Los investigadores revelan estrago masivo del genoma en cáncer de pecho

En células cancerosas, los desvíos genéticos dan rienda suelta a estrago. Genes deletreados mal, así como variaciones estructurales -- cambios a mayor escala de la DNA que pueden abarcar trozos grandes de cromosomas -- perturbe los mecanismos cuidadosamente equilibrados que se han desarrollado para regular incremento de la célula. Se forman los genes que son normalmente silenciosos se activan masivo y las proteínas del mutante. Éstos y otras desorganizaciones causan una plétora de problemas que hagan las células crecer sin la restricción, el sello más infame del cáncer.

Esta semana, científicos en el laboratorio frío del puerto del muelle (CSHL) ha publicado en la investigación una del genoma de los mapas más detallados hechos nunca de variaciones estructurales en el genoma de una célula cancerosa. El mapa revela cerca de 20.000 variaciones estructurales, pocas cuyo han estado nunca conocidos debido a las limitaciones tecnológicas en un método largo-popular de secuencia del genoma.

Las personas, llevadas ordenando a los expertos Michael C. Schatz y W. Richard McCombie, leyeron los genomas de las células cancerosas con la supuesta largo-lectura que ordenaba tecnología. Esta tecnología lee segmentos mucho más muy largos de la DNA que una más vieja tecnología de la corto-lectura. Cuando los resultados se interpretan con dos paquetes de programas informáticos sofisticados publicados recientemente por las personas, dos ventajas son evidentes: la secuencia de la largo-lectura es más rica en términos de información y contexto. Puede, por ejemplo, tener mejor sentido de alargamientos repetidores de las cartas de la DNA - que impregnan el genoma - en parte viéndolas dentro de un contexto físicamente más grande.

Las personas demostraron la potencia de la tecnología de la largo-lectura usando ella de leer los genomas de las células derivadas de una variedad de células llamada SK-BR-3, un modelo importante para las células cancerosas del pecho con variaciones en un gen llamado HER2 (a veces también llamado ERBB2). Los cerca de 20% de cánceres de pecho son “HER2-positive,” significando ellos sobreproducen la proteína HER2. Estos cánceres tienden a estar entre el más agresivo.

“La mayor parte de las 20.000 variantes que determinamos en esta variedad de células fueron faltadas por la corto-lectura que ordenaba,” dice a Maria Nattestad, el Ph.D., que realizó el trabajo con los colegas mientras que aún una pieza del laboratorio de Schatz en CSHL y la Universidad John Hopkins. “Del interés determinado, encontramos un equipo altamente complejo de variaciones de la DNA que rodeaban el gen HER2.”

En su análisis, las personas combinaron los resultados de la largo-lectura que ordenaban con resultados de otra clase de experimento que lee los mensajes, o de transcripciones, que están siendo generadas por los genes activados. Este retrato más completo rindió extraordinario una descripción detallada de cómo las variaciones estructurales rompen el genoma en células cancerosas y vierte la luz en cómo las células cancerosas se desarrollan rápidamente.

Fuente: https://www.cshl.edu/