A aproximação computacional pode ajudar a identificar alvos potenciais chemoresistant em células estaminais do cancro

Os pesquisadores da universidade de Osaka desenvolvem o método para extrair a informação valiosa dos dados da alteração do nível da expressão genética e do methylation do ADN

No cancro, uma das características as mais importantes é o methylation do deoxycytosine para formar o methylcytosine 5 (5mC). O methylation do ADN é um processo por que os grupos metílicos (unidades estruturais de compostos orgânicos que consistem em três átomos de hidrogênio ligados a um átomo de carbono) são adicionados à molécula do ADN.

O teste padrão da ocorrência e da distribuição de 5mC foi mostrado para ser crucial para o regulamento do gene e pode servir como biomarkers importantes para diagnósticos. Conseqüentemente, investigar o relacionamento entre o methylation do ADN e a transcrição (a primeira etapa da expressão genética) é importante para a interpretação de respostas celulares e a revelação de estratégias terapêuticas novas.

As análises extensivas do methylation e da transcrição do ADN forneceram grandes quantidades de dados; contudo, é difícil identificar os genes críticos relativos à revelação do cancro destes dados. Com tal fim, uma equipe de pesquisadores da universidade de Osaka transformou o de grande volume dos dados em uma função lisa usando funções Gaussian para extrair a informação apropriada dos dados - a informação que serve como um valor representativo do methylation 5mC.

Os “tumores contêm uma subpopulação das pilhas, chamada as células estaminais de cancro (CSCs), que são auto-renovando e tumorigenic e jogam um papel na resistência contra a quimioterapia e a radioterapia,” explicam Masamitsu Konno, primeiro autor do estudo relatado em relatórios científicos. “Nós apontamos conseqüentemente determinar os métodos eficientes de identificar alvos terapêuticos usando um modelo de CSC do decarboxylase do ornithine da enzima para caracterizar os eventos intracelulares baseados no 5mC.”

A aproximação computacional nova integra os dados da alteração do nível e do methylation da expressão genética, que permitem que os pesquisadores identifiquem com sucesso TRAF4 como um gene importante para o chemoresistance. Com o método, a eficácia das drogas para o cancro gastrintestinal humano, incluindo o cancro esofágico, foi determinada igualmente. A expressão TRAF4 anormal foi relatada em determinados cancros, incluindo o peito, o pulmão, e os cancros da próstata, mas este é o primeiro estudo para mostrar que TRAF4 é importante para o regulamento possível das funções em CSCs do cancro esofágico humano.

“Nosso método matemático pode ser usado para determinar simultaneamente e para identificar alvos potenciais chemoresistant em células estaminais gastrintestinais do cancro,” Yuichiro correspondente Doki autor diz. “Nossos resultados não somente para fornecer a informação valiosa para a revelação da terapêutica nova para o cancro esofágico, mas igualmente apoiam a base racional para a selecção em grande escala de alvos terapêuticos da revelação da droga de CSC.”