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EPFL si trasforma in in parte del progetto Chan Zuckerberg per sviluppare l'atlante della cellula umana

“La conduttura unicellulare automatizzata dell'analisi è un software tool che catalizza il lavoro interdisciplinare mentre permette che i laboratori non esperti si impegnino nella ricerca genomica ad alto livello che richiederebbe altrimenti la competenza di calcolo significativa,„ spiega il professor Bart Deplancke, Direttore di un laboratorio all'istituto di EPFL della bioingegneria. “La piattaforma fornisce agli scienziati dai domini differenti la possibilità per interagire, interpretare collettivamente i dati e formulare le ipotesi novelle. Ciò è interamente in conformità con la missione del banco di EPFL delle scienze biologiche, mirando a promuovere la ricerca e la formazione biologiche quantitative ed analitiche. Siamo emozionanti che l'iniziativa di Chan Zuckerberg apprezza gli sforzi del nostro banco per incoraggiare gli studi interdisciplinari e tecnici assistenza e restiamo in attesa per lavorare con i nostri colleghi collaboratori attraverso il globo.„

Il MD di Priscilla Chan, co-fondatore dell'iniziativa di Chan Zuckerberg (CZI) ha detto: “Sono entusiasmato per accogliere favorevolmente questo gruppo distinto di beneficiari alla famiglia di CZI e sono eccitato circa come supporteranno lo sforzo ambizioso dell'atlante della cellula umana. Lavorando insieme e con il nostro gruppo degli scienziati e degli ingegneri, questi partner creeranno i nuovi modi affinchè gli scienziati usino le informazioni sulle celle in buona salute e malate. I loro sforzi contribuiranno ad accelerare il progresso verso il nostro scopo di maturazione, di impedire, o di gestione di tutte le malattie per la fine del secolo.„

“Siamo eccitati per cominciare a lavorare a questi progetti di promessa con i nuovi partner dall'altro lato del globo. Questi beneficiari includono gli esperti nella biologia sperimentale, nell'assistenza tecnica e nella biologia di calcolo. Permettere loro di collaborare e portare le loro diverse prospettive al lavoro è la memoria del nostro approccio ad avanzare la scienza biomedica,„ ha aggiunto Cori Bargmann, testa di scienza per l'iniziativa di Chan Zuckerberg

L'atlante della cellula umana è uno sforzo internazionale per mappare ogni tipo di cella nel corpo umano sano come risorsa per gli studi sia su salubrità che sulla malattia. Gli obiettivi di HCA per rivoluzionare la comprensione dell'anatomia e della biologia cellulare umane e forniranno agli scienziati una sorgente fondamentale per capire meglio come le celle in buona salute lavorano e che cosa va male quando la malattia direzione. Accanto al CZI, il HCA è supportato dagli stalwarts della ricerca biologica moderna quali la fiducia di Wellcome, l'istituto europeo di bioinformatica (EBI), il vasto istituto, l'istituto di Sanger ed il UC Santa Cruz.

Una delle pietre angolari del HCA sta analizzando il transcriptome, un termine che si riferisce a tutte le molecole del RNA messaggero espresse dai geni di un organismo per rappresentare tutte le proteine che produce. Analizzare il transcriptome degli unicellulari richiede la competenza approfondita di bioinformatica, che rende l'approccio inaccessibile a molti gruppi di ricerca.

Per indirizzare questa limitazione, Vincent Gardeux, un postdoc nel laboratorio di Deplancke insieme a Fabrice David della funzione di memoria di espressione genica di EPFL ha sviluppato “una conduttura unicellulare automatizzata dell'analisi„ (APPENA POSSIBILE). Questa piattaforma del web permette che gli scienziati analizzino i loro propri dati e confrontino gli algoritmi utilizzati nello studio dei transcriptomes. APPENA POSSIBILE può anche individuare l'espressione differenziale dei geni e del gene ragruppare, produrre le calore-mappe ed analizzare l'arricchimento funzionale per identificare e caratterizzare i cluster novelli delle cellule o i tipi specifici delle cellule. APPENA POSSIBILE già ha attirato un numero significativo degli utenti.