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Conduite Frite-Seq avec des nombres inférieurs de cellules

insights from industryDr. Kathyrn CunninghamProduct ManagerActive Motif

Une entrevue avec M. Kathyrn Cunningham de motif actif chez SfN 2018, discutant l'importance de l'epigenetics et surmontant les problèmes qui surgissent en effectuant l'immunoprécipitation de chromatine ordonnançant (Frite-seq) avec la cellule inférieure numérote.

Pourquoi l'epigenetics est-il important en neurologie ?

Epigenetics décrit les facteurs qui règlent l'expression du gène et peuvent, pour cette raison, influencer des phénotypes malades et sains. Les mécanismes épigénétiques jouent un rôle dans une foule des différentes maladies neurodegenerative et des maladies comportementales. L'inducteur de l'epigenetics est toujours dans son enfance - les gens n'ont pas exploré ses effets encore. Ceci effectue lui un domaine de recherche passionnant pour nous, et à la communauté scientifique plus large.

Chromatine au noyau de cellules - une illustration par YuriiHrbYuriiHrb | Shutterstock

Que l'immunoprécipitation de chromatine ordonnance-t-elle (Frite-Seq) et comment est-elle employée par des neurologistes ?

gabarits Frite-seq pour l'ordonnancement d'immunoprécipitation de chromatine. La première partie, frite, se réfère à une méthode basée sur anticorps qui est employée pour sélecter les régions du génome qui sont liées par des facteurs de transcription. Alternativement, des anticorps qui sont spécifiques pour des modifications d'histone peuvent être employés. Ceci permet à des chercheurs de déterminer si le gène était en activité et/ou si la chromatine ait été ouverte ou fermée.

Par exemple, si l'analyse indiquait que CTCF, un facteur de transcription, a été lié à une certaine région, les chercheurs pourraient alors examiner pour voir si elle était impliquée dans la transcription des gènes.

Après enrichissement d'anticorps, les chercheurs peuvent amplifier les segments d'ADN courts utilisant le tPCR et les amorces. Cependant, ceci peut seulement être employé quand la région d'intérêt est connue.   

Quand les chercheurs sont intéressés à découvrir où un facteur de transcription grippe au génome sans la polarisation, des adaptateurs devraient être utilisés. Les adaptateurs préparent les particules enrichies d'ADN pour ordonnancer complètement ; fournir à des chercheurs une vue globale des accepteurs du génome.

Pourquoi un comptage cellulaire inférieur problématique pour exécuter de scientifiques est-il Frite-Seq ?

Actuel, presque tous les domaines de recherche poussent vers des tailles de l'échantillon inférieures. Les gens essayent de faire plus avec moins, et Frite-seq n'est aucune exception à celle.

Les chercheurs modernes de jour ont des échantillons pour l'analyse de multi-analyte, signifiant ils ont seulement un peu d'échantillon pour effectuer cette analyse en circuit, ou des échantillons assortis de cellules, où ils ont seulement une petite population de l'échantillon originel. La présence d'autres types de cellules peut avoir comme conséquence le bruit, comme les chercheurs souhaitent habituellement analyser un type unicellulaire de la population.  

Dans l'un ou l'autre de ces situations, le défi demeure le même - les chercheurs travaillent avec des numéros de plus en plus plus petits des cellules ou des parties du tissu. Le problème avec ceci est qu'il limite le niveau de la complexité qui peut être réalisé et pour cette raison de la quantité d'informations qui peut être recueillie d'un échantillon.

Dans le cas de l'ordonnancement, en particulier, c'est très inefficace, parce que si les chercheurs ont seulement un peu de matériau à commencer et pour détruire l'échantillon à chaque étape, seulement une petite quantité demeure avant qu'ils atteignent l'étape de ordonnancement. Ceci augmente le coût d'ordonnancement et réduit la quantité d'échantillon utilisable, car c'est présent en double ou contient des dimères d'adaptateur. Le résultat est un coût élevé pour des caractéristiques inutilisables.

Le nécessaire Frite-seq de cellules inférieures est conçu pour maximiser l'assemblage de l'échantillon à chaque opération, y compris l'enrichissement franc et la préparation de bibliothèque. Ceci signifie qu'à la fin de l'opération la bibliothèque finale à ordonnancer contient de seules molécules de bibliothèque et échantillons hautement complexes. Ceci permet à des chercheurs d'obtenir les informations utiles au plus peu coûteux.

Illustration dBitCyte | Shutterstock

Comment le nécessaire Frite-Seq de cellules inférieures offert par motif actif surmonte-t-il ces problèmes ? Combien robuste est-il ?

Le nombre de cellules avec lesquelles le nécessaire Frite-seq de cellules inférieures fonctionne dépend de l'objectif. Si un chercheur travaille avec une modification courante d'histone, par exemple, elles auront plus d'échantillon laissé après enrichissement que si elles travaillaient à un facteur rare de transcription. Les chercheurs qui font fonctionner un enrichissement qui fournira plus d'échantillon peuvent commencer par moins.

Nous avons conçu le nécessaire Frite-seq de cellules inférieures pour exiger seulement d'une petite cellule d'entrer, à l'aide des tampons optimisés pour l'immunoprécipitation de chromatine et par partnering avec des biosciences rapides.

La raison de partnering était que nous avons regardé plusieurs différentes méthodes de préparation de bibliothèque et la méthode rapide a réalisé la meilleure fonction à maintenir l'ADN à chaque opération. Ceci fournit à des chercheurs la bibliothèque la plus complexe. Le nécessaire est validé notre méthode vers le bas à 1.000 cellules, ainsi il est très utile pour des chercheurs travaillant avec de petits échantillons.

Fournissez-vous les anticorps Frite-Validés ?

Oui, nous avons des milliers d'anticorps. Notre site Web est rempli avec différents anticorps, y compris une partie qui indique à des chercheurs chaque application qu'ils ont été validés pour. Nous avons des propriétaires qui ont été très couronnés de succès, particulièrement avec des nos anticorps de modification d'histone. Si sa frite validée, il fonctionne avec le nécessaire inférieur de cellules.

Qu'espérez-vous apprendre de la neurologie 2018 ? Avez-vous remarqué des tendances de recherches ?

C'est ma première fois à la neurologie. La quantité de différents types de recherche qui continue et des différents sens dans l'epigenetics est si grande qu'elle soit presque primordialement ! J'avais eu des conversations portées sur des changements de l'expression et des mécanismes par lesquels elle pourrait se produire. Par exemple, il y avait l'un ou l'autre par étude ARN-seq où les chercheurs avaient l'habitude le qPCR pour regarder un détail ARNm d'intérêt.

Dans la plupart des cas, c'est ce qui pilote des chercheurs pour regarder le mécanisme épigénétique ; ils voient une variation dans l'expression des gènes, et ils veulent savoir ce qui peut entraîner ceci. Nos moyens de système vous pouvez regarder la méthylation de l'ADN ou la regarder chromatine ouverte et fermée quand l'objectif n'est pas connu.

ATAC-seq est une voie gentille pour que les gens divisent en espace épigénétique. Elle permet à des chercheurs de découvrir si une région est ouverte ou fermée, quel motif est là, et ce qui pourrait gripper là. Mais les analyses approfondies sont nécessaires pour comprendre l'illustration entière.

Même si les chercheurs pensent ils savent ce qu'ils recherchent, ils ne savent pas ce qu'ils pourraient être manquants quand ils se limitent avec des méthodes conventionnelles. Il pourrait y avoir beaucoup d'autres choses se produisant - la biologie ne se produit pas dans un aspirateur après tout. Tout agit l'un sur l'autre toujours avec tout d'autre. Même si vous êtes seulement intéressé par un facteur, je pense qu'il est important d'avoir un point de vue global.

Où peuvent les lecteurs trouver plus d'informations ?

Au sujet du motif actif

Le motif actif est un leader de l'industrie en développant et en livrant les outils novateurs pour activer la recherche de règlement d'epigenetics et de gène. Ils sont commis à fournir les produits les plus de haute qualité et le service et le support supérieurs pour servir les communautés des sciences de la vie, cliniques et pharmaceutiques/découverte de médicaments.

Citations

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