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EPFL se convierte en parte del proyecto de Chan Zuckerberg para desarrollar el atlas de la célula humana

“La tubería unicelular automatizada del análisis es una herramienta de software que cataliza el trabajo interdisciplinario mientras que permite que los laboratorios inexpertos empeñen a la investigación genomic de alto nivel que requeriría de otra manera experiencia de cómputo importante,” explica a profesor Bart Deplancke, director de un laboratorio en el instituto de EPFL de la bioingeniería. “La plataforma provee de científicos de diversos dominios la posibilidad para obrar recíprocamente, para interpretar colectivamente datos y para formular hipótesis nuevas. Esto coincide totalmente con la misión de la escuela de EPFL de ciencias de la vida, apuntando ascender la investigación y la educación biológicas cuantitativas y analíticas. Somos emocionados que la iniciativa de Chan Zuckerberg aprecia los esfuerzos de nuestra escuela de animar estudios interdisciplinarios, ingeniería-importados y observamos adelante para trabajar con los nuestros colaboradores compañeros a través del globo.”

El Doctor en Medicina de Priscilla Chan, cofundador de la iniciativa de Chan Zuckerberg (CZI) dijo: “Me emocionan para acoger con satisfacción a este grupo distinguido de concesionarios a la familia de CZI, y me excitan sobre cómo soportarán el esfuerzo ambicioso del atlas de la célula humana. Trabajando juntos y con nuestras personas de científicos y de ingenieros, estos socios crearán las nuevas maneras para que los científicos utilicen la información sobre las células sanas y enfermas. Sus esfuerzos ayudarán a acelerar progreso hacia nuestra meta de curar, de prevenir, o de manejar todas las enfermedades antes de fin de siglo.”

“Nos excitan para comenzar a trabajar en estos proyectos prometedores con los nuevos socios de enfrente del globo. Estos concesionarios incluyen a expertos en biología experimental, la ingeniería, y la biología de cómputo. Permitirles colaborar y traer sus perspectivas diversas al trabajo es la base de nuestra aproximación a avance ciencia biomédica,” Cori adicional Bargmann, jefe de la ciencia para la iniciativa de Chan Zuckerberg

El atlas de la célula humana es un esfuerzo internacional de correlacionar cada tipo de célula en el cuerpo humano sano como recurso para los estudios de la salud y de la enfermedad. Los objetivos de HCA para revolucionar la comprensión de la anatomía y de la biología celular humanas y proveerán de científicos una fuente fundamental para entender mejor cómo las células sanas trabajan, y qué sale mal cuando la enfermedad golpea. Junto al CZI, el HCA es soportado por los stalwarts de la investigación biológica moderna tales como la confianza de Wellcome, el instituto europeo de la bioinformática (EBI), el instituto amplio, el instituto de Sanger, y UC Santa Cruz.

Una de las piedras angulares del HCA está analizando el transcriptome, un término que refiera a todas las moléculas del ARN de mensajero expresadas por los genes de un organismo para representar todas las proteínas que produce. Analizar el transcriptome de células requiere la experiencia profundizada de la bioinformática, que hace la aproximación inaccesible a muchos grupos de investigación.

Para dirigir esta limitación, Vincent Gardeux, un postdoc en el laboratorio de Deplancke así como Fabrice David de la instalación de la base de la expresión génica de EPFL desarrolló una “tubería unicelular automatizada del análisis” (CUANTO ANTES). Esta plataforma en Internet permite que los científicos analicen sus propios datos y que comparen los algoritmos usados en estudiar transcriptomes. Puede también descubrir CUANTO ANTES la expresión diferenciada de genes y del gen el agrupamiento, producir calor-mapas y analizar el enriquecimiento funcional para determinar y para caracterizar atados de célula nuevos o tipos específicos de la célula. Ha atraído CUANTO ANTES ya un número importante de utilizadores.