L'approccio di calcolo può contribuire ad identificare gli obiettivi potenziali chemoresistant in cellule staminali del cancro

I ricercatori di università di Osaka mettono a punto il metodo per estrarre le informazioni apprezzate dai dati di modifica del livello di espressione genica e di metilazione del DNA

Nel cancro, una delle funzionalità più importanti è la metilazione del deoxycytosine per formare 5 il methylcytosine (5mC). La metilazione del DNA è un trattamento tramite cui i gruppi metilici (unità strutturali dei composti organici che consistono di tre atomi di idrogeno tenuti da adesivo ad un atomo di carbonio) si aggiungono alla molecola del DNA.

Il reticolo di distribuzione e di avvenimento di 5mC è stato indicato per essere cruciale per il regolamento del gene e può servire da biomarcatori importanti per i sistemi diagnostici. Di conseguenza, studiare la relazione fra metilazione del DNA e trascrizione (il primo punto di espressione genica) è importante per l'interpretazione delle risposte cellulari e lo sviluppo delle strategie terapeutiche novelle.

Le estese analisi di metilazione e della trascrizione del DNA hanno fornito un gran quantità di dati; tuttavia, è difficile da identificare i geni critici relativi allo sviluppo del cancro da questi dati. A tal fine, un gruppo dei ricercatori di università di Osaka ha trasformato il grande volume di dati in una funzione regolare facendo uso delle funzioni gaussiane per estrarre le informazioni appropriate dai dati - informazioni che serviscono da valore rappresentativo di metilazione 5mC.

“I tumori contengono una sottopopolazione delle celle, chiamata cellule staminali di cancro (CSCs), che sono autorinnovanti e cancerogene e svolgono un ruolo nella resistenza contro la chemioterapia e la radioterapia,„ spiega Masamitsu Konno, primo autore dello studio riferito nei rapporti scientifici. “Quindi abbiamo mirato a determinare i metodi efficienti di identificazione degli obiettivi terapeutici facendo uso di un modello di CSC della decarbossilasi dell'ornitina degli enzimi per caratterizzare gli eventi intracellulari basati sul 5mC.„

Il nuovo approccio di calcolo integra i dati di modifica del livello e di metilazione di espressione genica, che permettono che i ricercatori identifichino con successo TRAF4 come gene importante per il chemoresistance. Con il metodo, l'efficacia delle droghe per cancro gastrointestinale umano, compreso cancro esofageo, egualmente è stata determinata. L'espressione anormale TRAF4 è stata riferita in determinati cancri, compreso il petto, il polmone ed i carcinoma della prostata, ma questo è il primo studio per indicare che TRAF4 è importante per il regolamento possibile delle funzioni in CSCs di cancro esofageo umano.

“Il nostro metodo matematico può essere usato per quantificare simultaneamente ed identificare gli obiettivi potenziali chemoresistant in cellule staminali gastrointestinali del cancro,„ Yuichiro corrispondente Doki autore dice. “I nostri risultati non solo forniscono informazioni apprezzate per lo sviluppo di nuova terapeutica per cancro esofageo, ma egualmente supportano la spiegazione razionale per la selezione su grande scala degli obiettivi terapeutici dello sviluppo della droga di CSC.„