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Anticuerpos que descifran con la proteína de la Siguiente-Generación que ordena tecnología

insights from industryMingjie XieCEORapid Novor

Una entrevista con Mingjie Xie, conducto por James Ives, MPsych

Dé por favor una reseña de la proteína de la generación siguiente que ordena (NGPS) y cómo puede ser utilizada para descifrar las proteínas del anticuerpo.

La secuencia de la proteína de la Siguiente-Generación o NGPS es la tecnología para derivar las series completas de la proteína directamente de muestras de la proteína usando la espectrometría de masa. La meta de la tecnología es determinar exacto la serie primaria de la proteína en la muestra dada.

Haber: ustas7777777/Shutterstock.com

La secuencia de las proteínas del anticuerpo es uno de los mejores usos para la tecnología de NGPS. Los anticuerpos son un tipo especial de proteínas generadas por nuestro sistema inmune para protegerse contra agentes no nativos.

El sistema inmune trabaja de una manera fascinadora. Puede responder rápidamente a un antígeno generando los anticuerpos limitados específicamente a él. Esto es hecha, en parte, por el supuesto mecanismo de la recombinación de V (D) J, que da lugar a series “al azar” en ciertas áreas de las proteínas del anticuerpo, conocidas como las regiones de Complementariedad-determinación, o a CDRs.

Esta aleatoriedad hace cada anticuerpo único y efectivo hace cualquier serie en cualesquiera bases de datos poco fiable. Por este motivo, NGPS será utilizado para determinar las series de la cadena pesada y liviana.

El concepto general y el procedimiento para nuestra secuencia de la proteína del anticuerpo de REmAb™ contiene cuatro pasos importantes.

El paso uno, digerimos la proteína del anticuerpo usando las enzimas múltiples. Elegimos cuidadosamente el equipo de las enzimas que tienen reglas muy diversas del corte para aumentar la diversidad de sitio de la digestión.

El paso dos, funcionamos con las muestras a través del instrumento de la exactitud de la alta masa, en nuestro caso, un Q termo Exactive, y generamos cientos de miles de espectros en tándem.

El paso tres, realizamos el péptido de novo que ordena usando nuestro propio motor de Novor para convertir el espectro en series del péptido.

Finalmente en el paso cuatro, montamos esas series del péptido en la serie completa de la proteína.

¿Cuál es la corriente el patrón oro usado para descubrir las proteínas del anticuerpo y cómo él compara a NGPS?

La respuesta es, él depende. Actualmente si usted tiene acceso a la variedad de células que expresa el anticuerpo, el ir al método es utilizar el DNA/RNA que ordena tecnologías basadas para derivar indirectamente las series de la proteína del anticuerpo.

Si usted no tiene el acceso a la variedad de células, la secuencia de la proteína de la siguiente-generación es la única manera de conseguir la información exacta de la serie del anticuerpo.

¿Qué las ventajas dominantes de la proteína de la generación siguiente están ordenando? ¿Qué desventajas hay?

Cuando la variedad de células es accesible, la DNA que ordena y las tecnologías de NGPS se pueden utilizar para determinar las series del anticuerpo.

Las proteínas son las moléculas funcionales en las células. La secuencia de la proteína de la siguiente-generación (NGPS) utiliza tecnología de la espectrometría de masa para medir directamente las proteínas o los polipéptidos. Debido a esta medición directa, puede descubrir las variantes inesperadas, las modificaciones y los glycosylations de translación etc. del poste. Esos cambios del nivel de la proteína no se pueden descubrir por la DNA que ordena tecnología.

 

En el anticuerpo que ordena el uso, debido a la “aleatoriedad” de la región variable, especialmente las series de la región de los CDR, la DNA que ordena tecnología puede no trabajar en algunos anticuerpos en absoluto.

El ser una tecnología emergente, la producción de NGPS sigue siendo considerablemente más inferior que la secuencia de la DNA. El costo había caído importante en los últimos dos años, pero todavía se ve como barrera para una adopción más amplia cuando la variedad de células es accesible.

¿Qué servicios RapidNovor ofrece para la secuencia de la proteína del anticuerpo?

Ofrecemos nuestro REmAb™ que ordena servicio en tres diversos empaquetar.

El empaquetar básico de REmAb™ le dará la cadena pesada y liviana exacta las series integrales. Pero hay una advertencia; La leucina y la isoleucina tienen Massachusetts idéntico. Será deducido solamente en el empaquetar básico. Esto significa que animan a los clientes a expresar las formas múltiples del anticuerpo para revestir todas las posiciones de la leucina/de la isoleucina en las regiones de los CDR para asegurar el éxito de atar.

El segundo empaquetar es REmAb™ con tecnología de WILD™. WILD™ representa la determinación de la isoleucina/de la leucina del W-ión. Esta tecnología utiliza el espectrómetro de masas más avanzado del mercado y puede determinar la leucina y la isoleucina basadas exacto en el w-ión observado en los experimentos.

Con la tecnología de WILD™, los w-iones se utilizan para determinar cada posición de la leucina/de la isoleucina en la región variable de las series de la cadena pesada y liviana, no dejando ninguna necesidad de expresar formas múltiples en la mayoría de los casos.

El tercer empaquetar es una secuencia toda junta más servicio de la expresión. Los clientes pueden utilizar este servicio como ventanilla única: recibirán las proteínas recombinantes del anticuerpo que trabajan apenas como las originales.

¿Da por favor una reseña abreviada de la determinación de la leucina de la isoleucina del W-ión (WILD™), cómo hace la proteína del anticuerpo que ordena más específico/exacto?

la determinación de la isoleucina/de la leucina del W-ión o WILD™ es el primer servicio disponible en el comercio para distinguir exacto los dos aminoácidos isoméricos de una manera de la alto-producción usando la espectrometría de masa.

Aunque el mecanismo que utiliza los w-iones para distinguir los dos aminoácidos aparte hubiera sido descrito en literatura científica hace 30 años, llegó a ser solamente algo práctico estos últimos años con el adelanto de la instrumentación y varios papeles se han publicado así con diversos protocolos del experimento para abordar el problema.

La lentitud del revelado comercial de esta tecnología está en la parte debido a la falta de necesidad en usos reales. Por ejemplo, el explorar de la base de datos es uno del método más de uso general para determinar las proteínas.

las proteínas del No-anticuerpo son sobre todo muy conservadoras en el término de sus series primarias, no cambian ni se transforman muy a menudo. Por este motivo, confiar en los aminoácidos en la base de datos de la serie tiene sentido.

Pero la secuencia de las proteínas del anticuerpo es una historia totalmente diversa, debido a la presencia de las regiones hipervariables de los CDR. La secuencia de novo del péptido es el método final para imaginar las series en el CDRs, con solamente una entrega dejada, la leucina y la isoleucina isoméricas.

Nuestra tecnología de WILD™ llenó la pieza del rompecabezas pasada. La tecnología de WILD™ se desarrolla sobre la base del mismo mecanismo publicado en el papel, con los protocolos del análisis del experimento y de datos sintonizado para ser robusta y la alto-producción.

Con WILD™ ahora podemos lograr exactitud de la serie del 100% sin ningunas advertencias.

¿Por qué es importante tener determinación exacta de aminoácidos isoméricos como la isoleucina y la leucina?

Aunque la isoleucina y la leucina tengan el mismo peso molecular, tienen diversas estructuras. Esta diferencia en estructura causará diferencias en actividades biológicas. En el contexto de los anticuerpos, la isoleucina y la leucina en las regiones de los CDR pueden afectar importante a la afinidad obligatoria y a la especificidad de los anticuerpos.

Antes de la llegada de WILD™, la expresión de las formas múltiples del anticuerpo se requiere generalmente para asegurarse de que el real sea incluido. Esto no es siempre económico o aún práctico. El número de formas requeridas para ser expresado es exponencial comparado al número de posiciones de la isoleucina/de la leucina en los seis CDRs.

En algunos casos lamentables, el costo para expresar todas las formas permutated puede ser prohibitivo. En un proyecto reciente terminamos, allí éramos 9 posiciones de la isoleucina/de la leucina en el CDRs. Sin WILD™, el cliente habría tenido que expresar 512 formas para revestir todas las posibilidades.

WILD™ derribó este número a 1. Esto no sólo redujo importante el costo de la expresión, pero también los salvó una gran cantidad de hora y de esfuerzo de modo que pudieran centrarse en su investigación.

¿Cómo exacta es la secuencia de la proteína del anticuerpo? ¿Confía en series de la homología?

Esto es una gran pregunta. La proteína del anticuerpo que ordena, cuando está hecha correctamente, es muy exacta. Esto ha sido confirmada por muchos clientes. Los anticuerpos recombinantes se comportan exactamente lo mismo que los originales.

Estoy alegre que usted saca a colación la pregunta de la serie de la homología. Éste es real una lo más frecuentemente de las preguntas hechas de nuestros clientes. La respuesta es NO. No confiamos en series de la homología. Esto es de hecho una diferenciación dominante para nuestro REmAb™ que ordena tecnología.

La confianza en series de la homología en el proceso de secuencia es peligrosa y puede introducir desvíos, especialmente en y alrededor de las regiones de los CDR. Según lo mencionado anterior, la naturaleza de la aleatoriedad de las series en las regiones de los CDR hace todas las series de la base de datos poco fiables. Hemos visto esto muchas veces en que “reparando” las series ordenadas inicialmente por otras.

Muchas diferencias sutiles en las series, tales como un intercambio de algunos aminoácidos, pueden no afectar al abrigo de la proteína en el péptido que correlaciona en absoluto.

Para asegurar la exactitud de secuencia, hemos desarrollado una muesca de la calidad para cada aminoácido en las series de la proteína del anticuerpo en nuestra plataforma de REmAb™. La muesca es una reflexión de las pruebas efectivas que observamos de los datos.

Informa a nuestros científicos en tiempo real si cualquier parte de las series del anticuerpo puede contener desvíos, o en algún otro menos confiado de los casos debido a la señal escasa en los datos. También hemos inculcado varias mejores prácticas en nuestro proceso de secuencia de asegurar más lejos la calidad.

1. Examine los aminoácidos individuales
2. Preste la atención al CDRs, especialmente la cadena pesada CDR3
3. Distinga la leucina y la isoleucina usando el método del w-ión

¿Qué usos hay para NGPS? ¿Qué otros usos hay con especificidad adicional de WILD™?

Como nueva tecnología emergente, los usos de la secuencia de la proteína de la generación siguiente siguen siendo en gran parte inexplorados. Hemos estado invirtiendo pesado en el márketing para permitir a más científicos saber sobre la existencia de la tecnología. Los científicos inventarán nuevas maneras de usarla.

Hemos rescatado muchos anticuerpos útiles para nuestros clientes donde los anticuerpos fueron generados inicialmente hace muchos anos y las variedades de células fueron perdidas o no más detectable.

Hemos ayudado a los anticuerpos de la serie de los clientes que son difíciles de ordenar usando la DNA que ordena técnicas. También hemos ayudado a clientes a confirmar las series que tienen ya por ciego e independientemente ordenando las proteínas del anticuerpo.

Las ayudas de la tecnología de WILD™ quitan la advertencia pasada de la secuencia de la proteína de la generación siguiente. Quita incertidumbres en las asignaciones isoméricas de los aminoácidos y hace la mayor parte de los usos más prácticos y económicos.

¿Qué el futuro espera para NGPS? ¿Qué adelantos usted espera ver en un futuro próximo?

El adelanto de la secuencia de la proteína de la generación siguiente estará en dos dimensiones: la producción y la complejidad.

En la dimensión de la producción, la automatización en experimentos y análisis de datos desempeñará un papel importante. Estamos invirtiendo en la robótica y el líquido automatizado que manejan para estandardizar nuestros experimentos de espec. de la masa. Somos también el convertirse automatizado ordenando los algoritmos que pueden reducir la duración de análisis de datos a partir de días a los minutos.

En la dimensión de la complejidad, el objetivo último es ordenar los anticuerpos policlonales de la sangre. Para lograr la meta, la inversión importante en la investigación y desarrollo de los experimentos y los algoritmos se requieren.

La proteína que ordena, determinado nuestra tecnología de la generación siguiente de REmAb™, se esmerila fractura. Esto está la primera vez en el mundo que los científicos puede ordenar seguro y rutinario cualquier proteínas dadas.

Esto es análogo a la invención del genoma que ordena la tecnología, que habilitó una industria entera y cambió fundamental la investigación de la biología y de la salud de la conducta de la gente de la manera. Ahora somos en una situación similar donde la secuencia de la proteína de la alto-producción ha llegado a ser posible. Somos bien situados realizar este cambio a la comunidad científica.

¿Dónde pueden los programas de lectura encontrar más información?

Nuestro Web site, www.rapidnovor.com, es un gran recurso para relacionado con la información a la proteína de la generación siguiente que ordena, determinado en el uso del anticuerpo.

Sobre Mingjie Xie

Sr. Mingjie Xie, MSc, MBA, es el cofundador y el CEO de Rapid Novor Inc. que él es informático entrenando andreceived su grado del MSc de la universidad occidental en el campo de la bioinformática.

Él recibió su grado de MBA de la escuela de Richard Ivey del asunto para perseguir sus intereses en asunto. Antes de cofundar Rapid Novor Inc, Mingjie es el ARRULLAR de una empresa de informática de la bioinformática.

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