과학자는 Scanpy 거대한 단세포 데이터를 분석하기 위하여 소프트웨어를 개발합니다

Helmholtz Zentrum München에서 과학자는 거대한 데이타세트를 처리하는 것을 도울 수 있는 프로그램을 개발했습니다. Scanpy이라고 지명된 소프트웨어는, 인간 세포 지도책 분석을 위한 후보자이고, ` 게놈 생물학에서 최근에' 간행되었습니다.

Scanpy로 생성되는 쥐과 뇌세포의 유전자 발현 패턴의 구상.
© Helmholtz Zentrum München

"그것은 많은 개별적인 세포의 유전자 표정 데이터 분석에 관하여 Helmholtz Zentrum München에," 설명합니다 컴퓨터 생물학 (ICB)의 학회의 수석 저자 알렉스 늑대를 입니다. 그는 교수 박사의 Fabian Theis 기계 배우 단에 있는 그의 동료 Philipp Angerer와 함께 Scanpy를 개발했습니다. Helmholtz Zentrum에 그의 위치 이외에, Theis는 또한 뮌헨의 기술 대학에 생물 체계의 수학에게 만들기의 교수입니다. "새로운 기술 발전 몇몇 크기 순서를 대응하게 더 중대한 정보량을 가진 더 데이터 생성합니다,"는 Theis는 말합니다. "그러나, 유전자 표정 분석을 위한 역사적으로 발전된 소프트웨어 기반은 새로운 도전을 극복하기 위하여 단순히 디자인되지 않았습니다. 새로운 분석적인 방법은 그러므로 필요로 합니다."

인간 세포 지도책을 위한 인종

Theis에 따르면, 중요한 국제적인 연구 계획은 또한 소프트웨어로부터 혜택을 받을 수 있었습니다. 국제적인 과학자의 팀은 모든 인간 세포 모형의 유전자 활성에 데이터를 보전되는 인간 세포 지도책이라고 칭한 참고 데이타베이스를 컴파일하고 있습니다. "이 계획사업을 위해, 그리고 데이타베이스가 결합되는 그밖 계획사업의 성장수에서, 오를 수 있는 소프트웨어가 있는 것이 중요합니다," Theis를 말합니다. 그러므로 Scanpy가 지금 인간 세포 지도책을 분석하는 것을 돕기를 위한 후보자 이다 아무 놀람도 없습니다.

"Scanpy의 간행물 기계 배우고는 및 통계적인 방법의 넓은 범위를 가진 큰 유전자 표정 데이타세트의 포괄적 분석을 허용하는 첫번째 소프트웨어를,"는 설명합니다 공적을 기술해 늑대를 표시합니다. "소프트웨어 하버드 대학과 메사츄세스 공과대학의 넓은 학회에 전세계 몇명의 단에 의해 이미 이용되고 있습니다, 현저하게, MIT."는

과학 기술로, 응용은 trailblazing 발달입니다: 생물 통계학 프로그램이 프로그램 언어 R로 전통적으로 쓰더라도 반면, Scanpy는 Python 언어, 기계 배우 지역 사회에 있는 지배적인 언어에 근거를 둡니다. 또 다른 새로운 특징은 도표 기지를 둔 산법이 Scanpy의 중심에 속이다 입니다. 세포 주시의 일반적인 접근과는 다른 유전자 표정 공간 내의 좌표계에 있는 점이, 산법 좌표계 도표 같이 a를 사용한 대로. 유전자의 수천을 위한 표정 가치에 의하여 단세포를 성격을 나타내기 대신에, 사회적인 통신망에 있는 연결 같이 그들의 가장 가까운 이웃사람을 - 대단히 확인해서 세포가 시스템에 의하여 단순히 성격을 나타냅니다. 실제로, 세포 모형을 확인하기 위하여, Scanpy는 Facebook가 지역 사회 확인을 위해 하는 것과 같은 산법을 사용합니다.

근원: https://www.helmholtz-muenchen.de/en/press-media/press-releases/all-press-releases/press-release/article/44101/index.html