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RNA che ordina le comprensioni novelle di offerte nel microbiome

I ricercatori all'università di Chicago hanno fornito una strategia rivoluzionaria per lo studio dell'attività del microbiome dell'intestino - facendo uso dell'ordinamento di alto-capacità di lavorazione del tRNA.

Il microbiome - un

Alfa grafici di Tori 3D | Shutterstock

Aiutando gli scienziati a capire come il tRNA cambia dinamicamente all'interno dei microbiomes, il romanzo che ordina la strategia fornirà la comprensione molto migliore in come i microbiomes trovati in natura reagiscono ai cambiamenti ambientali quale la variazione della temperatura o ai cambiamenti nella disponibilità nutriente.

Il lavoro è il primo di parecchi progetti da UChicago, costituito un fondo per dalle fondamenta di Keck, che mettono a fuoco sui microbiomes.

Microbiomes è oggi un campo della ricerca intensiva, a causa del loro ruolo fondamentale e vasto nella salubrità e nella malattia.

Il gruppo, piombo dai professor Tao Pan ed A. Murat Eren, ha sviluppato i nuovi strumenti puntati su studiando il RNA di trasferimento (tRNA) nei microbiomes dell'intestino del mouse. Lo studio corrente ha riferito come l'ordinamento del tRNA si è applicato ai campioni dal microbiome dell'intestino dei mouse che erano su una dieta ad alta percentuale di grassi o a bassa percentuale di grassi.

Ha utilizzato il software di recente sviluppato e gli strumenti di calcolo per generare una libreria delle molecole del tRNA dai campioni dell'intestino del mouse.

I batteri da cui queste molecole del tRNA sono venuto poi sono stati identificati. Per concludere, determinate modifiche post-trascrizionali che si sono presentate nel tRNA sono state individuate e misurato state.

Il Dott. Pan era responsabile dello sviluppare il tRNA che ordina gli strumenti, mentre Eren ha lavorato alle piattaforme di calcolo che sono intese per fare più generalmente questi strumenti - disponibili.

l'ordinamento del tRNA è uno strumento inestimabile per ottenere i grandi volumi di dati in un modo redditizio, per permettere la prospezione più profonda dell'attività dei microbiomes trovati in esseri umani o nei loro dintorni.

Le molecole batteriche del tRNA sono regolate per la loro funzione specifica introducendo le modifiche post-trascrizionali, di cui c'è in media otto per molecola del tRNA.

Gli strumenti utilizzati in questo progetto sono capaci di rilevazione delle due modifiche in flusso di lavoro di ordinamento e dell'analisi di una alto-capacità di lavorazione. Inoltre, può sottoporre a operazioni di disgaggio il grado a cui questa modifica è presente su una scala di 0 - 100 a ciascuno dei siti modificati.

Una delle modifiche è chiamata m1A ed è stata trovata per essere aumentata di microbiomes dell'intestino dei mouse su una dieta ad alta percentuale di grassi. Ciò è una scoperta storica, tracciante il primissimo tempo che tali cambiamenti hanno potuti essere individuato al livello di modifica di tRNA, in tutto il microbiome qualunque.

Gli scienziati ammettono che non conoscono che cosa la presenza delle modifiche di m1A realmente significa al microbiome. In un certo senso, stanno rintracciando il trattamento biologico indietro per scoprire il significato di tali modifiche.

È conosciuto che m1A permette alla sintesi di alcune proteine che sono a volte presenti ai livelli elevati nelle budella dei mouse alimentati con una dieta ad alta percentuale di grassi. Tuttavia, non è chiaro se le differenze individuate nei livelli della modifica di m1A fa parte della reazione del mouse a questa dieta, o se la modifica già attuale soltanto fosse attivata per aumentare la produzione della proteina.

Durante gli ultimi venti anni, molti sviluppi si sono presentati nella tecnologia e nel calcolo molecolari. Malgrado questo, i ricercatori commentano che questi avanzamenti soltanto ci hanno portato la conoscenza superficiale dei processi vitali microbici e come interagiscono con il loro ambiente.

Il vantaggio di nuovo tRNA che ordina la tecnologia è la sua capacità di fornire una rapida come pure un metodo relativamente a basso costo di esplorazione come impianti di traduzione alla sua memoria.

Ciò potrebbe potenzialmente rendere molto più comprensione in come i microbi reagiscono i seguenti piccoli cambi nell'ambiente, particolarmente quelli che sono difficili da valutare con i metodi tradizionali.

Inoltre, l'uso di questi strumenti porta la maggior conoscenza della struttura e della funzione del RNA come pure dei cambiamenti epigenetici in RNA, nel territorio rapido espandentesi di microbiome studia.

Gli autori guardano in avanti ad uno sviluppo più esteso e più rapido del tRNA che ordina la strategia che hanno aperto la strada a.

Ci sono vari modi esaminare le attività del microbiome, ma niente è più veloce e vi ottiene più volume di dati che ordinando. Qui abbiamo messo a punto un nuovo metodo che riferisce l'attività del microbiome attraverso tRNA ed agisce in tal modo ad alta capacità di lavorazione. Quello è realmente il valore.„

Il professor Tao Pan, ricercatore del cavo

Lo studio è stato pubblicato oggi nelle comunicazioni della natura.

Dr. Liji Thomas

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Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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