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EPFL devient une partie du projet de Chan Zuckerberg pour développer l'atlas de cellule humaine

« Le pipeline unicellulaire robotisé d'analyse est un outil logiciel qui catalyse le travail interdisciplinaire pendant qu'il permet aux laboratoires inexperts de s'engager dans la recherche génomique de haut niveau qui autrement exigerait des compétences de calcul significatives, » explique professeur Bart Deplancke, directeur d'un laboratoire à l'institut d'EPFL de la bio-ingénierie. « La plate-forme fournit à des scientifiques de différents domaines la possibilité pour agir l'un sur l'autre, pour interpréter collectivement des caractéristiques et pour préparer des hypothèses nouvelles. C'est entièrement en conformité avec la mission de l'école d'EPFL des sciences de la vie, visant à introduire enseignement et de recherche biologique quantitatif et analytique. On nous excite que l'initiative de Chan Zuckerberg apprécie les efforts de notre école pour encourager des études interdisciplinaires et bureau d'études bureau d'études et nous sommes dans l'attente pour travailler avec les nos collaborateurs semblables en travers du globe. »

DM de Priscilla Chan, co-fondateur de l'initiative de Chan Zuckerberg (CZI) a indiqué : « Je suis captivé pour souhaiter la bienvenue à ce groupe distingué de bénéficiaires à la famille de CZI, et je suis excité au sujet de la façon dont ils supporteront l'effort ambitieux d'atlas de cellule humaine. Fonctionnant ensemble et avec notre équipe des scientifiques et des techniciens, ces associés produiront des voies neuves pour que les scientifiques emploient des informations sur les cellules en bonne santé et malades. Leurs efforts aideront à accélérer le progrès vers notre objectif de guérir, d'éviter, ou de manager toutes les maladies vers la fin du siècle. »

« Nous sommes excités pour commencer à travailler sur ces projets prometteurs par les associés neufs de l'autre côté du globe. Ces bénéficiaires incluent des experts en biologie, bureau d'études, et bio-informatique expérimentaux. Leur permettre de collaborer et de porter leurs divers points de vue au travail est le faisceau de notre approche à avancer la science biomédicale, » Cori ajouté Bargmann, tête de la Science pour l'initiative de Chan Zuckerberg

L'atlas de cellule humaine est un effort international pour tracer chaque type de cellule au corps humain en bonne santé comme moyen pour des études de la santé et de la maladie. Les objectifs de HCA pour révolutionner la compréhension de l'anatomie et de la biologie cellulaire humaines et fourniront à des scientifiques une source principale pour comprendre mieux comment les cellules saines travaillent, et ce qui va mal quand la maladie frappe. À côté du CZI, le HCA est supporté par des stalwarts de recherche biologique moderne tels que la confiance de Wellcome, l'institut européen de bio-informatique (EBI), l'institut grand, l'institut de Sanger, et UC Santa Cruz.

Une des pierres angulaires du HCA analyse le transcriptome, une condition qui se rapporte à toutes les molécules d'ARN messager exprimées par les gènes d'un organisme pour représenter toutes les protéines qu'il produit. Analyser le transcriptome des cellules exige les compétences en profondeur de bio-informatique, qui rendent l'approche inaccessible à beaucoup d'organismes de recherche.

Pour adresser cette limitation, Vincent Gardeux, un postdoc dans le laboratoire de Deplancke avec Fabrice que David de l'installation de faisceau d'expression du gène d'EPFL a développé « a automatisé le pipeline unicellulaire d'analyse » (DÈS QUE POSSIBLE). Cette plate-forme basée sur le WEB permet à des scientifiques d'analyser leurs propres caractéristiques et de comparer des algorithmes utilisés en étudiant des transcriptomes. DÈS QUE POSSIBLE peut également trouver l'expression différentielle des gènes et du gène le groupement, produire des chaleur-plans et analyser l'enrichissement fonctionnel pour recenser et caractériser les boîtiers nouveaux de cellules ou les types spécifiques de cellules. DÈS QUE POSSIBLE a déjà attiré un nombre important d'usagers.