ARN ordonnançant des analyses nouvelles d'offres dans le microbiome

Les chercheurs à l'Université de Chicago ont proposé une stratégie révolutionnaire pour étudier l'activité du microbiome d'intestin - utilisant l'ordonnancement de haut-débit de l'ARNt.

Le microbiome - une illustration par alpha Tauri graphique 3D

Alpha Tauri graphique 3D | Shutterstock

En aidant des scientifiques à comprendre comment l'ARNt change dynamiquement dans des microbiomes, le roman ordonnançant la stratégie fournira une analyse bien meilleure dans la façon dont les microbiomes trouvés en nature réagissent aux modifications environnementales telles que la variation de la température ou aux changements de la disponibilité nutritive.

Le travail est le premier de plusieurs projets d'UChicago, financé par la fondation de Keck, qui se concentrent sur des microbiomes.

Microbiomes sont un domaine de recherche intensive aujourd'hui, à cause de leur rôle principal et étendu dans la santé et la maladie.

L'équipe, aboutie par professeurs Tao Pan et A. Murat Eren, a développé les outils neufs visés étudiant l'ARN de transfert (ARNt) dans des microbiomes d'intestin de souris. L'étude actuelle rapportée comment l'ordonnancement d'ARNt a été appliqué aux échantillons à partir du microbiome d'intestin des souris qui étaient sur un à haute teneur en graisses ou le régime carencée en matières grasses.

Il a utilisé le logiciel developpé récemment et les outils de calcul pour produire d'une bibliothèque des molécules d'ARNt des échantillons d'intestin de souris.

Les bactéries dont ces molécules d'ARNt sont venues ont été alors recensées. En conclusion, certaines modifications goujon-transcriptionnelles qui se sont produites dans l'ARNt ont été trouvées et mesurées.

M. Pan était responsable de développer l'ARNt ordonnançant des outils, alors qu'Eren travaillait aux plates-formes de calcul qui se destinent pour effectuer ces outils plus généralement - procurables.

l'ordonnancement d'ARNt est un outil inestimable pour obtenir des grands volumes de caractéristiques d'une façon rentable, pour permettre une exploration plus profonde de l'activité des microbiomes trouvés chez l'homme ou dans leurs environs.

Des molécules bactériennes d'ARNt sont réglées avec précision pour leur fonctionnement spécifique en introduisant des modifications goujon-transcriptionnelles, dont il y a en moyenne de huit selon la molécule d'ARNt.

Les outils utilisés dans ce projet sont capables de trouver deux modifications dans le flux de travail d'ordonnancement et d'analyse d'un haut-débit. D'ailleurs, il peut écailler le degré auquel cette modification est présente sur une échelle de 0 à 100 à chacun des sites modifiés.

Une des modifications est m1A appelé et s'est avérée pour être augmentée dans les microbiomes d'intestin des souris à un régime à haute teneur en graisses. C'est une découverte historique, marquant la toute première fois que de telles modifications ont pu être trouvé au niveau de la modification de l'ARNt, dans n'importe quel microbiome quoi que.

Les scientifiques admettent qu'ils ne savent pas ce que signifie réellement la présence des modifications de m1A au microbiome. Dans une certaine mesure, ils tracent le procédé biologique en arrière pour découvrir la signification de telles modifications.

On le sait que m1A active la synthèse de quelques protéines qui sont parfois présentes à des niveaux plus élevés dans les intestins des souris alimentées avec un régime à haute teneur en graisses. Cependant, il n'est pas clair si les différences trouvées aux niveaux de la modification de m1A font partie de la réaction de souris à ce régime, ou si la modification déjà existante était simplement activée pour augmenter la production de protéine.

Au cours des vingt dernières années, beaucoup de développements se sont produits en technologie moléculaire et calcul. En dépit de ceci, les chercheurs commentent que ces avances nous ont seulement porté la connaissance superficielle des procédés de durée microbienne et comment elles agissent l'un sur l'autre avec leur environnement.

L'avantage de l'ARNt neuf ordonnançant la technologie est sa capacité de fournir un rapid ainsi qu'une méthode relativement bonne marchée d'explorer comment des travaux de traduction à son faisceau.

Ceci pourrait potentiellement fournir beaucoup plus d'analyse dans la façon dont les microbes réagissent les petits changements suivants dans l'environnement, particulièrement ceux il est difficile évaluer que par des méthodes traditionnelles.

De plus, l'utilisation de ces outils porte la connaissance plus grande de l'ARN structure et fonctionnement, ainsi que des changements épigénétiques de l'ARN, dans le territoire rapide-en expansion du microbiome étudie.

Les auteurs attendent avec intérêt un développement plus considérable et plus rapide de l'ARNt ordonnançant la stratégie qu'ils ont frayée un chemin.

Il y a un certain nombre de voies d'examiner des activités de microbiome, mais rien n'est plus rapide et t'obtient plus de volume de caractéristiques qu'ordonnançant. Ici nous avons développé une méthode neuve qui enregistre l'activité du microbiome par l'ARNt et fait ainsi au débit élevé. C'est réellement la valeur. »

Professeur Tao Pan, chercheur de fil

L'étude était aujourd'hui publié dans des transmissions de nature.

Dr. Liji Thomas

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Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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