I ricercatori richiedono gli standard industriali per contribuire a migliorare l'ordinamento genomica di alto-capacità di lavorazione

Ricercatori dall'università di George Washington (GW), dagli Stati Uniti Food and Drug Administration (FDA) e dai leader del settore pubblicati nella biologia di PLOS, descrivente un metodo standardizzato di comunicazione per i ricercatori che eseguono alto-capacità di lavorazione che ordina (HTS) BioCompute chiamato.

La NTA è un catalizzatore per lo sviluppo novello della droga e gli elevato potere d'acquisto personali della medicina. Tuttavia, questa nuova tecnologia ha superato lo sviluppo dell'infrastruttura tanto necessaria intorno al suo uso. Il raja Mazumder dell'autore principale, il PhD, il professore associato della biochimica e della medicina molecolare alle scienze della scuola di medicina e di salubrità di GW ed i colleghi richiedono un grande ambiente di dati in cui i risultati genomica sono robusti e riproducibili ed i dati sperimentali catturati aderiscono ai principi direttivi trovabili, accessibili, interoperabili e riutilizzabili.

“Senza standard o infrastruttura intorno a questa nuova tecnologia, siamo lasciati con le fondamenta difficili per lavori futuri,„ ha detto Mazumder. “Invece di messa a fuoco sulla nuova scoperta, saremo caricati con le inefficienze. L'analisi di dati robusta e riproducibile è chiave al futuro di medicina personale, che è perché dobbiamo creare uno standard che si muove in avanti.„

Mazumder, i colleghi a FDA e parecchi leader del settore hanno collaborato sul progetto di specifica dell'oggetto di BioCompute, che permette alla segnalazione standardizzata della provenienza genomica di dati di sequenza, compreso il dominio di provenienza, il dominio dell'impiego possibile, il dominio di esecuzione, il kit di verifica ed il dominio di errore. Questo progetto comprende una struttura, che facilita la comunicazione e promuove l'interoperabilità. Lo standard è liberamente accessibile come organizzazione di GitHub.

“Senza un'infrastruttura gradisca l'oggetto di BioCompute, creeremo i sili dei dati inutilizzabili, rendenti edilizia sopra questa ricerca più difficile,„ ha detto Mazumder. “Speriamo che creando uno standard ora rimuova questo grave ostacolo potenziale. Le iniziative discusse in nostro articolo mirano a rendere i dati e le analisi comunicativi, ripetibili e riproducibili per facilitare la collaborazione e la condivisione delle informazioni dai produttori di dati agli utenti di dati.„

“Permettere alla medicina di precisione via la comunicazione standard di provenienza, dell'analisi e dei risultati della NTA„ è stato pubblicato nella biologia di PLOS. I collaboratori includono i ricercatori da Otsuka Pharmaceutical lo Development & Commercialization, Inc., Merck & Co., inc, facoltà di medicina di Harvard e più.

“Gli standard di BioCompute ed il consorzio relativo è fiorito nell'ambito della direzione del Dott. Mazumder ed è ora ad un punto di flessione -- con interesse nell'approvazione attraverso le varie industrie,„ ha detto Gil Alterovitz, PhD, assistente universitario alla facoltà di medicina di Harvard ed al programma di calcolo dell'informatica di salubrità all'ospedale pediatrico di Boston e co-author sulla pubblicazione.

Sorgente: https://smhs.gwu.edu/news/gw-researchers-call-big-data-infrastructure-support-future-personalized-medicine