El nuevo marco combina tres métodos existentes para encontrar mutaciones de la célula cancerosa

Las células cancerosas tienen a menudo mutaciones en su DNA que pueda dar a científicos pistas sobre cómo el cáncer comenzado o que puede ser el más efectivo el tratamiento. Encontrar estas mutaciones puede ser difícil, pero un nuevo método puede ofrecer resultados más completos, más completos.

Las personas de investigadores han desarrollado un nuevo marco que puede combinar tres métodos existentes de encontrar estas mutaciones grandes -- o variantes estructurales -- en un retrato único, más completo.

Feng Yue, profesor adjunto de la bioquímica y de la biología molecular en la universidad del Estado de Penn del remedio, dijo el nuevo método -- publicado hoy (sept. 10) en genética de la naturaleza -- podría ayudar a investigadores a encontrar nuevas variaciones estructurales dentro de la DNA de la célula cancerosa y a aprender más sobre cómo esos cánceres comienzan.

“Podíamos diseñar y utilizar este marco de cómputo para conectar los tres métodos juntos, para conseguir la vista más completa del genoma,” Yue dijo. “Cada método en sí mismo puede revisar solamente una porción de las variaciones estructurales, pero cuando usted integra los resultados de los tres métodos diferentes, usted puede conseguir la vista más completa del genoma del cáncer.”

Las variantes estructurales son mutaciones grandes en la DNA que puede dar lugar al cáncer que causa los genes que son girados. Por ejemplo, ciertos tipos de cáncer de cerebro, tales como los tipos que senadores afligidos John McCain y Edward Kennedy, pueden ser causados por las variantes estructurales que amplifican cierto cáncer que causa genes. En algunos cánceres, conocer a un paciente tiene doctores de las ayudas de esta anormalidad decidir sobre el mejor plan del tratamiento.

Yue dijo que encontrando estas variantes estructurales es importante por varias razones.

“Si usted es un enfermo de cáncer, el saber sobre las variantes estructurales que llevan al cáncer puede ayudarnos a entender porqué usted consiguió enfermo y posiblemente que el tratamiento podría ser el mejor,” Yue dijo.

Los investigadores utilizaron tres métodos existentes para encontrar variantes estructurales: correspondencia óptica, captura de la conformación del cromosoma de la alto-producción (conocida como Hola-c), y genoma entero que ordena, que se ha utilizado para descubrir a la mayoría de las variantes estructurales que se saben ya.

Usando su nuevo método, los investigadores podían encontrar las variaciones estructurales para más de 30 tipos de células cancerosas. Las personas de científicos podían también utilizar los mismos métodos para comenzar a aprender porqué ciertas clases de variantes estructurales pueden contribuir a los cánceres.

“Muchas de las variantes estructurales que se encuentran en cánceres humanos no aparecen afectar directamente un gen,” dijo a Jesse Dixon, persona en el instituto de Salk en San Diego, y uno de los co-autores del trabajo. “En lugar de otro, muchas variantes estructurales aparecen en las porciones de la no-codificación del genoma, qué gente se ha referido históricamente como DNA de los desperdicios, y puede ser una broca de un misterio en cuanto a porqué éstos pueden contribuir al cáncer.”

Cuál los investigadores podían observar es que algunas variantes estructurales aparecen afectar al gen regulador “cambian” en series noncoding de la DNA. Los interruptores defectuosos previenen girar apropiado con./desc. de genes específicos y éste puede contribuir al cáncer.

“Con muchos cánceres, el gen sí mismo es AUTORIZACIÓN pero “el interruptor” ese los mandos que es qué está causando problemas,” Yue dijo. “Usando nuestra aproximación, es posible que podríamos descubrir que el interruptor estaba fragmentado y encontrar una vulcanización basada en el objetivo específico para ese interruptor. Si ha apagado, por ejemplo, quizá podríamos utilizar el gen que corregían tecnología para girarla detrás conectado.”

También utilizaron Hola-c el método para explorar cómo las variaciones estructurales pueden afectar a la estructura del genoma 3D - cómo la DNA se dobla dentro de la célula.

Las “células son pequeñas, pero su DNA es muy larga. Presentado en una línea, toda la DNA a partir de una célula sería más de dos contadores de largo,” dijo al Dr. Job Dekker, profesor y codirector del programa en biología de sistemas en la universidad de Massachusetts, el investigador del Howard Hughes Medical Institute y un autor mayor del papel. “Por eso la DNA necesita doblar de maneras complejas. Hemos encontrado que los cambios genomic en células cancerosas pueden llevar a las diferencias en cómo el genoma dobla y éste puede llevar a los casos donde los genes se giran con./desc. por los interruptores reguladores incorrectos.”

Las personas de científicos podían descubrir ese genoma estructural del impacto de las variantes que doblaba en células cancerosas, y que estos cambios pueden contribuir al cáncer.

“Uno de los descubrimientos que habíamos hecho en el pasado es que nuestro genoma está doblado hacia arriba en las estructuras distintas, casi como pequeñas vecindades,” Dixon dijo. “Aparece como si una cierta causa estructural de las variantes cambia a estas vecindades, tales que un cáncer que causa el gen está movido desde una vecindad en donde el gen se guarda silenciosamente en uno donde el gen se activa.”

En el futuro, Yue y su equipo de investigación proyectan aplicar el nuevo método en más enfermos de cáncer y están trabajando de cerca con el instituto del Estado de Penn para el remedio personalizado. Los científicos sugieren que este trabajo podría llevar a una mejor capacidad de predecir qué variantes estructurales pueden contribuir al cáncer, y qué genes pueden apuntar.

“Si podemos entender qué mutaciones están impulsando que los genes, éste tienen el potencial de sugerir que el cáncer sería susceptible al tratamiento por las drogas determinadas que apuntan esos genes,” Yue dijo. “Tal aproximación ha sido realmente desafiadora en el pasado para las mutaciones estructurales de la no-codificación en el genoma.”

Fuente: https://news.psu.edu/story/535463/2018/09/10/research/optimizing-technologies-discovering-cancer-cell-mutations