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Conducto Viruta-Seq con números inferiores de la célula

insights from industryDr. Kathyrn CunninghamProduct ManagerActive Motif

Una entrevista con el Dr. Kathyrn Cunningham del adorno activo en SfN 2018, discutiendo la importancia del epigenetics y superando los problemas que se presentan al realizar la inmunoprecipitación de la cromatina que ordena (Viruta-seq) con la célula inferior numera.

¿Por qué es el epigenetics importante en neurología?

Epigenetics describe los factores que controlan la expresión génica y pueden, por lo tanto, influenciar fenotipos enfermos y sanos. Los mecanismos epigenéticos desempeñan un papel en un ordenador principal de diversas enfermedades neurodegenerative y de enfermedades del comportamiento. El campo del epigenetics todavía está en su infancia - la gente no ha explorado sus efectos todavía. Esto hace le un campo de investigación emocionante para nosotros, y la comunidad científica más ancha.

Cromatina en el núcleo de célula - un ejemplo por YuriiHrbYuriiHrb | Shutterstock

¿Qué la inmunoprecipitación de la cromatina está ordenando (Viruta-Seq) y cómo es utilizada por los neurólogos?

soportes Viruta-seq para la secuencia de la inmunoprecipitación de la cromatina. La primera parte, viruta, refiere a un método anticuerpo-basado que se utilice para seleccionar las regiones del genoma que son limitadas por factores de la transcripción. Alternativamente, los anticuerpos que son específicos para las modificaciones de la histona pueden ser utilizados. Esto permite que los investigadores determinen si el gen era activo y/o si la cromatina era abierta o cerrada.

Por ejemplo, si el análisis reveló que CTCF, un factor de la transcripción, estuvo limitado en cierta región, los investigadores podrían entonces observar para ver si estuvo implicada en la transcripción del gen.

Después del enriquecimiento del anticuerpo, los investigadores pueden amplificar segmentos cortos de la DNA usando tPCR y pinturas de fondo. Sin embargo, esto puede ser utilizada solamente cuando la región de interés se sabe.   

Cuando los investigadores están interesados en descubrir dónde un factor de la transcripción ata al genoma sin la polarización negativa, los adaptadores deben ser utilizados. Los adaptadores preparan las partículas enriquecidas de la DNA para por completo ordenar; proveer de investigadores una vista global de los puntos de enlace del genoma.

¿Por qué es un recuento celular inferior problemático para la ejecución de los científicos Viruta-Seq?

Actualmente, casi todos los campos de investigación están activando hacia tamaños de muestra más inferiores. La gente está intentando hacer más con menos, y Viruta-seq no hay anomalía a ésa.

Los investigadores modernos del día tienen muestras para el análisis del multi-analito, significando ellos tienen solamente una pequeña cantidad de la muestra para realizar este análisis conectado, o muestras clasificadas de la célula, donde tienen solamente una pequeña población de la muestra original. La presencia de otros tipos de la célula puede dar lugar a ruido, como los investigadores desean generalmente analizar un tipo unicelular de la población.  

En cualquiera de estas situaciones, el reto sigue siendo lo mismo - los investigadores están trabajando con números cada vez más pequeños de células o de secciones del tejido. El problema con esto es que limita el nivel de complejidad que puede ser logrado y por lo tanto de la cantidad de información que se puede recopilar de una muestra.

En el caso de la secuencia, particularmente, esto es muy ineficaz, porque si los investigadores tienen solamente una pequeña cantidad de material al comienzo con y pierden la muestra en cada escenario, sólo sigue habiendo una pequeña cantidad para el momento en que alcancen el escenario de secuencia. Esto aumenta el costo de secuencia y reduce la cantidad de muestra usable, pues es presente dos veces o contiene los dimeros del adaptador. El resultado es un alto costo para los datos inutilizables.

El estuche Viruta-seq de la célula inferior se diseña para maximizar la retención de la muestra en cada paso, incluyendo por adelantado el enriquecimiento y la preparación de la biblioteca. Esto significa que en el final del proceso la biblioteca final que se ordenará contiene las moléculas únicas de la biblioteca y las muestras altamente complejas. Esto permite que los investigadores obtengan datos útiles en el más barato.

Ejemplo de un anticuerpo que se utilizará en Viruta-SeqBitCyte | Shutterstock

¿Cómo el estuche Viruta-Seq de la célula inferior ofrecido por adorno activo supera estos problemas? ¿Cómo robusto es?

El número de células con las cuales el estuche Viruta-seq de la célula inferior trabaje es relacionado en el objetivo. Si un investigador está trabajando con una modificación común de la histona, por ejemplo, tendrán más muestra dejada después del enriquecimiento que si trabajaban en un factor raro de la transcripción. Los investigadores que están funcionando con un enriquecimiento que ofrezca más muestra pueden comenzar con menos.

Diseñamos el estuche Viruta-seq de la célula inferior para requerir solamente una pequeña entrada de la célula, usando los almacenadores intermedios optimizados para la inmunoprecipitación de la cromatina y partnering con ciencia biológicas rápidas.

La razón de partnering era que observábamos varios diversos métodos de la preparación de la biblioteca y el método rápido hizo el mejor trabajo en la retención de la DNA en cada paso. Esto provee de investigadores la biblioteca más compleja. El estuche se valida nuestro método hacia abajo a 1.000 células, así que es muy útil para los investigadores que trabajan con las pequeñas muestras.

¿Usted ofrece los anticuerpos Viruta-Validados?

Sí, tenemos millares de anticuerpos. Nuestro Web site se llena de diversos anticuerpos, incluyendo una sección que informe a investigadores cada uso que se han validado para. Tenemos los clientes que han sido muy acertados, especialmente con nuestros anticuerpos de la modificación de la histona. Si su viruta validada, él trabaja con el estuche inferior de la célula.

¿Qué usted espera aprender de la neurología 2018? ¿Usted ha notado tendencias de la investigación?

Ésta es mi primera vez en la neurología. ¡El periodo de diversos tipos de investigación que esté continuando y de las diversas direcciones en epigenetics es tan grande que es casi de forma aplastante! He estado teniendo conversaciones centradas en cambios en la expresión y los mecanismos por los cuales podría ocurrir. Por ejemplo, había cualquiera al estudio ARN-seq donde los investigadores utilizaron el qPCR para observar un mRNA específico del interés.

En la mayoría de los casos, esto es qué está impulsando a investigadores para observar el mecanismo epigenético; ven un cambio en la expresión génica, y quieren conocer qué puede causar esto. Nuestros medios del sistema usted puede observar la metilación de la DNA u observarla cromatina abierta y cerrada cuando el objetivo no se sabe.

ATAC-seq es una manera agradable para que la gente se rompa en el espacio epigenético. Permite que los investigadores descubran si una región es abierta o cerrada, qué adorno está allí, y qué podría atar allí. Pero otros análisis son necesarios entender el retrato entero.

Incluso si los investigadores piensan conocen lo que están buscando, ellos no conocen lo que podrían faltar cuando se limitan con métodos convencionales. Podría haber muchas otras cosas suceso - la biología no suceso en un vacío después de todo. Todo está obrando recíprocamente siempre con todo lo demás. Incluso si usted está solamente interesado en un factor, pienso que es importante tener una opinión global.

¿Dónde pueden los programas de lectura encontrar más información?

Sobre adorno activo

El adorno activo es líder del sector en desarrollar y la entrega de las herramientas innovadoras para habilitar la investigación de la regla del epigenetics y del gen. Están comprometidos a ofrecer los productos más de alta calidad y el servicio y el apoyo superiores para servir a las comunidades de las ciencias de la vida, clínicas y farmacéuticas/de la droga del descubrimiento.

Citations

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