Os pesquisadores chamam para que os padrões do sector ajudem a melhorar arranjar em seqüência genomic da alto-produção

Pesquisadores da universidade de George Washington (GW), dos E.U. Food and Drug Administration (FDA), e dos líderes do sector publicados na biologia de PLOS, descrevendo um método estandardizado de uma comunicação para os pesquisadores que executam a alto-produção que arranja em seqüência (HTS) BioCompute chamado.

O HTS é um catalizador para a revelação nova da droga e estradas personalizadas da medicina. Contudo, esta nova tecnologia tomou a dianteira à revelação da infra-estrutura tão necessária em torno de seu uso. O autor principal Raja Mazumder, PhD, professor adjunto da bioquímica e da medicina molecular nas ciências da Faculdade de Medicina e da saúde do GW, e colegas chama para um ambiente grande dos dados onde os resultados genomic sejam robustos e reprodutíveis, e os dados experimentais capturados aderem aos princípios de base encontráveis, acessíveis, interoperáveis, e reusáveis.

“Sem os padrões ou a infra-estrutura em torno desta nova tecnologia, nós somos deixados com uma fundação deficiente para o trabalho futuro,” disse Mazumder. “Em vez de centrar-se sobre a descoberta nova, nós seremos carregados com as incapacidades. A análise de dados robusta e reprodutível é chave ao futuro da medicina personalizada, que é porque nós precisamos de criar um padrão que se move para a frente.”

Mazumder, os colegas no FDA, e diversos líderes do sector colaboraram no projecto da especificação do objeto de BioCompute, que permite o relatório estandardizado da proveniência genomic dos dados da seqüência, incluindo o domínio da proveniência, o domínio da usabilidade, o domínio da execução, o jogo da verificação, e o domínio do erro. Este projecto inclui uma estrutura, que facilite uma comunicação e promova a interoperabilidade. O padrão é livremente acessível como uma organização de GitHub.

“Sem uma infra-estrutura goste do objeto de BioCompute, nós criaremos os silos de dados inusáveis, fazendo a construção em cima desta pesquisa mais difícil,” disse Mazumder. “Nós esperamos que criando um padrão agora cancelará este gargalo potencial. As iniciativas discutidas em nosso artigo apontam fazer os dados e as análises comunicáveis, repetíveis, e reprodutíveis para facilitar a partilha da colaboração e de informação dos produtores dos dados aos usuários dos dados.”

“Permitir a medicina da precisão através de uma comunicação padrão da proveniência, da análise, e dos resultados do HTS” foi publicada na biologia de PLOS. Os colaboradores incluem pesquisadores de Otsuka Farmacêutico Revelação & Comercialização, Inc., Merck & Co., Inc., Faculdade de Medicina de Harvard, e mais.

“Os padrões de BioCompute e o consórcio relacionado floresceram sob a liderança do Dr. Mazumder e estão agora em um ponto da inflexão -- com interesse na adopção através das várias indústrias,” disse Gil Alterovitz, PhD, professor adjunto na Faculdade de Medicina de Harvard e no programa computacional da informática da saúde no hospital de crianças de Boston, e co-autor na publicação.

Source: https://smhs.gwu.edu/news/gw-researchers-call-big-data-infrastructure-support-future-personalized-medicine