ARN que ordena discernimientos nuevos de las ofertas en el microbiome

Los investigadores en la Universidad de Chicago han subido con una estrategia revolucionaria para estudiar la actividad del microbiome de la tripa - usando la secuencia de la alto-producción del tRNA.

El microbiome - un ejemplo por los gráficos alfa de Tauri 3D

Gráficos alfa de Tauri 3D | Shutterstock

Ayudando a científicos a entender cómo el tRNA cambia dinámicamente dentro de microbiomes, la novela que ordena estrategia ofrecerá un discernimiento mucho mejor en cómo los microbiomes encontrados en naturaleza reaccionan a los cambios ambientales tales como variación de la temperatura o a los cambios en disponibilidad nutritiva.

El trabajo es el primer de varios proyectos de UChicago, financiado por el asiento de Keck, que se centran en microbiomes.

Microbiomes es un área de la investigación intensiva hoy, debido a su papel fundamental y amplio en salud y enfermedad.

Las personas, llevadas por profesores Tao Pan y A. Murat Eren, desarrollaron las nuevas herramientas dirigidas estudiando el ARN de la transferencia (tRNA) en microbiomes de la tripa del ratón. El estudio actual denunció cómo la secuencia del tRNA fue aplicada a las muestras del microbiome de la tripa de los ratones que estaban en un de alto grado en grasas o dieta baja en grasa.

Utilizó software desarrollado recientemente y las herramientas de cómputo para generar una biblioteca de las moléculas del tRNA de las muestras de la tripa del ratón.

Las bacterias de las cuales estas moléculas del tRNA vinieron entonces fueron determinadas. Finalmente, ciertas modificaciones poste-transcriptivas que ocurrieron en el tRNA fueron descubiertas y medidas.

El Dr. Pan era responsable de desarrollar el tRNA que ordenaba las herramientas, mientras que Eren trabajó en las plataformas de cómputo que se piensan para hacer estas herramientas más generalmente - disponibles.

la secuencia del tRNA es una herramienta inestimable para obtener altos volúmenes de datos de una manera de poco costo, para permitir una exploración más profunda de la actividad de los microbiomes encontrados en seres humanos o en sus alrededores.

Las moléculas bacterianas del tRNA son ajustadas para su función específica introduciendo modificaciones poste-transcriptivas, cuyo hay por término medio ocho por la molécula del tRNA.

Las herramientas usadas en este proyecto son capaces de descubrir dos modificaciones en flujo de trabajo de la secuencia y del análisis de una alto-producción. Por otra parte, puede escalar el grado al cual esta modificación está presente en una escala de 0 a 100 en cada uno de los sitios modificados.

Una de las modificaciones se llama m1A y fue encontrado para ser aumentado de los microbiomes de la tripa de ratones en una dieta de alto grado en grasas. Esto es un descubrimiento histórico, marcando el primer tiempo que tales cambios han podido ser descubierto en el nivel de modificación del tRNA, en cualquier microbiome sea cual sea.

Los científicos admiten que no conocen lo que significa la presencia de las modificaciones de m1A real al microbiome. En cierto modo, están trazando el proceso biológico de retroceso para descubrir la significación de tales modificaciones.

Se sabe que m1A habilita la síntesis de algunas proteínas que estén a veces presentes en niveles más altos en la tripa de los ratones introducidos con una dieta de alto grado en grasas. Sin embargo, no está sin obstrucción si las diferencias descubiertas en los niveles de la modificación de m1A son parte de la reacción del ratón a esta dieta, o si la modificación ya existente fue activada simplemente para aumentar la producción de la proteína.

Durante los veinte años pasados, muchos progresos han ocurrido en tecnología y el cómputo moleculares. A pesar de esto, los investigadores comentan que estos avances solamente nos han traído conocimiento superficial de los procesos de la vida microbiana y cómo obran recíprocamente con su ambiente.

La ventaja del nuevo tRNA que ordena tecnología es su capacidad de ofrecer un rapid así como un método relativamente barato de explorar cómo los trabajos de traslación en su base.

Esto podría potencialmente rendir mucho más discernimiento en cómo los microbios reaccionan pequeños cambios siguientes en el ambiente, especialmente los que son difíciles de fijar por métodos tradicionales.

Además, el uso de estas herramientas trae el mayor conocimiento de la estructura y de la función del ARN, así como de cambios epigenéticos en ARN, en el territorio rápido-que se despliega del microbiome estudia.

Los autores observan adelante a un revelado más extenso y más rápido del tRNA que ordena estrategia que han promovido.

Hay varias maneras de examinar actividades del microbiome, pero nada es más rápido y le consigue más volumen de datos que ordenando. Aquí hemos desarrollado un nuevo método que denuncia la actividad del microbiome a través de tRNA y hace tan en la alta producción. Ése es realmente el valor.”

Profesor Tao Pan, investigador del guía

El estudio fue publicado hoy en comunicaciones de la naturaleza.

Dr. Liji Thomas

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Dr. Liji Thomas

Dr. Liji Thomas is an OB-GYN, who graduated from the Government Medical College, University of Calicut, Kerala, in 2001. Liji practiced as a full-time consultant in obstetrics/gynecology in a private hospital for a few years following her graduation. She has counseled hundreds of patients facing issues from pregnancy-related problems and infertility, and has been in charge of over 2,000 deliveries, striving always to achieve a normal delivery rather than operative.

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