Attenzione: questa pagina è una traduzione automatica di questa pagina originariamente in lingua inglese. Si prega di notare in quanto le traduzioni sono generate da macchine, non tutte le traduzioni saranno perfetti. Questo sito web e le sue pagine web sono destinati ad essere letto in inglese. Ogni traduzione del sito e le sue pagine web possono essere imprecise e inesatte, in tutto o in parte. Questa traduzione è fornita per comodità.

Conduzione Chip-Seguente con i numeri bassi delle cellule

insights from industryDr. Kathyrn CunninghamProduct ManagerActive Motif

Un'intervista con il Dott. Kathyrn Cunningham dal motivo attivo a SfN 2018, discutente l'importanza del epigenetics e superante i problemi che sorgono quando effettua l'immunoprecipitazione della cromatina che ordina (Chip-seguente) con la cella bassa numera.

Perché è il epigenetics importante in neuroscienza?

Epigenetics descrive i fattori che gestiscono l'espressione genica e possono, quindi, influenzare i fenotipi malati e sani. I meccanismi epigenetici svolgono un ruolo in una miriade di malattie neurodegenerative differenti e malattie comportamentistiche. Il campo del epigenetics è ancora nella sua infanzia - la gente non ha esplorato i sui effetti ancora. Ciò rende un campo di ricerca emozionante per noi ed all'più ampia comunità scientifica.

Cromatina nel nucleo delle cellule - unYuriiHrb | Shutterstock

Che cosa l'immunoprecipitazione della cromatina sta ordinando (Chip-Seguente) e come è usata dai neuroscenziati?

supporti Chip-seguenti per l'ordinamento di immunoprecipitazione della cromatina. La prima parte, chip, si riferisce ad un ad un metodo basato a anticorpo che è usato per selezionare le regioni del genoma che sono limitate dai fattori di trascrizione. Alternativamente, gli anticorpi che sono specifici per le modifiche dell'istone possono essere usati. Ciò permette che i ricercatori determinino se il gene fosse attivo e/o se la cromatina era aperta o chiusa.

Per esempio, se l'analisi rivelasse che CTCF, un fattore di trascrizione, è stato limitato ad una determinata regione, i ricercatori potrebbero poi guardare per vedere se fosse compresa nella trascrizione del gene.

A seguito di arricchimento nell'anticorpo, i ricercatori possono ampliare i brevi segmenti di DNA facendo uso di tPCR e delle mani di fondo. Tuttavia, questo può essere usato soltanto quando la regione di interesse è conosciuta.   

Quando i ricercatori sono interessati nello scoprire dove un fattore di trascrizione lega al genoma senza tendenziosità, i convertitori dovrebbero essere utilizzati. I convertitori preparano le particelle arricchite del DNA per in pieno ordinare; fornendo ai ricercatori una visualizzazione globale delle sedi del legame del genoma.

Perché è un conteggio basso delle cellule problematico per l'esecuzione degli scienziati Chip-Seguente?

Corrente, quasi tutti i campi di ricerca stanno spingendo verso le dimensioni del campione più basse. La gente sta provando a fare più con di meno e Chip-seguente non c'è nessun'eccezione a quella.

I ricercatori moderni del giorno hanno i campioni per l'analisi dell'multi-analito, significanti essi soltanto hanno una piccola quantità del campione per effettuare questa analisi sopra, o campioni assortiti delle cellule, in cui hanno soltanto una piccola popolazione del campione originale. La presenza di altri tipi delle cellule può provocare il disturbo, come i ricercatori desiderano solitamente analizzare un tipo unicellulare dalla popolazione.  

In l'una o l'altra di queste situazioni, la sfida rimane la stessa - i ricercatori stanno lavorando con i numeri sempre più più piccoli delle celle o delle sezioni del tessuto. Il problema con questo è che limita il livello di complessità che può essere raggiunto e quindi della quantità di informazioni che può essere riunita da un campione.

Nel caso dell'ordinamento, in particolare, questo è molto inefficiente, perché se i ricercatori hanno soltanto una piccola quantità di materiale all'inizio con e perdono il campione in ogni fase, solo una piccola quantità rimane prima che raggiungano la fase d'ordinamento. Ciò aumenta il costo di ordinamento e diminuisce la quantità di campione utilizzabile, poichè è presente due volte o contiene i dimeri del convertitore. Il risultato è un alto costo per i dati inutilizzabili.

Il kit Chip-seguente delle cellule basse è destinato per massimizzare la conservazione del campione ad ogni punto, compreso in anticipo l'arricchimento e la preparazione delle biblioteche. Ciò significa che quello alla conclusione del trattamento la libreria definitiva da ordinare contiene le molecole uniche delle biblioteche ed i campioni altamente complessi. Ciò permette che i ricercatori ottengano i dati utili all'più a basso costo.

Illustrazione di un anticorpo da utilizzare in Chip-SeguenteBitCyte | Shutterstock

Come il kit Chip-Seguente delle cellule basse offerto dal motivo attivo supera questi problemi? Quanto robusto è?

Il numero delle celle cui il kit Chip-seguente delle cellule basse funziona con dipende dall'obiettivo. Se un ricercatore sta lavorando con una modifica comune dell'istone, per esempio, lasceranno più campione dopo arricchimento che se stessero lavorando ad un fattore di trascrizione raro. I ricercatori che stanno eseguendo un arricchimento che fornirà più campione possono cominciare con di meno.

Abbiamo progettato il kit Chip-seguente delle cellule basse per richiedere soltanto un piccolo input delle cellule, usando i buffer ottimizzati per l'immunoprecipitazione della cromatina e partnering con le scienze biologiche rapide.

La ragione per partnering era che abbiamo esaminato vari metodi della preparazione delle biblioteche ed il metodo rapido ha fatto il migliore processo a conservare il DNA ad ogni punto. Ciò fornisce ai ricercatori la libreria più complessa. Il kit è convalidato il nostro metodo giù a 1.000 celle, in modo da è molto utile per i ricercatori che lavorano con i piccoli campioni.

Fornite gli anticorpi Chip-Convalidati?

Sì, abbiamo migliaia di anticorpi. Il nostro sito Web è riempito con differenti anticorpi, compreso una sezione che dice a ricercatori ogni applicazione che sono stati convalidati per. Abbiamo clienti che sono riusciti molto, particolarmente con i nostri anticorpi di modifica dell'istone. Se il suo chip convalidato, funziona con il kit basso delle cellule.

Che cosa sperate di imparare dalla neuroscienza 2018? Avete notato delle tendenze della ricerca?

Ciò è la mia prima volta alla neuroscienza. La quantità di tipi differenti di ricerche che stanno accendendo e delle direzioni differenti in epigenetics è così grande che è quasi in modo schiacciante! Sto avendo conversazioni concentrate sui cambiamenti nell'espressione e nei meccanismi da cui potrebbe accadere. Per esempio, c'era l'uno o l'altro un lo studio RNA-seguente dove i ricercatori hanno usato il qPCR per esaminare un mRNA specifico di interesse.

Nella maggior parte delle istanze, questo è che cosa sta guidando i ricercatori per esaminare il meccanismo epigenetico; vedono un cambiamento nell'espressione genica e vogliono conoscere che cosa può causare questo. I nostri mezzi del sistema potete esaminare la metilazione del DNA o esaminare cromatina aperta e chiusa quando l'obiettivo non è conosciuto.

ATAC-seguente è un modo piacevole affinchè la gente si rompa nello spazio epigenetico. Permette che i ricercatori scoprano se una regione è aperta o chiusa, che motivo è là e che cosa potrebbe legare là. Ma ulteriori analisi sono necessarie capire l'intera maschera.

Anche se i ricercatori ritengono conoscono che cosa stanno cercando, essi non conoscono che cosa potrebbero mancare quando si limitano con i metodi convenzionali. Ci potrebbero essere molte altre cose che accadono - la biologia non accade in un vuoto dopo tutto. Tutto sta interagendo sempre con tutto il resto. Anche se siete soltanto interessato in un fattore, penso che sia importante avere una visualizzazione globale.

Dove possono i lettori trovare più informazioni?

Circa il motivo attivo

Il motivo attivo è un leader del settore nello sviluppare e nella consegna degli strumenti innovatori per permettere alla ricerca di regolamento del gene e di epigenetics. Sono commessi a fornire i prodotti più di alta qualità ed il servizio & il supporto superiori per servire le comunità cliniche e farmaceutiche/della droga di scienze biologiche, scoperta.

Citations

Please use one of the following formats to cite this article in your essay, paper or report:

  • APA

    Active Motif. (2019, January 17). Conduzione Chip-Seguente con i numeri bassi delle cellule. News-Medical. Retrieved on July 13, 2020 from https://www.news-medical.net/news/20190114/Conducting-ChIP-Seq-with-Low-Cell-Numbers.aspx.

  • MLA

    Active Motif. "Conduzione Chip-Seguente con i numeri bassi delle cellule". News-Medical. 13 July 2020. <https://www.news-medical.net/news/20190114/Conducting-ChIP-Seq-with-Low-Cell-Numbers.aspx>.

  • Chicago

    Active Motif. "Conduzione Chip-Seguente con i numeri bassi delle cellule". News-Medical. https://www.news-medical.net/news/20190114/Conducting-ChIP-Seq-with-Low-Cell-Numbers.aspx. (accessed July 13, 2020).

  • Harvard

    Active Motif. 2019. Conduzione Chip-Seguente con i numeri bassi delle cellule. News-Medical, viewed 13 July 2020, https://www.news-medical.net/news/20190114/Conducting-ChIP-Seq-with-Low-Cell-Numbers.aspx.