L'erreur dans la plupart de méthode très utilisée dans l'epigenetics peut entraîner des résultats fallacieux

Une erreur dans une des méthodes les plus très utilisées dans l'epigenetics, Immersion-seq, peut entraîner les résultats fallacieux, chercheurs à l'université de Linköping, Suède, ont montré. Ceci peut avoir la signification principale dans le domaine de recherches, où des « grandes caractéristiques » et les méthodes avancées d'analyse de l'ADN sont employées pour étudier des immenses quantités de caractéristiques épigénétiques. L'erreur peut être rectifiée dans les caractéristiques Immersion-seq précédemment rassemblées, qui peuvent mener aux découvertes neuves à partir des études précédentes d'epigenetics humain. Les résultats ont été publiés dans les méthodes de nature de tourillon.

En principe, chaque cellule dans notre fuselage a la même séquence d'ADN. Cependant, les différents types de cellules emploient les groupes de gènes très différents. Ceci signifie que des signes complémentaires sont exigés de régler quels gènes sont employés dans chaque type individuel de cellules. Un type d'un tel signe se compose des groupes chimiques directement fixés à la séquence d'ADN. Ces modifications chimiques de la séquence d'ADN font partie de ce qui est couramment appelé « l'indicatif épigénétique ». Le règlement épigénétique des gènes joue un rôle majeur dans le développement humain normal mais est également associé à beaucoup de maladies, telles que le cancer.

Les chercheurs à l'université de Linköping ont maintenant découvert une faiblesse dans une le plus souvent des méthodes utilisées dans la recherche épigénétique, ordonnancement d'immunoprécipitation d'ADN (Immersion-seq). Mise simplement, cette méthode est basée sur sélectionner les parties de l'ADN qui transportent un signe épigénétique particulier. Pour ceci, les chercheurs emploient les anticorps variés qui identifient une constitution chimique et un grippage spécifiques à lui. Les anticorps sont par la suite triés et les séquences de l'ADN au lequel elles ont lié sont déterminées. Le groupe de Nestor a remarqué que certains repères épigénétiques se sont toujours produits dans le même lieu, même dans l'ADN qui ne devrait pas contenir ces repères épigénétiques du tout.

« Notre découverte met en valeur l'importance de la validation expérimentale en employant des technologies de haut-débit dans la recherche. Sans tel expérimental rigueur, les erreurs dominantes peuvent se cacher dans la vue ordinaire, dissimulée par leur « régularité » en travers des études » dit Colm Nestor, professeur adjoint au service de clinique et médecine expérimentale et principal enquêteur de l'étude.

En analysant le groupe de plus de 125 Nestor existants d'ensembles de données a indiqué que les séquences d'ADN couramment trouvées Immersion-seq qui n'ont eu aucun repère épigénétique. Ces faux positifs constituent 50-90% des régions trouvées d'ADN, et l'importance de l'effet diffère entre différents ensembles de données. « Maintenant que nous savons cette erreur, il est extrêmement simple de la soustraire loin. La rectification pour ces erreurs permettra à des découvertes nouvelles d'être effectuées à partir de la richesse des caractéristiques d'epigenetics déjà dans le domaine public » dit Colm Nestor.

Les chercheurs précisent que l'immense majorité de résultats des études précédentes sont correcte.

« Nous devrions continuer à employer ces méthodes mais correct pour ces erreurs à l'aide du plan d'expérience approprié » dit Colm Nestor.