I ricercatori rivelano la distruzione massiccia del genoma nel cancro al seno

In cellule tumorali, gli errori genetici provocano la distruzione. Geni sbagliati l'ortografia di come pure variazioni strutturali -- riorganizzazioni su più vasta scala di DNA che possono comprendere i grandi bei pezzi dei cromosomi -- disturbi i meccanismi con attenzione equilibrati che si sono evoluti per regolamentare la crescita delle cellule. I geni che sono normalmente silenziosi in maniera massiccia sono attivati e le proteine mutanti sono formati. Questi ed altre rotture causano una pletora di problemi che inducono le celle a svilupparsi senza ostacolo, l'marchio di garanzia più malfamato del cancro.

Questa settimana, scienziati al laboratorio freddo del porto della sorgente (CSHL) ha pubblicato nella ricerca una del genoma delle mappe più dettagliate fatte mai delle variazioni strutturali in genoma di una cellula tumorale. La mappa rivela le circa 20.000 variazioni strutturali, poche di cui sono state mai celebre dovuto le limitazioni tecnologiche in un metodo a lungo popolare di sequenziamento del genoma.

Il gruppo, piombo ordinando gli esperti Michael C. Schatz e W. Richard McCombie, ha letto i genoma delle cellule tumorali con cosiddetto a lungo read che ordina la tecnologia. Questa tecnologia legge i segmenti molto più lunghi di DNA che la più vecchia tecnologia del breve read. Quando i risultati sono interpretati con due pacchetti di programmi sofisticati recentemente pubblicati dal gruppo, due vantaggi sono evidenti: l'ordinamento del a lungo read è più ricco in termini di sia informazioni che contesto. Può, per esempio, avere migliore significato degli allungamenti ripetitivi delle lettere del DNA - che pervadono il genoma - in parte vedendole all'interno di contesto fisicamente più grande.

Il gruppo ha dimostrato la potenza della tecnologia del a lungo read usando per leggere i genoma delle celle derivate da una linea cellulare chiamata SK-BR-3, un modello importante per le celle di cancro al seno con le variazioni in un gene chiamato HER2 (a volte anche chiamato ERBB2). Circa 20% dei cancri al seno sono “HER2-positive,„ significando essi overproduce la proteina HER2. Questi cancri tendono ad essere fra il più aggressivo.

“La maggior parte delle 20.000 varianti che abbiamo identificato in questa linea cellulare sono state mancate da breve read che ordina,„ dice Maria Nattestad, Ph.D., che ha realizzato il lavoro con i colleghi mentre ancora un membro del laboratorio di Schatz a CSHL ed alla Johns Hopkins University. “Di interesse particolare, abbiamo trovato un insieme altamente complesso delle variazioni del DNA che circondano il gene HER2.„

Nella loro analisi, il gruppo ha combinato i risultati di a lungo read che ordinano con i risultati di un altro genere di esperimento che legge i messaggi, o di trascrizioni, che stanno generande dai geni attivati. Questa maschera più completa ha reso straordinario una descrizione dettagliata di come le variazioni strutturali interrompono il genoma in cellule tumorali e fa luce su come le cellule tumorali si evolvono rapido.

Sorgente: https://www.cshl.edu/