RNA que arranja em seqüência introspecções novas das ofertas no microbiome

Os pesquisadores na Universidade de Chicago vieram acima com uma estratégia revolucionária para estudar a actividade do microbiome do intestino - usar arranjar em seqüência da alto-produção do tRNA.

O microbiome - uma ilustração por gráficos alfa dos Touros 3D

Gráficos alfa dos Touros 3D | Shutterstock

Ajudando cientistas compreender como o tRNA muda dinâmicamente dentro dos microbiomes, a novela que arranja em seqüência a estratégia fornecerá a introspecção muito melhor em como os microbiomes encontrados na natureza reagem às mudanças ambientais tais como a variação da temperatura ou às mudanças na disponibilidade nutriente.

O trabalho é o primeiro de diversos projectos de UChicago, financiado pela fundação de Keck, que se centram sobre microbiomes.

Microbiomes é uma área da pesquisa intensiva hoje, devido a seu papel fundamental e amplo na saúde e na doença.

A equipe, conduzida por professores Tao Bandeja e A. Murat Eren, desenvolveu as novas ferramentas visadas estudando o RNA de transferência (tRNA) em microbiomes do intestino do rato. O estudo actual relatou como arranjar em seqüência do tRNA foi aplicado às amostras do microbiome do intestino dos ratos que estavam em uma dieta alto-gorda ou dietético.

Usou o software recentemente desenvolvido e ferramentas computacionais para gerar uma biblioteca de moléculas do tRNA das amostras do intestino do rato.

As bactérias de que estas moléculas do tRNA vieram foram identificadas então. Finalmente, determinadas alterações cargo-transcricionais que ocorreram no tRNA foram detectadas e medidas.

O Dr. Bandeja era responsável para desenvolver o tRNA que arranja em seqüência ferramentas, quando Eren trabalhou nas plataformas computacionais que são pretendidas fazer mais geralmente estas ferramentas - disponíveis.

arranjar em seqüência do tRNA é uma ferramenta inestimável para obter volumes altos de dados em uma maneira eficaz na redução de custos, para permitir uma exploração mais profunda da actividade dos microbiomes encontrados nos seres humanos ou em seus arredores.

As moléculas bacterianas do tRNA são ajustadas para sua função específica introduzindo alterações cargo-transcricionais, de que há na média oito pela molécula do tRNA.

As ferramentas usadas neste projecto são capazes de detectar duas alterações em trabalhos arranjar em seqüência e de análise de uma alto-produção. Além disso, podem escalar o grau a que esta alteração esta presente numa escala de 0 a 100 em cada um dos locais alterados.

Uma das alterações é chamado m1A e foi encontrado para ser aumentado nos microbiomes do intestino dos ratos em uma dieta alto-gorda. Esta é uma descoberta histórica, marcando muito a primeira vez que tais mudanças puderam ser detectado a nível de alteração do tRNA, em todo o microbiome o que quer que.

Os cientistas admitem que não conhecem o que a presença das alterações de m1A significa realmente ao microbiome. De um certo modo, estão seguindo o processo biológico para trás para descobrir o significado de tais alterações.

Sabe-se que m1A permite a síntese de algumas proteínas que estão às vezes actuais a níveis mais altos na entranhas dos ratos alimentados com uma dieta alto-gorda. Contudo, não é claro se as diferenças detectadas nos níveis da alteração de m1A são parte da reacção do rato a esta dieta, ou se a alteração já existente estêve activada meramente para aumentar a produção da proteína.

Durante os últimos vinte anos, muitas revelações ocorreram na tecnologia e na computação moleculars. Apesar disto, os pesquisadores comentam que estes avanços nos trouxeram somente o conhecimento superficial de processos da vida microbiana e como interagem com seu ambiente.

O benefício do tRNA novo que arranja em seqüência a tecnologia é sua capacidade para fornecer um rapid assim como um método relativamente barato de explorar como trabalhos de tradução em seu núcleo.

Isto poderia potencial render muito mais introspecção em como os micróbios reagem seguintes pequenas alterações no ambiente, especialmente aqueles que são difíceis de avaliar por métodos tradicionais.

Além, o uso destas ferramentas traz o maior conhecimento da estrutura e da função do RNA, assim como de mudanças epigenéticas no RNA, no território deexpansão do microbiome estuda.

Os autores olham para a frente a uma revelação mais extensiva e mais rápida do tRNA que arranja em seqüência a estratégia que abriram caminho.

Há um número de maneiras de examinar actividades do microbiome, mas nada é mais rápido e obtem-lhe mais volume de dados do que arranjando em seqüência. Aqui nós desenvolvemos um método novo que relatasse a actividade do microbiome através do tRNA e a fizesse assim na produção alta. Aquele é realmente o valor.”

Professor Tao Bandeja, pesquisador do chumbo

O estudo foi publicado hoje em comunicações da natureza.

Dr. Liji Thomas

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Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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