Os pesquisadores revelam dano maciço do genoma no cancro da mama

Nas células cancerosas, os erros genéticos wreak dano. Genes soletrados erradamente, assim como variações estruturais -- rearranjos em maior escala do ADN que podem abranger grandes pedaços dos cromossomas -- perturbe os mecanismos com cuidado equilibrados que evoluíram para regular o crescimento da pilha. Os genes que são normalmente silenciosos são activados maciça e as proteínas do mutante são formados. Estes e outros rompimentos causam uma pletora de problemas que fazem com que as pilhas cresçam sem limitação, a indicação a mais infame do cancro.

Esta semana, cientistas no laboratório frio do porto da mola (CSHL) publicou na pesquisa uma do genoma dos mapas os mais detalhados feitos nunca de variações estruturais no genoma de uma célula cancerosa. O mapa revela aproximadamente 20.000 variações estruturais, poucas de que foram nunca notáveis devido às limitações tecnologicos em um método longo-popular de arranjar em seqüência do genoma.

A equipe, conduzida arranjando em seqüência peritos Michael C. Schatz e W. Richard McCombie, leu genomas das células cancerosas com o longo-read assim chamado que arranja em seqüência a tecnologia. Esta tecnologia lê uns segmentos muito mais longos do ADN do que uma tecnologia mais velha do curto-read. Quando os resultados são interpretados com os dois pacotes de software sofisticados publicados recentemente pela equipe, duas vantagens são evidentes: arranjar em seqüência do longo-read é mais rico em termos da informação e do contexto. Pode, por exemplo, fazer o melhor sentido de estiramentos repetitivos das letras do ADN - que se difundem o genoma - na parte vendo as dentro de um contexto fisicamente maior.

A equipe demonstrou a potência da tecnologia do longo-read usando a para ler os genomas das pilhas derivadas de uma linha celular chamada SK-BR-3, um modelo importante para pilhas de cancro da mama com variações em um gene chamado HER2 (às vezes igualmente chamado ERBB2). Aproximadamente 20% dos cancro da mama são “HER2-positive,” significando eles overproduce a proteína HER2. Estes cancros tendem a estar entre o mais agressivo.

“A maioria das 20.000 variações que nós identificamos nesta linha celular foram faltadas pelo curto-read que arranja em seqüência,” diz Maria Nattestad, o Ph.D., que executou o trabalho com os colegas quando ainda um membro do laboratório de Schatz em CSHL e em Universidade Johns Hopkins. “Do interesse particular, nós encontramos um grupo altamente complexo de variações do ADN que cercam o gene HER2.”

Em sua análise, a equipe combinou os resultados do longo-read que arranjam em seqüência com os resultados de um outro tipo da experiência que lê as mensagens, ou dos transcritos, que estão sendo gerados por genes ativados. Esta imagem mais completa rendeu extraordinària uma descrição detalhada de como as variações estruturais interrompem o genoma nas células cancerosas e derramou a luz em como as células cancerosas evoluem ràpida.