Les chercheurs nécessitent des standards de l'industrie pour aider à améliorer l'ordonnancement génomique de haut-débit

Chercheurs l'université de George Washington (gw), des États-Unis Food and Drug Administration (FDA), et des leaders de l'industrie publiés dans la biologie de PLOS, décrivant une méthode de communication normalisée pour des chercheurs exécutant le haut-débit ordonnançant (HTS) BioCompute appelé.

Le HTS est un catalyseur pour le développement nouveau de médicament et les incursions personnalisées de médicament. Cependant, cette technologie neuve a dépassé le développement de l'infrastructure indispensable autour de son utilisation. Le rajah d'auteur important Mazumder, PhD, professeur agrégé des biochimies et du médicament moléculaire aux sciences d'École de Médecine et de santé de gw, et collègues nécessitent un grand environnement de caractéristiques où les découvertes génomiques sont robustes et reproductibles, et les données expérimentales captées adhèrent aux principes directeurs trouvables, accessibles, interopérables, et réutilisables.

« Sans normes ou infrastructure autour de cette technologie neuve, nous sommes laissés avec une fondation faible pour les travaux futurs, » a dit Mazumder. « Au lieu de se concentrer sur la découverte neuve, nous serons chargés des inefficacités. L'analyse de caractéristiques robuste et reproductible est principale au contrat à terme du médicament personnalisé, qui est pourquoi nous devons produire une norme avançant. »

Mazumder, collègues à la FDA, et plusieurs leaders de l'industrie ont collaboré sur le projet de cahier des charges d'objectif de BioCompute, qui active l'enregistrement normalisé de la provenance de caractéristiques de séquence génomique, y compris le domaine de provenance, le domaine de facilité d'utilisation, le domaine d'exécution, le nécessaire de vérification, et le domaine d'erreur. Ce projet comprend un cadre, qui facilite la transmission et introduit l'interopérabilité. La norme est librement accessible comme organisme de GitHub.

« Sans infrastructure aimez l'objectif de BioCompute, nous produirons des silos des caractéristiques inutilisables, rendant la construction sur cette recherche plus difficile, » a dit Mazumder. « Nous espérons que produisant une norme maintenant libérera ce goulot d'étranglement potentiel. Les initiatives discutées dans notre but de l'article de rendre des caractéristiques et des analyses transmissibles, reproductibles, et reproductibles pour faciliter la collaboration et le partage des informations des producteurs de caractéristiques aux usagers de caractéristiques. »

La « activation du médicament de précision par l'intermédiaire de la transmission normale de la provenance, de l'analyse, et des résultats de HTS » était publiée dans la biologie de PLOS. Les collaborateurs incluent des chercheurs d'Otsuka Pharmaceutical Development & Commercialization, Inc., de Merck & Co., Inc., de Faculté de Médecine de Harvard, et de plus.

« Les normes de BioCompute et le consortium relatif s'est épanouies sous le commandement de M. Mazumder's et est maintenant à une remarque d'inflexion -- avec l'intérêt pour l'adoption en travers des industries variées, » a dit Gil Alterovitz, PhD, professeur adjoint à la Faculté de Médecine de Harvard et au programme de calcul d'informatique de santé à l'hôpital pour enfants de Boston, et co-auteur sur la publication.

Source : https://smhs.gwu.edu/news/gw-researchers-call-big-data-infrastructure-support-future-personalized-medicine