Les bactéries courantes qui entraînent les maladies d'origine alimentaire ont trouvé pour être résistant aux antibiotiques

Le Ministère de la Santé du Brésil a reçu des états de 11.524 manifestations des maladies d'origine alimentaire entre 2000 et 2015, avec le malade en baisse et 167 de 219.909 personnes mourant des maladies en question. Les bactéries ont entraîné la plupart des manifestations de telles maladies, y compris la diarrhée et la gastro-entérite. Les plus fréquents étaient des espèces de salmonelle, avec 31.700 caisses diagnostiquées pendant la période (14,4% du total), le staphylocoque doré (7,4%), et l'Escherichia coli (6,1%).

Selon une étude par le ministère du développement social, les bactéries du genre salmonelle étaient les agents étiologiques dans 42,5% des épidémies d'origine alimentaire laboratoire-confirmées rapportées au Brésil entre 1999 et 2009.

l'ordonnancement d'Entier-génome des bactéries principales qui entraînent la diarrhée aiguë est l'orientation de recherches pour un groupe à l'université de São Paulo a abouti par Juliana Pfrimer Falcão, un professeur à l'école de Ribeirão Preto de l'université des sciences pharmaceutiques (FCFRP-USP).

Dans un article publié dans PLOS UN, les savants en biomédecine Amanda Aparecida Seribelli et la Fernanda Almeida, qui appartiennent au laboratoire de Falcão, décrivent comment ils ont ordonnancé et ont vérifié les génomes de 90 tensions d'un détail serovar de l'enterica de salmonelle connu sous le nom de S. Typhimurium (une abréviation de typhimurium serovar de sous-espèce d'enterica de salmonelle).

Les 90 tensions ont été isolées entre 1983 et 2013 à l'institut d'Adolfo Lutz dans Ribeirão Preto (condition de São Paulo, Brésil) et fondation d'Oswaldo Cruz (Fiocruz) dans le Rio de Janeiro. Elles fournissent à une verticale de l'épidémiologie de la salmonellose au Brésil pendant les 30 dernières années, venant de toutes les régions du pays et ayant été rassemblées des patients des infections d'origine alimentaire ou de l'aliment contaminé tel que la volaille, le porc, ou la laitue et d'autres légumes.

« Des êtres humains, nous avons reçu des échantillons de sang, abcès cérébraux, et des fèces diarrheic, » Seribelli a le dit.

Quand l'action des antibiotiques dans chacune des 90 tensions a été vérifiée, on l'a découvert que l'immense majorité étaient résistante à différentes classes des antibiotiques qui font partie de l'arsenal du médicament. L'étude a également recensé 39 gènes responsables de la résistance aux antibiotiques.

Les chercheurs affiliés avec Fiocruz, l'école de l'université de l'Etat de São Paulo des sciences agraires et vétérinaires (FCAV-UNESP) et de l'institut d'Adolfo Lutz ont participé à l'étude. Les 90 tensions de S. Typhimurium ont été ordonnancées chez les Etats-Unis Food and Drug Administration (FDA) pendant le séjour doctoral d'Almeida.

L'analyse comparative des génomes, des transcriptomes, et des phénotypes des tensions de S. Typhimurium d'isolement dans les êtres humains et la nourriture au Brésil a été supportée par la fondation de recherches de São Paulo - FAPESP, la FDA, et le ministère de l'éducation le bureau pour le développement de corps enseignant (CAPS).

Salmonellose

La salmonelle comporte deux substances, bongori de S. et enterica de S. Ce dernier est la substance de type, avec un grand nombre de sous-espèces et de serovars qui entraînent plus d'infections d'origine alimentaire que n'importe quelles autres substances au Brésil et mondial. Le tube intestinal humain et animal est le réservoir naturel principal pour cet agent pathogène, avec la volaille, le porc et les produits alimentaires relatifs servant de vecteurs importants de boîte de vitesses.

Les six sous-espèces de l'enterica de S. sont subdivisées en 2.600 serovars. Un serovar (abréviation la variante sérologique) est une variation distincte dans une substance des bactéries ou du virus caractérisé en ayant le même nombre d'antigènes de surface spécifiques.

La sous-espèce la plus importante de l'enterica de S. du point de vue épidémiologique est l'enterica de sous-espèce d'enterica de S., qui entraîne l'infection d'origine alimentaire connue sous le nom de salmonellose. Les sympt40mes sont diarrhée, fièvre, crampes d'estomac, et vomissement.

Sous-espèce d'enterica de S. l'enterica était la cause principale des 31.700 caisses de salmonellose rapportées au Brésil entre 2000 et 2015. Le plus souvent les serovars d'isolement de cette sous-espèce sont S. Typhimurium et S. Enteritidis.

S.L'enteritidis est l'un des serovars salmonellose-entraînants aboutissants. Elle s'est étendue la première fois dans une pandémie qui a commencé en Europe pendant les années 1990. S. Typhimurium était le serovar le plus répandu avant la pandémie et a prolongé pour entraîner des infections.

Selon Almeida, chacune des 90 tensions analysées dans l'étude a appartenu à S. Typhimurium. Un autre chercheur à FCFRP-USP (fonctionnant également au laboratoire clinique, toxicologique et bromatologique de l'université d'analyse) est actuel ordonnançant et analysant des échantillons contenant S. Enteritidis serovar.

Almeida a pris les 90 tensions de S. Typhimurium aux USA en 2015. « Leurs génomes ont été ordonnancés au centre de FDA pour la sécurité alimentaire et nutrition appliquée dans le Maryland sous la direction du chercheur Marc W. Allard, » il a dit.

S. Le génome typhimurium contient 4,7 millions de paires de bases. La brève réflexion nous indique que l'étude a produit d'une montagne des caractéristiques, plus particulièrement 423 millions de bases correspondant au montant de 90 génomes.

Après que son renvoi à Ribeirão Preto, Almeida ait travaillé avec Seribelli sur une analyse comparative des génomes variés des tensions pour comprendre leur diversité et les relations évolutionnaires entre elles.

Selon Almeida, la technique utilisée était génotypage de haut-débit avec les SNP (prononcé des « bouts » et abréviation des polymorphismes d'unique-nucléotide), qui leur ont permis de recenser la composition génétique (génotype) de chaque tension au moyen d'ordonnancement d'ADN. Les SNP sont les bornes les plus courantes de la variation génétique. Les résultats phylogénétiques ont séparé les 90 tensions de S. Typhimurium dans deux groupes, A et B.

« Le groupe d'échantillons rassemblés de la nourriture a différé du groupe rassemblé des êtres humains, » Seribelli a expliqué. Des « isolats de nourriture ont été distribués entre les groupes A et B dans les nombres relativement assimilés, proposant que plus d'un sous-type diffuse en nourritures au Brésil. Les isolats humains étaient plus répandus dans le groupe B, proposant qu'un sous-type spécifique se soit probablement adapté aux êtres humains. »

À une autre part importante de leur recherche financée par FAPESP, les scientifiques ont mesuré la résistance aux antibiotiques dans chacune des 90 tensions. Selon l'étude, les 65 (72,2%) du résistant prouvé de tensions aux sulfonamides, les 44 (48,9%) à la streptomycine, les 27 (30%) à la tétracycline, les 21 (23,3%) à la gentamicine et les sept (7,8%) au ceftriaxone, un antibiotique de céphalosporine.

Origine de résistance

L'analyse des SNP a recensé 39 gènes pour la résistance à différentes classes d'antimicrobien ou d'antibiotique, telles que l'aminoside, la tétracycline, le sulfonamide, le triméthoprim, la bêta-lactame, la fluoroquinolone, le phenicol et le macrolide. Des mutations ponctuelles ont été également trouvées dans certains des gènes, tels que le gyrA, gyrB, parC et épluchent.

« Il est frappant que S. Typhimurium est un résistant aux antibiotiques qui peut être employé pour traiter la maladie, » Seribelli a dit. « Ces médicaments sont à la disposition des médecins pour l'usage dans les infections de combat qui manifestent la résistance. Ils sont une deuxième ligne de défense quand des micros-organismes ne sont pas détruits par le système immunitaire du patient puisque la salmonellose normalement auto-limite et n'exige pas l'utilisation des antibiotiques. Le principal problème est quand ceci défaille et les bactéries deviennent invasives. »

Une autre remarque qui a attiré l'attention des scientifiques était la différence entre la résistance des tensions au cours de la période de recueil d'échantillon de 30 ans. « Les groupes de S. en mi-1990 s rassemblé Typhimurium ont montré plus de résistance aux antibiotiques que des échantillons provenant des années postérieures. Ceci pourrait être expliqué par l'émergence au début des années 90 de S. Enteritidis serovar, qui a depuis lors été des causes principales de la salmonellose, » Seribelli a dit.

S.L'enteritidis a été connue depuis les années 1950, mais pendant un certain temps, elle a entraîné moins cas de la maladie. Ceci a été radicalement changé par la pandémie de S. Enteritidis, qui a commencé vers la fin des années 1980 et du début des années 1990 en Europe et a puis écarté autour du monde.

« Depuis lors, S. Enteritidis a été l'un des serovars les plus répandus au Brésil et mondial. Comme résultat, c'est que peut également être combattu avec des antibiotiques s'il y a lieu, » Seribelli serovar a dit.

Selon Almeida, S. Typhimurium reste l'un des serovars principaux d'isolement dans des êtres humains, des animaux et la nourriture au Brésil et mondial.

En date de la pandémie en mi-1990 s de S. Enteritidis, le nombre de souches résistantes a apparemment diminué avec le numéro répandu avant les années 1990, mais si la virulence de ces tensions a augmenté pour leur permettre de s'adapter à ce créneau neuf est inconnu.

« La recherche de clés de cette recherche est la découverte d'un grand nombre de gènes de résistance dans les échantillons, considérant qu'elles ont été isolées dans les êtres humains et la nourriture. Ceci indique le risque important même de la contamination au Brésil aujourd'hui de la nourriture contenant les tensions de la salmonelle qui sont résistantes aux antimicrobiens, » Almeida a dit.