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Condução Microplaqueta-Segs. com baixos números da pilha

insights from industryDr. Kathyrn CunninghamProduct ManagerActive Motif

Uma entrevista com Dr. Kathyrn Cunningham do motivo activo em SfN 2018, discutindo a importância do epigenetics e superando os problemas que elevaram ao realizar a imunoprecipitação da cromatina que arranja em seqüência (Microplaqueta-segs.) com baixa pilha numera.

Por que é o epigenetics importante na neurociência?

Epigenetics descreve os factores que controlam a expressão genética e podem, conseqüentemente, influenciar fenótipos doentes e saudáveis. Os mecanismos epigenéticos jogam um papel em um anfitrião de doenças neurodegenerative diferentes e de doenças comportáveis. O campo do epigenetics está ainda em sua infância - os povos não exploraram seus efeitos ainda. Isto faz a lhe uma área da pesquisa emocionante para nós, e à comunidade científica mais larga.

Cromatina no núcleo de pilha - uma ilustração por YuriiHrbYuriiHrb | Shutterstock

Que a imunoprecipitação da cromatina está arranjando em seqüência (Microplaqueta-Segs.) e como é usada por neurocientistas?

suportes Microplaqueta-segs.s para arranjar em seqüência da imunoprecipitação da cromatina. A primeira parte, microplaqueta, refere um método anticorpo-baseado que seja usado para seleccionar as regiões do genoma que são limitadas por factores da transcrição. Alternativamente, os anticorpos que são específicos para alterações do histone podem ser usados. Isto permite que os pesquisadores determinem se o gene era activo e/ou se a cromatina era aberta ou fechado.

Por exemplo, se a análise revelou que CTCF, um factor da transcrição, estêve limitado em uma determinada região, os pesquisadores poderiam então olhar para ver se foi envolvida na transcrição do gene.

Depois do enriquecimento do anticorpo, os pesquisadores podem amplificar segmentos curtos do ADN usando o tPCR e as primeiras demão. Contudo, isto pode somente ser usado quando a região de interesse é sabida.   

Quando os pesquisadores estão interessados em encontrar onde um factor da transcrição liga ao genoma sem a polarização, os adaptadores devem ser usados. Os adaptadores preparam as partículas enriquecidas do ADN completamente arranjando em seqüência; fornecendo pesquisadores uma vista global dos locais obrigatórios do genoma.

Por que é uma baixa contagem de pilha problemática para a execução dos cientistas Microplaqueta-Segs.?

Actualmente, quase todas as áreas de pesquisa estão empurrando para uns mais baixos tamanhos da amostra. Os povos estão tentando fazer mais com menos, e Microplaqueta-segs. é nenhuma exceção àquela.

Os pesquisadores modernos do dia têm as amostras para a análise do multi-analyte, significando eles têm somente uma pequena quantidade da amostra para realizar sobre esta análise, ou as amostras sortidos da pilha, onde têm somente uma população pequena da amostra original. A presença de outros tipos da pilha pode conduzir ao ruído, como os pesquisadores desejam geralmente analisar um único tipo da pilha da população.  

Em qualquer uma destas situações, o desafio permanece o mesmo - os pesquisadores estão trabalhando com números cada vez mais menores de pilhas ou de secções do tecido. O problema com este é que limita o nível de complexidade que pode ser conseguido e conseqüentemente da quantidade de informação que pode ser recolhida de uma amostra.

No caso de arranjar em seqüência, em particular, isto é muito incapaz, porque se os pesquisadores têm somente uma pequena quantidade de material ao começo com e perdem a amostra em cada fase, simplesmente uma pequena quantidade permanece antes que alcançarem a fase arranjando em seqüência. Isto aumenta o custo de arranjar em seqüência e reduz a quantidade de amostra útil, porque esta presente em duplicado ou contem dímero do adaptador. O resultado é um custo alto para dados inusáveis.

O jogo Microplaqueta-segs. da baixa pilha é projectado maximizar a retenção da amostra em cada etapa, incluindo o enriquecimento honesto e a preparação da biblioteca. Isto significa que isso no fim do processo a biblioteca final a ser arranjada em seqüência contem moléculas originais da biblioteca e amostras altamente complexas. Isto permite que os pesquisadores obtenham dados úteis no mais barato.

Ilustração de um anticorpo a ser usado em Microplaqueta-Segs.BitCyte | Shutterstock

Como a baixa pilha Microplaqueta-Segs. Jogo oferecido pelo motivo activo supera estes problemas? Como robusta é?

O número de pilhas que o jogo Microplaqueta-segs. da baixa pilha trabalha com é dependente do alvo. Se um pesquisador está trabalhando com uma alteração comum do histone, por exemplo, terão mais amostra deixada após o enriquecimento do que se estavam trabalhando em um factor raro da transcrição. Os pesquisadores que estão executando um enriquecimento que forneça mais amostra podem começar com menos.

Nós projectamos o jogo Microplaqueta-segs. da baixa pilha exigir somente uma entrada pequena da pilha, usando amortecedores aperfeiçoados para a imunoprecipitação da cromatina e partnering com ciências biológicas rápidas.

A razão para partnering era que nós olhamos diversos métodos diferentes da preparação da biblioteca e o método rápido fez o melhor trabalho em reter o ADN em cada etapa. Isto fornece pesquisadores a biblioteca a mais complexa. O jogo é validado nosso método para baixo a 1.000 pilhas, assim que é muito útil para os pesquisadores que trabalham com amostras pequenas.

Você fornece anticorpos Microplaqueta-Validados?

Sim, nós temos milhares de anticorpos. Nosso Web site é enchido com os anticorpos diferentes, incluindo uma secção que diga a pesquisadores cada aplicação que estiveram validados para. Nós temos os clientes que foram muito bem sucedidos, especialmente com nossos anticorpos da alteração do histone. Se sua microplaqueta validada, ele trabalha com o baixo jogo da pilha.

Que você espera aprender da neurociência 2018? Você observou alguma tendência da pesquisa?

Esta é minha primeira vez na neurociência. A quantidade de tipos diferentes de pesquisa que está indo sobre e dos sentidos diferentes no epigenetics é tão grande que é quase opressivamente! Eu tenho tido as conversações centradas em mudanças na expressão e nos mecanismos por que poderia ocorrer. Por exemplo, havia qualquer um um o estudo RNA-segs. onde os pesquisadores usaram o qPCR para olhar um mRNA específico do interesse.

Em a maioria de exemplos, este é o que está conduzindo pesquisadores para olhar o mecanismo epigenético; vêem uma mudança na expressão genética, e querem conhecer o que pode causar este. Nossos meios do sistema você pode olhar o methylation do ADN ou olhá-lo cromatina aberta e fechado quando o alvo não é sabido.

ATAC-segs. é uma maneira agradável para que os povos quebrem no espaço epigenético. Permite que os pesquisadores encontrem se uma região é aberta ou fechado, que motivo está lá, e o que poderia ligar lá. Mas as análises mais aprofundada são necessários compreender a imagem inteira.

Mesmo se os pesquisadores pensam conhecem o que estão procurando, eles não conhecem o que poderiam faltar quando se limitam com métodos convencionais. Poderia haver muitas outras coisas que acontecem - a biologia não acontece em um vácuo afinal. Tudo está interagindo sempre com o tudo outro. Mesmo se você está somente interessado em um factor, eu penso que é importante ter uma vista global.

Onde podem os leitores encontrar mais informação?

Sobre o motivo activo

O motivo activo é um líder do sector em desenvolver e em entregar ferramentas inovativas para permitir a pesquisa do regulamento do epigenetics e do gene. São comprometidos a fornecer os produtos os mais de alta qualidade e o serviço & o apoio superiores para servir as comunidades da ciência da vida, as clínicas e as farmacêuticas/da droga descoberta.

Citations

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