILD™, il cliente avrebbe dovuto esprimere 512 moduli per riguardare tutte le possibilità.

WILD™ ha portato questo numero giù a 1. Ciò non solo ha diminuito significativamente il costo di espressione, ma egualmente li ha salvati un gran numero di tempo e di sforzo in modo che potessero mettere a fuoco sulla loro ricerca.

Quanto accurato è l'ordinamento della proteina dell'anticorpo? Conta sulle sequenze dell'omologia?

Ciò è una grande domanda. La proteina dell'anticorpo che ordina, una volta fatta correttamente, è molto accurata. Ciò è stata confermata da molti clienti. Gli anticorpi recombinanti si comportano esattamente lo stessi di quei originali.

Sono felice che alleviate la domanda di sequenza dell'omologia. Ciò è realmente una il più delle volte delle domande fatte dai nostri clienti. La risposta è NO. Non contiamo sulle sequenze dell'omologia. Ciò è in effetti una differenziazione chiave per il nostro REmAb™ che ordina la tecnologia.

Contando sulle sequenze dell'omologia nel trattamento d'ordinamento è pericoloso e può introdurre gli errori, particolarmente nella zona delle regioni di CDR. Come citato più presto, la natura di irregolarità delle sequenze nelle regioni di CDR rende tutte le sequenze del database inaffidabili. Abbiamo veduto questo molte volte in cui “fissando„ le sequenze inizialmente ordinate da altre.

Molte differenze sottili nelle sequenze, quale uno scambio di alcuni amminoacidi, non possono pregiudicare la copertura della proteina in peptide che mappa affatto.

Per assicurare l'accuratezza d'ordinamento, abbiamo sviluppato un punteggio di qualità per ogni amminoacido nelle sequenze della proteina dell'anticorpo in nostra piattaforma di REmAb™. Il punteggio è un riflesso della prova che effettiva abbiamo osservato dai dati.

Dice i nostri scienziati in tempo reale se qualsiasi parte delle sequenze dell'anticorpo può contenere gli errori, o in qualche altro meno sicuro di casi dovuto il segnale insufficiente nei dati. Egualmente abbiamo infuso parecchi best practice nel nostro trattamento d'ordinamento più ulteriormente assicurare la qualità.

1. Esamini i diversi amminoacidi
2. Presti attenzione al CDRs, particolarmente la catena pesante CDR3
3. Distingua la leucina e l'isoleucina facendo uso del metodo dello w-ione

Le che applicazioni sono ci per NGPS? Che ulteriori applicazioni sono ci con la specificità aggiunta di WILD™?

Come nuova tecnologia emergente, le applicazioni dell'ordinamento della proteina della generazione seguente sono ancora in gran parte inesplorate. Stiamo investendo molto nell'introduzione sul mercato per lasciare più scienziati sapere circa l'esistenza della tecnologia. Gli scienziati inventeranno i nuovi modi di usando.

Abbiamo salvato molti anticorpi utili per i nostri clienti in cui gli anticorpi inizialmente sono stati generati molti anni fa e le linee cellulari sono state perse o più imputabile.

Abbiamo aiutato gli anticorpi di sequenza dei clienti che sono difficili da ordinare facendo uso di DNA che ordina le tecniche. Egualmente abbiamo aiutato i clienti a confermare le sequenze che già hanno da ciecamente ed indipendente ordinando le proteine dell'anticorpo.

Le guide della tecnologia di WILD™ eliminano l'ultimo avvertimento dell'ordinamento della proteina della generazione seguente. Elimina le incertezze sulle assegnazioni isomeriche degli amminoacidi e rende la maggior parte delle applicazioni più pratici ed economici.

Che cosa il futuro tiene per NGPS? Che avanzamenti sperate di vedere nell'immediato futuro?

L'avanzamento dell'ordinamento della proteina della generazione seguente sarà in due dimensioni: la capacità di lavorazione e la complessità.

Sulla dimensione di capacità di lavorazione, l'automazione negli esperimenti e nell'analisi di dati svolgerà un ruolo importante. Stiamo investendo su robotica e su liquido automatizzato che trattano per standardizzare i nostri esperimenti di spec. della massa. Siamo anche svilupparci automatizzato ordinando gli algoritmi che possono ridurre la durata dell'analisi di dati a partire dai giorni ai minuti.

Sulla dimensione di complessità, lo scopo finale è di ordinare gli anticorpi policlonali da sangue. Per raggiungere lo scopo, l'investimento significativo in ricerca e sviluppo degli esperimenti e gli algoritmi sono richiesti.

La proteina che ordina, specialmente la nostra tecnologia della generazione seguente di REmAb™, è macinata rompersi. Ciò è la prima volta nel mondo che scienziati può ordinare attendibilmente ed ordinariamente qualsiasi proteine date.

Ciò è analoga all'invenzione della tecnologia di sequenziamento del genoma, che ha permesso ad un'intera industria e fondamentalmente ha cambiato la ricerca di biologia e di salubrità di comportamento della gente di modo. Ora siamo in una simile situazione dove l'ordinamento della proteina di alto-capacità di lavorazione è diventato possibile. Siamo ben situato fare questo cambiamento in comunità scientifica.

Dove possono i lettori trovare più informazioni?

Il nostro sito Web, www.rapidnovor.com, è una grande risorsa per attinente all'informazione alla proteina della generazione seguente che ordina, specialmente nell'applicazione dell'anticorpo.

Circa Mingjie Xie

Il sig. Mingjie Xie, MSc, MBA, è il co-fondatore e CEO di Rapid Novor Inc. È un informatico preparandosi andreceived la sua laurea del MSc dall'università occidentale nel campo di bioinformatica.

Ha ricevuto il suo grado di MBA dal banco di Richard Ivey dell'affare per perseguire i suoi interessi nell'affare. Prima del co-fondare Novor rapido inc, Mingjie è il COO di un'azienda di software di bioinformatica.

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