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EPFL transforma-se parte do projecto de Chan Zuckerberg para desenvolver o atlas da pilha humana

“O encanamento automatizado da análise da único-pilha é uma ferramenta de software que catalise o trabalho interdisciplinar enquanto permite que os laboratórios não especializados contratem na pesquisa genomic de nível elevado que de outra maneira exigiria a experiência computacional significativa,” explica o professor Baronete Deplancke, director de um laboratório no instituto de EPFL da tecnologia biológica. “A plataforma fornece cientistas dos domínios diferentes a possibilidade para interagir, interpretar colectivamente dados e formular hipóteses novas. Isto é inteiramente na linha da missão da escola de EPFL das ciências da vida, apontando promover a pesquisa e a educação biológicas quantitativas e analíticas. Nós somos entusiasmado que a iniciativa de Chan Zuckerberg aprecia os esforços da nossa escola para incentivar estudos interdisciplinars, engenharia-ocupados e nós olhamos para a frente para trabalhar com nossos colaboradores companheiros através do globo.”

A DM de Priscilla Chan, co-fundador da iniciativa de Chan Zuckerberg (CZI) disse: “Eu sou excitado para dar boas-vindas a este distinto grupo de concessionários à família de CZI, e eu sou entusiasmado sobre como apoiarão o esforço ambicioso do atlas da pilha humana. Trabalhando junto e com nossa equipe dos cientistas e dos coordenadores, estes sócios criarão maneiras novas para que os cientistas usem a informação sobre pilhas saudáveis e doentes. Seus esforços ajudarão a acelerar o progresso para nosso objetivo de curar, de impedir, ou de controlar todas as doenças para o fim do século.”

“Nós somos entusiasmado começar a trabalhar nestes projectos prometedores com os sócios novos através do globo. Estes concessionários incluem peritos na biologia experimental, na engenharia, e na biologia computacional. Permiti-los de colaborar e trazer suas perspectivas diversas ao trabalho é o núcleo de nossa aproximação a avançar a ciência biomedicável,” Cori adicionado Bargmann, cabeça da ciência para a iniciativa de Chan Zuckerberg

O atlas da pilha humana é um esforço internacional para traçar cada tipo de pilha no corpo humano saudável como um recurso para estudos da saúde e da doença. Os alvos de HCA para revolucionar a compreensão da anatomia e da biologia celular humanas e fornecerão cientistas uma fonte fundamental para compreender melhor como as pilhas saudáveis trabalham, e o que vai mal quando a doença golpeia. Ao lado do CZI, o HCA é apoiado por fiéis da pesquisa biológica moderna tais como a confiança de Wellcome, o instituto europeu da bioinformática (EBI), o instituto largo, o instituto de Sanger, e UC Santa Cruz.

Uma das pedras angulares do HCA está analisando o transcriptome, um termo que refira todas as moléculas do RNA de mensageiro expressadas pelos genes de um organismo para representar todas as proteínas que produz. Analisar o transcriptome de únicas pilhas exige a experiência detalhada da bioinformática, que faz a aproximação inacessível a muitos grupos de investigação.

Para endereçar esta limitação, Vincent Gardeux, um postdoc no laboratório de Deplancke junto com Fabrice David da facilidade do núcleo da expressão genética de EPFL desenvolveu “um encanamento automatizado da análise da único-pilha” (O MAIS CEDO POSSÍVEL). Esta plataforma com suporte na internet permite que os cientistas analisem seus próprios dados e comparem os algoritmos usados em estudar transcriptomes. O MAIS CEDO POSSÍVEL pode igualmente detectar a expressão diferencial dos genes e do gene aglomerar-se, produzir calor-mapas e analisar o enriquecimento funcional para identificar e caracterizar conjuntos de pilha novos ou tipos específicos da pilha. Tem atraído O MAIS CEDO POSSÍVEL já um número significativo de usuários.