Método robusto novo para microscopically perfilar únicas pilhas minúsculas

Muitas da pilha dactilografam dentro nosso trabalho de corpos em maneiras obscuras, essa ciência não compreendem ainda inteiramente. Isso igualmente vai para as pilhas imunes, que são vitais para nos proteger contra doenças sérias.

A fim conquistar este obstáculo, os pesquisadores puseram muito esforço em encontrar maneiras novas de estudar os trabalhos internos de pilhas individuais.

- O desafio é isolar não somente uma pilha individual de uma amostra de tecido. Nós igualmente precisamos de encontrar uma maneira de determinar a função da pilha individual, dizemos Kedar Nath Natarajan, professor adjunto e investigador principal no departamento da bioquímica e na biologia molecular, universidade de Dinamarca do sul.

Em um estudo novo, conduzido por Kedar Nath Natarajan e Xi Chen do instituto de Wellcome Sanger, uma equipa de investigação desenvolveu um método novo para microscopically perfilar únicas pilhas minúsculas dentro dos órgãos e dos tecidos.

O método novo permitiu que analisassem mais de 3000 pilhas do baço, que é um ponto quente para todos os tipos de pilhas imunes; as pilhas que lutam infecções, mas igualmente rendem a imunidade e a resposta diárias.

Os métodos novos estão sendo desenvolvidos constantemente para perfilar microscopically únicas pilhas minúsculas dentro dos órgãos e dos tecidos. O princípio é estudar o modelo básico de um ADN do organismo isto é e como é empacotado dentro de uma única pilha. Isto que empacota é referido como a cromatina e os sinais que os genes dentro do modelo são desligados sobre e, assim determinando se se transforma um glóbulo, uma célula epitelial, uma pilha imune, uma célula cancerosa ou um outro tipo de pilha.

- Nosso método novo perfila a cromatina dentro das únicas pilhas e oferece um robusto, evolutivo e uma alternativa mais barata aos métodos actuais da estado--arte, que exigem a infra-estrutura cara, reagentes especializados e equipamentos, disse Kedar Nath Natarajan.

Junto com o primeiro autor Xi Chen do instituto de Wellcome Sanger, tem o chumbo a revelação dos métodos novos e dos tipos diferentes do perfil das pilhas que incluem as pilhas imunes, as células estaminais etc. Os outros contribuinte do instituto de Wellcome Sanger são Ricardo J Miragaia e este trabalho foi executado no laboratório da Sarah autor correspondente um Teichmann.

O sumário do papel dá esta descrição:

O ensaio para a cromatina transposase-acessível que usa arranjar em seqüência (ATAC-segs.) é amplamente utilizado identificar regiões reguladoras durante todo o genoma. Contudo, poucos estudos foram executados muito a único nível da pilha (scATAC-segs.) devido aos desafios técnicos. Aqui nós desenvolvemos um método placa-baseado simples e robusto do scATACseq, combinando o volume honesto Tn5 que etiqueta com a classificação dos único-núcleos. Nós demonstramos que nosso método trabalhou robusta através dos vários sistemas, incluindo pilhas frescas e cryopreserved dos tecidos preliminares. Perfilando sobre 3.000 splenocytes, nós identificamos tipos distintos da pilha imune e revelamos regiões reguladoras tipo-específicas da pilha e factores relacionados da transcrição.