Los investigadores piden estándares industriales para ayudar a perfeccionar la secuencia genomic de la alto-producción

Investigadores de la universidad de George Washington (GW), de los E.E.U.U. Food and Drug Administration (FDA), y de los líderes del sector publicados en la biología de PLOS, describiendo un método estandardizado de la comunicación para los investigadores que realizan la alto-producción que ordena (HTS) BioCompute llamado.

El HTS es un catalizador para el revelado nuevo de la droga y las incursiones personalizadas del remedio. Sin embargo, esta nueva tecnología ha pasado el revelado de la infraestructura muy necesaria alrededor de su uso. El rajá Mazumder del autor importante, el doctorado, el profesor adjunto de la bioquímica y del remedio molecular en las ciencias de la Facultad de Medicina y de la salud del GW, y los colegas piden un ambiente grande de los datos donde están robustas y reproductivas las conclusión genomic, y los datos experimentales capturados se adhieren a los principios rectores hallables, accesibles, interoperables, y reutilizables.

“Sin patrones o infraestructura alrededor de esta nueva tecnología, nos dejan con un asiento pobre para el trabajo futuro,” dijo a Mazumder. “En vez de centrarse en nuevo descubrimiento, nos cargarán con ineficacias. El análisis de datos robusto y reproductivo es dominante al futuro del remedio personalizado, que es porqué necesitamos crear un patrón que se mueve adelante.”

Mazumder, los colegas en el FDA, y varios líderes del sector colaboraron en el proyecto del pliego de condiciones del objeto de BioCompute, que habilita la información estandardizada de la procedencia genomic de los datos de la serie, incluyendo dominio de la procedencia, dominio de la utilidad, dominio de la ejecución, estuche de la verificación, y dominio del desvío. Este proyecto incluye un marco, que facilita la comunicación y asciende interoperabilidad. El patrón es libremente accesible como organización de GitHub.

“Sin una infraestructura tenga gusto del objeto de BioCompute, crearemos los silos de datos inutilizables, haciendo el edificio sobre esta investigación más difícil,” dijo a Mazumder. “Esperamos que creando un patrón ahora autorice este atascamiento potencial. Las iniciativas discutidas en nuestro artículo apuntan hacer los datos y los análisis transmisibles, repetibles, y reproductivos para facilitar la distribución de la colaboración y de información de productores de los datos a los utilizadores de los datos.”

“Habilitar el remedio de la precisión vía la comunicación estándar de la procedencia, del análisis, y de los resultados del HTS” fue publicada en biología de PLOS. Los colaboradores incluyen a los investigadores de Otsuka Pharmaceutical Development & Commercialization, Inc., Merck & Co., Inc., Facultad de Medicina de Harvard, y más.

“Los patrones de BioCompute y el consorcio relacionado ha prosperado bajo liderazgo del Dr. Mazumder y ahora está en un punto de la inflexión -- con interés en la adopción a través de diversas industrias,” dijo a Gil Alterovitz, doctorado, profesor adjunto en la Facultad de Medicina de Harvard y el programa de cómputo de la informática de la salud en el hospital de niños de Boston, y co-autor en la publicación.

Fuente: https://smhs.gwu.edu/news/gw-researchers-call-big-data-infrastructure-support-future-personalized-medicine