Isolement de l'agent pathogène bactérien ADN des échantillons alimentaires

insights from industryChris MorelandGlobal Product ManagerPromega

Interviewez avec Chris Moreland, chef de produit global, solutions intégrées, Promega, conduit par James Ives.

Pourquoi les scientifiques doivent-ils amplifier l'ADN bactérien pour l'identification moléculaire et la classification par sérotype des agents pathogènes d'origine alimentaire ?

Le recensement des microbes est incroyablement important dans beaucoup d'industries et est souvent vu comme quality assurance pour s'assurer que la nourriture fabriquée ou les ingrédients utilisés ne contiennent pas les bactéries d'origine alimentaire. Beaucoup de conditions et de pays exigent également le contrôle pour la substance spécifique, par exemple, la salmonelle, le Listeria, et l'Escherichia coli.

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Traditionnellement, les méthodes pour recenser des microbes ont employé des medias différentiels. Ce sont des medias semi-conducteurs qui exigent l'incubation, parfois du jour au lendemain, parfois pendant jusqu'à 48 heures.  Ceci peut entraîner des délais critiques en recensant les microbes qui peuvent être présents dans un échantillon alimentaire. Utilisant des techniques moléculaires, particulièrement les méthodes basées sur amplification telles que l'ACP de point final ou le qPCR, fournit des résultats plus rapides qui permettent la prise de décision dans des heures plutôt que des jours.  

La classification par sérotype utilisant des techniques basées sur amplification (qPCR, GT) fournit également la capacité de différencier la sous-espèce d'un agent pathogène particulier. Par exemple plus de 2500 sous-types de salmonelle peuvent être différenciés suivre des méthodes moléculaires, fournissant beaucoup plus d'informations que des techniques traditionnelles.

Comment le nécessaire d'agent pathogène® de catégorie soutien du renforcement de Promega Maxwell est-il employé pour épurer l'ADN bactérien ? Comment est-ce que ce différent est d'autres techniques ?

Le nécessaire d'agent pathogène de catégorie soutien du renforcement PureFood de Maxwell est employé avec nos instruments de catégorie soutien du renforcement de Maxwell. Ces systèmes robotisés d'extraction d'acide nucléique emploient les particules magnétiques de cellulose pour gripper l'ADN dans un lysate brut témoin, et puis, par une suite d'opérations de lavage, enlèvent tous les inhibiteurs ou matériaux qui ne sont pas nécessaires avant d'éluer l'ADN épuré disponible pour l'amplification en aval.

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L'instrument de catégorie soutien du renforcement de Maxwell est un système basé sur cartouche. Tous les réactifs requis pour la purification sont fournis dans les cartouches faciles à utiliser. Le propriétaire ajoute simplement l'échantillon à la cartouche, places il dans l'instrument, et fait fonctionner le protocole. Le système exécute automatiquement l'extraction, qui est un différentiateur important d'autres techniques. L'automatisation élimine une grande partie de la variabilité due à l'erreur humaine en retirant des opérations de manuel-lavage et en les introduisant à la pipette liées aux fléaux de rotation et à d'autres méthodes.

Le protocole d'extraction d'agent pathogène de catégorie soutien du renforcement PureFood de Maxwell complète les tests basés sur amplification, tels que le qPCR ou les NGS, qui exigent l'ADN épuré de haute qualité.  

Quels avantages le nécessaire d'agent pathogène de catégorie soutien du renforcement Purefood de Maxwell donne-t-il à des chercheurs ? Comment ce nécessaire d'agent pathogène fonctionne-t-il ?

Un des avantages à cette technologie est qu'il permet à des chercheurs de lyser les bactéries gramnégatives et grampositives dans un pas à pas. Beaucoup d'autres nécessaires se servent des enzymes pour assimiler des parois cellulaires et des bactéries grampositives ouvertes d'interruption d'aide. Le tampon de lysis utilisé dans le nécessaire d'agent pathogène de catégorie soutien du renforcement Purefood de Maxwell dissout chimiquement ces obligations pour relâcher l'ADN des deux types de cellules utilisant un pas à pas.

L'utilisation de l'automatisation de laboratoire enlève la variabilité, éliminant l'incohérence liée aux techniques manuelles. La régularité est assurée dans les extractions, ainsi que dans les répliques.

Avant tout, en automatisant la purification d'ADN et en assurant la régularité entre les passages, les systèmes de Maxwell libèrent des scientifiques pour faire d'autres choses, telles que les échantillons de préparation ou exécuter des analyses en aval, fournissant plus de rendement dans leurs flux de travail.

Quels avantages le nécessaire d'agent pathogène de Maxwell Purefood a-t-il au-dessus d'autres nécessaires d'agent pathogène procurables ?

Avec un support différentiel, une « opération d'enrichissement » est faite, où l'aliment de suspect est mis à l'intérieur d'un "stomacher" pour permettre à toutes les bactéries présentes de se développer. L'échantillon est alors mis sur des medias différentiels dans un incubateur. Ce procédé prend deux jours pour compléter.

Avec des systèmes de Maxwell, l'opération durant la nuit d'enrichissement d'incubation est encore exécutée, mais l'extraction suivante d'ADN est automatisée et des passages multiples peuvent être complétés dans une commande des vitesses de huit heures. L'instrument de catégorie soutien du renforcement de Maxwell peut traiter 16 échantillons, et la catégorie soutien du renforcement 48 de Maxwell peut traiter 48 échantillons, dans environ une heure.

L'analyse en aval de qPCR peut prendre une demi-heure à 45 mn. Cette automatisation permet à des chercheurs de traiter 16 à 48 échantillons, comprenant le qPCR en aval, en deux ou trois heures au lieu des deux jours exigés pour des méthodes manuelles.

Il est principal que les laboratoires déménagent à des méthodes plus rapides de dépistage qui fournissent des informations recevables dans une trame de temps plus rapide. S'il y a des préoccupations au sujet d'une pièce contaminée de matière première ou de nourriture qui sont produites, le résultat peut arriver de retour au constructeur ou au laboratoire rapidement de sorte que des décisions puissent être prises avec le délai minimal.

Le nécessaire d'agent pathogène® de catégorie soutien du renforcement Purefood de Maxwell peut-il être employé avec de autres produits pour automatiser le procédé de l'extraction et de l'identification d'agent pathogène ?

Nous offrons également à un système appelé le MaxPrep, qui peut être employé avec le système de catégorie soutien du renforcement de Maxwell pour l'installation robotisée de préparation des échantillons, de standardisation et de qPCR. MaxPrep est un dérouleur liquide qui a des protocoles spécifiques pour permettre au chercheur de faire leur installation de qPCR.

MaxPrep est équipé des protocoles pré-établis, ainsi les différentes opérations n'ont pas besoin d'être programmées dedans par l'usager. Du côté en amont de l'extraction d'ADN, MaxPrep peut faire la préparation des échantillons et l'installation. Le plateau de paquet de la catégorie soutien du renforcement ou de la catégorie soutien du renforcement 48 de Maxwell est mis à l'intérieur du MaxPrep, permettant l'intégration des opérations pre-- et de goujon-extraction, y compris le largage du tampon et des échantillons d'élution dans les cartouches de catégorie soutien du renforcement.

Utilisant le MaxPrep avant et après que l'extraction élimine les beaucoup de les points de douleur de manuel - traitant et soit conçue pour automatiser le flux de travail entier.

Tous les éluats d'ADN qui ont été extraits sont prêts à employer en aval dans l'ACP de qPCR ou de point final. Le chercheur peut également trouver ou mesurer les analytes utilisant le qPCR ou l'absorbance, si eu besoin.

En plus des compétences, les protocoles d'extraction et l'instrumentation, Promega fournit également plusieurs des tampons et des enzymes requis pour le qPCR.

Quelles affirmations Promega peut-il fournir à l'aide de ces nécessaire et instrument d'agent pathogène ?

Tous nos réactifs sont vérifiés aux normes rigoureuses de QA. Tous les produits sont fournis avec un certificat d'analyse contenant les détails de tous les tests de qualité.

Comme un chef de produit je vivent pour le contrôle par retour de l'information, bon et mauvais, non seulement améliorer et développer nos produits existants, mais combler également des lacunes de produits que nous ne fournissons pas actuel.

Dans le cas du nécessaire d'agent pathogène, nous avons travaillé attentivement avec les leaders de l'opinion principaux dans l'industrie dès l'abord, engagé dans eux pour comprendre les défis avec lesquels ils luttent. Ils nous ont donné du contrôle par retour de l'information très direct que nous pouvions comporter à nos conditions de produit pendant le développement. Le produit fini est un point culminant de cette collaboration avec l'industrie.

Pouvez-vous donner un bref aperçu de Promega, le travail que vous effectuez et les industries vous servez ?

Des produits de Promega sont employés par les scientifiques de durée qui posent des questions principales sur des procédés biologiques ainsi que par les scientifiques qui appliquent la connaissance scientifique pour diagnostiquer et traiter les maladies, trouver la contamination microbienne dans des processus de fabrication d'industriel et de nourriture, pour découvrir la thérapeutique neuve, et la génétique d'utilisation et le contrôle d'ADN pour l'identification humaine.

Initialement, fondé en 1978 à Madison, le Wisconsin, Etats-Unis, Promega a des succursales dans 16 pays et plus de 50 allumeurs globaux servant 100 pays.

Où peuvent les lecteurs trouver plus d'informations ?

Au sujet de Chris Moreland

Chris a reçu son MBA de l'université de l'Etat du Texas et de son licencié en Science en microbiologie d'université du Texas A&M. En avril 2013 il a joint Promega en tant que chef de produit global pour la purification d'acide nucléique et est responsable de manager la ligne de produits® de purification de Maxwell.

Citations

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    Promega Corporation. (2019, March 05). Isolement de l'agent pathogène bactérien ADN des échantillons alimentaires. News-Medical. Retrieved on November 20, 2019 from https://www.news-medical.net/news/20190305/Isolating-Bacterial-Pathogen-DNA-from-Food-Samples.aspx.

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